В результате был собран обширный материал по физической географии и геологии, флоре и фауне, антропологии и этнографии восточной части Туркестанского края, осуществление которых стало возможным благодаря организационной и материальной помощи штаба Туркестанского военного округа и Азиатской части Главного штаба.

1 января 1869 г. Александром II утверждается «Положение о Военном министерстве», закрепившее итоги длительного процесса реформирования центрального аппарата военного ведомства (Приложение № 10) (Приказ по военному ведомству № 1 от 2 января 1869 г. // Сборник приказов по военному ведомству за 1869 год. СПб., 1870; ПСЗРИ. Собр. 2. Т. 44. Отделение 1. СПб., 1873. № 46611). Впервые было заявлено, что «верховное начальствование над всеми военно-сухопутными силами Империи сосредотачивается в Особе Государя Императора». Предметом деятельности Главного штаба в том числе являлось заведование геодезическими работами военного ведомства, составление карт, планов и военно-статистических описаний местности «как внутри Империи, так и на границах ее в отношении к видам военным». Главный штаб должен был содержать «все карты и планы, как России, так и иностранных государств, а также подробные сведения о средствах сих последит в военном отношении».

Согласно «Положению», одним из направлений деятельности Военно-ученого комитета являлось «а) составление соображений и рассмотрение инструкций по частям: военно-ученой, статистической и геодезической; б) рассмотрение предположений, изобретений и сочинений, относящихся до усовершенствования частей Генерального штаба и Корпуса топографов, а также рассмотрение сочинений, предназначаемых для войск; в) наблюдение за собранием подробных сведений о способах России и иностранных государств в военном отношении». К обязанностям же личного состава Канцелярии ВУК (бывшее 7-е Военно-ученое отделение Главного штаба) было отнесено «собирание военно-статистических сведений о России и об иностранных государствах; переписка по делам, возбужденным в Комитете, а также по делам, касающимся военных агентов и редакций повременных изданий» (Свод военных постановлений 1869 г. Изд. второе. СПб., 1893. С. 34–35).

С утверждением в 1869 г. нового Положения о Военном министерстве Азиатская часть сохраняет свои функции, равно как и штатный состав (Приложение № И). В Азиатской части по-прежнему «сосредотачиваются дела, касающиеся военных округов: Кавказского, обоих Сибирских, Оренбургского и Туркестанского», включая «составление из военных журналов известий для обнародования» и «снаряжение военно-ученых и других экспедиций» (РГВИА. Ф. 400. On. 1. Д. 646. Л. 153). По-прежнему разведывательные функции Азиатской части состоят в собирании статистических сведений в Средней Азии, на Кавказе и в Сибири. Разведывательные функции в части сопредельных с Россией в этом регионе государств возлагаются в основном на Канцелярию Военно-ученого комитета. На местах же — в штабах военных округов — соответствующих структур пока создано не было.

Силами Канцелярии ВУКа издавались сборники материалов по азиатским государствам, в том числе и по вооруженным силам этих стран. При составлении этих сборников использовались данные, поступавшие из Азиатской части. Реально же участие части в разведывательной деятельности сводилось к решению общих организационных вопросов и оказанию в отдельных случаях помощи руководству военных округов в согласовании работ по «исследованию» сопредельных с Россией территорий с Министерством иностранных дел. Отсутствие общего руководителя, если таковым не считать начальника Главного штаба, отнюдь не облегчало взаимодействие двух структурных подразделений разведки, если таковое, вообще, существовало.

Создание в ходе реформы нового управленческого звена — военных округов явилось организационной предпосылкой для постепенного развития и нового звена в структуре военной разведки — разведывательных органов приграничных военных округов. Однако в 60—70-е годы военное руководство еще не испытывало потребности в постановке перед командованием и штабами округов задач по ведению самостоятельной разведывательной деятельности. Окружные штабы силами офицеров Генерального штаба занимались «внутренними» работами — «военно-статистическими» исследованиями территорий округов как вероятных театров военных действий. К тому же отсутствие в структуре окружного штаба специального органа службы Генерального штаба объективно бы препятствовало организации разведывательной деятельности. По штатам военно-окружных управлений при начальнике штаба округа было положено иметь одного помощника, на которого бы возлагались функции существовавших ранее в штабах армий генерал-квартирмейстера и дежурного генерала.

Под влиянием начавшейся Крымской (Восточной) войны в конце 1853 г. была сделана вторая попытка ввести преподавание восточных языков в высшем военно-учебном заведении России — Императорской военной академии, с 30 августа 1855 г. — Николаевская Академия Генерального штаба (первая попытка была предпринята в 1849 г., но окончилась безрезультатно). Профессор Петербургского университета, известный востоковед А.К. Казем-Бек, обратился через попечителя учебного округа к военному министру с предложением открыть для слушателей Академии и офицеров Генерального штаба временный курс турецкого языка. Занятия турецким языком должны были проводиться три раза в неделю в течение четырех месяцев с группой офицеров числом не более 50. Кроме лекций самого профессора предполагались практические занятия под руководством помощников Казем-Бека — Гуссейна Фейз-хана и Ибн-и Ямина. Преподаватели изъявляли готовность трудиться совершенно безвозмездно. Одновременно Казем-Бек предлагал издать написанное им пособие для офицеров, изучающих турецкий язык. Им были составлены план учебного пособия и программа занятий офицерского курса. Пособие включало грамматику турецкою языка с указанием диалектных особенностей европейской и азиатской Турции, хрестоматию разговорного и литературного языка и русско-турецкий словарь. Ввиду того что издание пособия требовало времени и средств, было решено, чтобы не откладывать начало занятий, применять для самостоятельной подготовки слушателей литографированные рукописи лекций Казем-Бека. Всего за время существования кафедры турецкого языка в Академии с декабря 1853 г. по июль 1854 г. для офицеров было прочитано более 60 лекций, которые в литографских списках (около 150 экз.) сохраняли значение учебного пособия и после окончания курса. Тогда же Казем-Бек завершил работу над учебником. В качестве учебного пособия использовался вышедший вторым изданием русско-турецкий разговорник О.И. Сенковского, составленный еще в период Русско-турецкой войны 1828–1829 гг.

Крымская война стимулировала в военном ведомстве изучение не только Османской империи и турецкого языка. То обстоятельство, что Англия играла роль главного организатора, вдохновителя и прямого участника антирусской коалиции, породило большое количество различных проектов «похода на Индию». В докладной записке от 28 февраля 1856 г. по Департаменту Генерального штаба, где анализировались подобные проекты Н.Е. Торнау, И.Ф. Бларамберга, С.А. Хрулева и M.IL Погодина, прямо указывалось: «Нельзя отвергать, что в рассмотренных записках заключается много мыслей дельных и полезных, но если изложенные в та предложения разобрать с точки зрения практической, то можно опровергнуть оные в самых основаниях» (РГВИА.Ф. 846. Оп. 16. Д. 18297. Л. 15). Помимо политической несостоятельности подобной экспедиции, она была невыполнима и чисто практически: ее организация потребовала бы таких сил и средств, которыми царское правительство не располагало (оно не сумело обеспечить всем необходимым даже свою армию в Крыму). Н.П. Игнатьев разделял идею если не похода на Индию, то создания угрозы Индии. В этой связи он предложил план укрепления России сначала в Восточном Туркестане, а затем организовать поход в сторону Индии с тем, чтобы держать Англию «на поводке». Этому плану сочувствовал и военный министр ДА. Милютин, который предложил министру иностранных дел А.М. Горчакову хотя бы распустить слухи о походе.