В результате Гелена отправили в Мисбах, где располагалось подразделение американского Контрразведывательного корпуса (Counter-intelligence Corps, СIС) под руководством капитана Мариана Э. Портера. Реакция Портера вовсе не соответствовала упованиям Гелена. В ответ на декларацию Гелена: "Я глава секции восточных армий в Генштабе" — Портер просто сказал: "Бывший, генерал". Заявление Гелена, что он располагает "информацией величайшей важности для вашего правительства", тоже не произвело на офицера СIС ни малейшего впечатления. "Все располагают", — отмахнулся он и отправил Гелена в лагерь военнопленных в Зальцбурге. Но едва высшие армейские чиновники США в Германии узнали, что русских интересует местонахождение и содержимое архивов Гелена, они тоже почувствовали крайний интерес к материалам и поставили поиски Гелена во главу угла.

В июле Гелена обнаружили в лагере военнопленных особого назначения в Оберурзеле, близ Франкфурта, о чем тут же проинформировали бригадного генерала Эдвина Лютера Зиберта — старшего офицера американской разведки 12-й группы армий генерала Омара Брэдли. Во время спешно организованной встречи Гелен изложил принципы работы разведывательного отделения "Восток" и предсказал, что объект его интереса — Советский Союз — станет источником множества проблем. Гелен сказал Зиберту, что Сталин не допустит польской, чехословацкой, болгарской или румынской независимости, будет стремиться контролировать Финляндию из Москвы и попытается учредить в Германии коммунистическое правление. Мощь советских Вооруженных сил, заключил Гелен, позволит Сталину рискнуть перейти к боевым действиям, чтобы захватить Западную Германию.

Гелен также заявил, что может подкрепить свои выводы материалами, собранными FHO с помощью бывших служащих FHO. Ему всего лишь нужно снова получить спрятанные документы и собрать необходимый штат из концентрационных лагерей военнопленных. Гелен также предложил восстановить в Советском Союзе сеть "Walli I".

Все это произвело на Зиберта достаточно сильное впечатление, чтобы он принял предложение Гелена. Были собраны архивы и члены штаба, и Гелену позволили образовать "штабную ячейку Гелена" — сначала в секции исторических исследований, а затем в разведывательном центре 7-й армии в Висбадене. Их основная работа состояла в подготовке истории и анализа немецких разведывательных операций в Советском Союзе. Они также готовили сводки о советском танковом производстве, местоположении, силе и составе советских дивизий, как и о моральном духе Красной армии и советского населения.

Зиберт, убежденный в ценности Гелена, стремился получить одобрение военного министерства на учреждение разведывательной службы под управлением Гелена, ориентированной на Советский Союз. Посоветовавшись с Уолтером Беделлом Смитом, эйзенхауэровским начальником штаба (а в будущем и директором ЦРУ), он известил о своем открытии военное министерство.

Этого было достаточно, чтобы заинтересовать военное министерство настолько, что в августе 1945 года Гелен вместе с пятью коллегами отправился в Вашингтон. По прибытии в начале сентября Гелен встретился с начальником отделения стратегических служб (Strategic Services Unit) бригадным генералом Джоном Р. Магрудером и начальником армейской разведки генерал-майором Джорджем В. Стронгом. Но ни тот ни другой с ходу не предложили финансировать деятельность Гелена.

Лишь в феврале 1946 года, все еще во время пребывания Гелена в Соединенных Штатах, нежелание армии одобрить его предложение сошло на нет. В этом месяце советские войска оккупировали Северный Иран, что и с точки зрения американской общественности, и с точки зрения руководства страны являлось актом неприкрытой агрессии. Предположения Гелена о намерениях Советов обрели куда более правдоподобный вид.

В июле Гелен вернулся в Германию, чтобы под надзором американцев учредить близ Оберурзеля разведывательную организацию. Проект должен был осуществляться лишь в ограниченных масштабах на экспериментальной основе. По прибытии Гелену пришлось отразить выпад Бауна, в отсутствие Гелена убедившего Зиберта позволить ему восстановить "Walli I" под своим началом.

Как только притязания Бауна были отвергнуты, организация Гелена перешла к действиям, добившись серьезных успехов в операции "Богемия" летом 1948 года — когда волнения в Чехословакии, оказавшейся под властью Советов, позволили агентам Гелена успешно подговорить начальника западногерманского отдела чешской разведки дезертировать, забрав с собой массу архивов. В итоге результативность чешской разведки в Западной Германии снизилась практически десятикратно.

Но положение группы Гелена оставалось весьма шатким. Многие представители американской армейской разведки (G-2) по соображениям политики и безопасности возражали против поддержки немцев. В результате G-2 попыталась уговорить Центральную разведывательную группу (CIG) взять службу Гелена под свой контроль и финансовую опеку. Поразмыслив над предложением, CIG отклонило его.

Однако в сентябре 1948 года ЦРУ и вооруженные силы согласились провести совместные исследования и лишь после этого принять окончательное решение по поводу судьбы Гелена и его службы. Основную работу проделал агент ЦРУ Джеймс Критчфилд, после двухмесячных исследований передавший в штаб-квартиру ЦРУ телеграмму из двух тысяч слов. Критчфилд подчеркнул, что организация Гелена уже прочно обосновалась, располагает четырьмя тысячами работников и не годится для расформирования и подлаживания под другие нужды США. Имеется только две возможности, информировал Критчфилд, — ликвидировать организацию или взять ее под контроль.

Далее он доказывал, что сохранение службы под контролем США — более предпочтительный вариант. Со временем возникнет суверенная Германия, со своей собственной разведывательной службой, и Соединенным Штатам лучше принимать участие в руководстве и контроле над ней как можно дольше.

Критчфилд также рекомендовал более детально изучить организацию, узнать побольше о ее деятельности и достоинствах. В ответ ЦРУ назначило его контролером службы, дав ему два года на осуществление детального расследования. В то же самое время начались переговоры между Критчфилдом и Геленом. После множества затяжных дискуссий они сошлись на том, что запросы на информацию, направляющие деятельность организации, будет формулировать ЦРУ. Кроме того, к начальнику каждого отдела будет прикреплен офицер ЦРУ, а все донесения и подготовленные прогнозы и сводки будут поступать в ЦРУ.

Требование сообщить имена полевых агентов организации вызвало, пожалуй, самые сильные разногласия. Гелен, поначалу наотрез отказывавшийся предоставить сведения, в конце концов согласился на компромисс, открыв имена 150 старших членов своей организации, но благодаря финансовому давлению, личным контактам и дискуссиям о конкретных проектах Соединенные Штаты смогли узнать о сотрудниках Гелена намного больше.

13 мая переговоры завершились подписанием соглашения на английском языке, за которым через десять дней последовало подписание немецкого варианта. С начала 1950-го финансового года — 1 июля 1949 года — ЦРУ получало контроль над "организацией Гелена", известной также под названием "Орг" (The Org).

Среди операций, проведенных в первые годы деятельности, было внедрение нескольких агентов в правительство Восточной Германии. "Орг" добыла копии правительственных постановлений и актов различных министерств, письма от советского главнокомандования и директивы Восточногерманского Политбюро. В 1948 году она завербовала вице-президента Германской Демократической Республики Германа Кастнера, доносившего о Центральном комитете Либерально-демократической партии, руководстве Народного Конгресса, Национальном совете Национального фронта демократической Германии и Кабинете министров. Кроме того, Кастнер описывал свои разговоры с советскими политиками, дипломатами и генералами.