В 1858–1859 гг. Валиханов побывал в Кашгаре, где над ним висела смертельная угроза разоблачения. Истинная цель его поездки сводилась к «изучению наиболее удобных путей сообщения с Кашгаром, а также сбору на месте сведений о стране, имеющей для… [России] важное политическое значение» (АВПРИ. Ф. Отчеты МИД, 1858 г., л. 21706.—218). В ходе миссии, к которой он заранее тщательнейшим образом готовился, изучая материалы, связанные с поездками своих предшественников, Валиханов собрал очень интересные и важные сведения о Кашгаре и прилегавших к нему городах — их политическом и экономическом положении, состоянии местных военных сил, возможностях установления прямых связей с Россией.

В связи с тем что «Положение и Штаты Главного Управления Генерального Штаба» 1863 г. были введены «в виде опыта на два года», то очередная реорганизация высшего военного управления, которая вновь вызвала переименование и соответствующее переподчинение центральных разведывательных органов, пришлась на 1865 г.

31 декабря 1865 г. было «высочайше» утверждено «временное Положение о Главном штабе». «Опыты» над высшим военным управлением продолжались. Главное управление Генерального штаба было объединено с Инспекторским департаментом Военного министерства в «одно управление» — Главный штаб. Военно-топографическая часть ГУГШ «выделялась» в «особое учреждение» — Военно-топографический отдел Главного штаба. Не выполнявший ранее никаких административных функций, Главный штаб Е.И.В. упразднялся. «К кругу действий» Инспекторского департамента принадлежали по организации 1836 г. «укомплектование войск, определение, увольнение и производство генералов, штаб и обер-офицеров, надзор за благосостоянием войск в строевом отношении, и учет людей, военную силу составляющих».

Согласно приказу военного министра от 31 декабря 1865 г., в Главный штаб пошли семь отделений (Приложение № 8). После реорганизации 1865 г. упоминавшееся выше 3-е (Военно-ученое) отделение ГУГШ стало 7-м (Военно-ученым) отделением Главного штаба, на которое была возложена, среди прочих, задача «собирания сведений об иностранных армиях» (Приказы по военному ведомству (далее: ПВВ). СПб., 1865. № 471).

«Для сборников сведений об иностранных армиях, — пояснялось в Положении о 7-м отделении Главного штаба, — …материалами служат:

а) …Сочинения, обнимающие организацию и хозяйство сих армий, а также лучшие заграничные периодические издания;

в) Донесения посланников, сообщаемые Генеральному штабу Министерством иностранных дел;

с) Военные агенты…» (РГВА.Ф. 37967. Оп. 9. Д. 1. Л. 1–8).

Приказом начальника Главного штаба графа Ф.Л. Гейдена от 12 января 1867 г. учреждалась должность Управляющего делами Совещательного комитета и особая канцелярия в составе пяти делопроизводителей. Этим же приказом 7-е (Военно-ученое) отделение было передано в состав Совещательного комитета и сформировало канцелярию Совещательного комитета (Приложение № 9), сформированного для того, чтобы направлять