Юлий II и без врачей знал о своём истинном состоянии. Его особенно беспокоил вопрос о преемнике, и он успел подписать специальную буллу, одобренную созванной Консисторией, в которой любому, кто попытается с помощью симонии домогаться папского престола, грозит отлучение от Церкви. Лёжа в постели, он продиктовал церемониймейстеру монсеньору де Грассису чёткие распоряжения о том, в какие одежды должен быть облачён после кончины. Даже свою смерть папа хотел превратить в политический триумф Церкви.

В воскресенье 20 февраля 1513 года Рим облетела весть, что у папы началась агония. Тысячи римлян, подгоняемых порывами холодного ветра, устремились к площади Святого Петра. Здесь уже собралась несметная толпа паломников со всей Европы. Взоры собравшихся были обращены к окнам Апостольского дворца в надежде на чудо. Так уж издавна повелось, что смерть или избрание нового папы неизменно превращали Вечный город в центр мира. Те, кому удалось протиснуться в собор, стояли на коленях перед микеланджеловской Пьета́, молясь за папу Юлия. Но чуда не произошло, и раздался заунывный протяжный звон всех римских базилик и церквей, возвестивший Urbi et orbi о кончине Юлия II в возрасте семидесяти лет.

Вот что отметил в своём дневнике монсеньор Парис де Грассис: «За те сорок лет, что я живу в Риме, мне ни разу не доводилось видеть такого стечения народа, вызванного смертью папы. Знать и простолюдины, взрослые и молодёжь — все хотели приложиться к руке покойного понтифика несмотря на сдерживающее оцепление швейцарских гвардейцев. Люди сквозь рыдания молились за упокой души папы Юлия, который был для них истинным викарием Христа, надёжным щитом правосудия, укрепившим устои церкви и обуздавшим тиранов больших и малых». В скорбящей толпе был и Рафаэль с учениками.

Совсем по-иному смерть папы восприняла Европа. Например, вскоре из-под пера Эразма Роттердамского вышла сатирическая брошюра, озаглавленная Iulius exclusus et coelis («Юлий низвергнутый с небес»), в которой святой Пётр потребовал от почившего в бозе папы отчёт за развязанные им войны, симонию, содомию и прочие неблаговидные деяния за годы его десятилетнего правления.

Но для мира искусства это была большая потеря. Особенно остро её ощутил Микеланджело, так как смерть папы поставила его в затруднительное положение с проектом гробницы, работа над которой была временно приостановлена, и теперь решение вопроса зависело от наследников. После долгих споров стороны договорились установить гробницу в сильно изменённом варианте в церкви Сан-Пьетро ин Винколи, почётным настоятелем которой был покойный папа.

В более благоприятном положении оказался Рафаэль, хотя он потерял великого заказчика, с которым всегда находил взаимопонимание. Для завершения росписи ватиканских станц ему был выплачен огромный аванс — предусмотрительный папа Юлий, высоко ценивший искусство своего любимца, заранее побеспокоился о средствах для продолжения работ. Подумал Юлий II и о своём непутёвом племяннике, которого простил перед смертью, включив в его владения порт и крепость Пезаро. Не обойдён был милостью и Кастильоне за свои заслуги на дипломатическом поприще и бескорыстную службу дому Монтефельтро-Ровере. Он получил земли неподалёку от Пезаро и дворянский титул небольшого графства Новилара.

Рафаэль подошёл к своему тридцатилетию. Он уже мог целиком полагаться на свою пополнившуюся новыми учениками и подмастерьями команду. Наиболее способным он поручал отдельные срочные заказы, с которыми к нему обращались частные лица, и доверял снимать копии с отдельных своих работ. Так появились копии портрета папы Юлия в кресле, на которые возрос спрос после его кончины. Одна из таких копий во флорентийской галерее Питти считается выполненной Тицианом, которого не раз приглашали в Рим, но он долго отказывался, считая папский двор рассадником зависти и ненависти, в чём мог убедиться сам, когда писал портрет папы Павла III в 1546 году.

Пока во дворце шли приготовления к предстоящему конклаву, Рафаэль решил исполнить давний заказ, который был получен от неаполитанского аристократа Джованбаттисты дель Дука для фамильной часовни в храме Сан-Доменико Маджоре. Просьбу заказчика поддержал его друг поэт Якопо Саннадзаро. С ним Рафаэль не раз встречался в литературных салонах, где широко обсуждался его пасторальный роман «Аркадия», изданный в 1504 году. Художник запечатлел грузного неаполитанского поэта, увенчанного лавровым венком, на фреске «Парнас».

Довольно быстро был написан заказанный алтарный образ, получивший название «Мадонна с рыбой» (Мадрид, Прадо), тем более что одним из героев картины стал небесный покровитель художника архангел Рафаил. Классически уравновешенная фронтальная композиция преисполнена благородства звучания, а цветовая гамма обогащена множеством светотеневых переходов, что ранее было менее заметно в цикле флорентийских мадонн.

Дева Мария с обнажённым Младенцем на коленях сидит на резном деревянном троне, возвышающемся на одну ступеньку над полом. Перед ней преклонивший колено юный златокудрый Товий, которого представляет Деве Марии крылатый архангел Рафаил. У Товия в руке висящая на леске рыба, печенью которой он собирался излечить отца от слепоты. Младенец Иисус тянется к Товию и правой ручкой как бы благословляет его на доброе деяние, а левой опирается на книгу Vulgata Bibbia, которую держит Блаженный Иероним с неизменным своим спутником у ног — приручённым львом. Высокочтимый отшельник Иероним как первый переводчик канонического Священного Писания с арамейского и греческого на латынь, раскрыв текст с включённой в него книгой Товита, воочию убеждается в достоверности своего благословенного труда. Впечатляют превосходно написанная его мощная фигура и проникновенный взгляд мудреца. За тёмно-зелёным занавесом, на фоне которого изображена Дева Мария, видны холмы и светлое утреннее небо.

Оказавшись в Неаполе, «Мадонна с рыбой» вскоре обрела широкую известность чудотворной иконы, и к ней потянулись толпы людей, жаждущих исцеления. После смерти владельца картины, полтораста лет спустя, ею заинтересовался испанский король, супруга которого страдала глазной болезнью, и, несмотря на протесты верующих, «Мадонна с рыбой» навсегда покинула итальянскую землю, оставив по себе добрую память.

Наконец 10 марта 1513 года на конклаве в Сикстинской капелле под бесстрастными взорами ветхозаветного люда, молча глядевшего на происходящее с высоты расписанного Микеланджело плафона, новым преемником апостола Петра был избран тридцатисемилетний кардинал Джованни Медичи, взявший имя Льва X. Это был первый представитель всесильного флорентийского семейства на папском троне. Несмотря на острый приступ, вызванный врождённой болезнью пупочного свища, корчившийся от боли соискатель объявился на конклаве, доставленный на носилках. Увидев соперника в столь плачевном положении, кардиналы единогласно проголосовали за калеку Медичи в надежде, что тот долго не протянет, и просчитались. На следующий же день новый папа Лев X сказал брату Джулиано Медичи: «Ну а теперь мы повеселимся на славу!» — и как показали дальнейшие события, слово своё сдержал — на смену эпохе созидания и борьбы за объединение разрозненных земель в государство под эгидой Рима наступили времена празднеств и расточительства.