Испанцы, оставшиеся в живых, пытались выбраться на берег, но там их ожидали аборигены. Те из моряков, кто ещё не был ранен и мог ходить, попадали в плен, остальных убивали прямо на берегу. Чаморро, коренные жители островов, соревновались в наиболее изящном способе умерщвления потерпевших крушения. Одним разбивали головы боевыми дубинами, других заживо закапывали в землю. Некоторых, привязав камень на шею, бросали в воду или головой на острые камни. Лишь один из испанских матросов смог пережить эту катастрофу и рассказать о ней властям

«Санта Маргарита» была обнаружена и исследована совместными усилиями корпуса инженеров армии США и морскими археологами в 1999—2004 годы. Они извлекли множество предметов быта колониальной эпохи, различные ювелирные изделия и драгоценные камни.

В настоящее время корпус судна находится на глубине 40—50 футов. Весь его ценный груз, включавший золото, китайский фарфор, слоновую кость, драгоценные камни, был затянут песком и покрыт кораллами.

Одной из самых больших катастроф для Испании в начале XVII века стала гибель кораблей Флота Материка на отмелях Флоридского пролива в 1622 году.

Это время было крайне сложным для Испанского королевства Многочисленные владения, разбросанные по всей Европе, вызывали необходимость содержания огромной наёмной армии, а это требовало всё большего количества золота. Недавно начавшаяся Тридцатилетняя война разоряла казну. Положение осложнялось ещё и войной с Голландией, чьи каперы устремились на перехват испанских судов, подстерегая их в Карибском море и у европейских берегов. Молодому королю Филиппу IV срочно требовались финансовые средства

С начала XVII в. добыча драгоценных металлов на рудниках Америки достигла своего предела, и необходимо было всё больше кораблей для перевозок этого золота через океан. Учитывая постоянную нехватку галеонов и ограниченность их грузоподъёмности, получалось, что практически все суда Серебряного флота были буквально до отказа нагружены драгоценными металлами и колониальными товарами и едва держались на плаву. Это неизбежно должно было привести к катастрофе, которая и произошла в 1622 году.

Вводя всё новые налоги на торговлю с Новым Светом, Филипп IV получил достаточно средств для постройки восьми мощных галеонов для зашиты своей торговли с Америкой.

Флот Материка, готовившийся пересечь Атлантику в 1622 году, включавший новый галеон «Нуэстра Сеньора де Аточа», отплыл не так, как это обычно происходило, а по частям. Основная часть торговых кораблей, включая «Аточу», отплыла из Кадиса 23 марта 1622 года и благополучно достигла Портобелло 24 мая.

Уходящий в плавание флот нёс вино, ткани, металлические изделия, книги и папские индульгенции, дарующие отпущение грехов и райскую жизнь на небесах. Особый груз составлял 500 тысяч фунтов ртути, металла, используемого для извлечения золота из богатых рудников Америки.

Семь кораблей, среди которых была и «Санта Маргарита» составлявших охрану Флота Материка, отплыли из порта только 23 апреля и достигли острова Доминика 31 мая. Их переход оказался не столь удачен. Уже в начале пути два судна пошли ко дну, ослабив конвой.

Встретив на Антильских островах ожидавшие охрану испанские торговые корабли, эскорт двинулся дальше в направлении Картахены в Колумбии.

24 июня эта эскадра прибыла на место и начала погрузку сокровищ. Однако она была очень быстро свёрнута, и военные галеоны отправились на встречу первой части Флота Материка в Портобелло. 1 июня они соединились.

Подобный замысловатый маршрут, выбранный командующим флотом Лопе Диас де Армендарис, маркизом де Кадереита, был выбран в связи с опасностью, которую представляли 36 голландских военных кораблей, которые, по имевшимся сведениям, поджидали испанцев у берегов Южной Америки. Чтобы успешнее противостоять врагам, маркиз Кадереита добавил к своей эскадре ещё один галеон «Нуэстра Сеньора де Розарио».

Благополучно загрузив имевшиеся сокровища, доставленные с копей Перу, Чили и Эквадора, Флот Материка отплыл обратно в Картахену, где принял на борт остатки колумбийских сокровищ После этого он взял направление на Кубу.

Именно с этого момента его стали преследовать неудачи. Длительный штиль задержал испанцев, и они не смогли вовремя достичь кубинских берегов. Только 22 августа галеоны вошли в порт Гаваны. К тому времени флот Новой Испании уже ушёл, несмотря на строгие инструкции властей не отплывать флотам раздельно. Однако приближавшийся сезон ураганов не оставлял шансов командующему флотом Новой Испании, и он решил нарушить запрет.

Испанские моряки проклинали тропическую жару, от которой они страдали, пока стояли в ожидании отплытия. Огромное количество товаров, размещённых на судне, нагромождённых в самых неожиданных местах, делали помещения ужасно тесными и мешали передвижению. На борту «Нуэстра Сеньоры де Аточа» находился огромный груз. Согласно судовому манифесту, составленному капитаном Яном де Вредером, на борту находилось 24 тонны серебра в 1038 слитках, 180 тысяч песо в серебряных монетах, 125 слитков золота, 583 медных слитка, предназначенных для отливки пушек, 350 сундуков индиго, 525 тюков табака и 1200 фунтов серебряной посуды и бытовых предметов. Если прибавить к этому товары, вывозившиеся контрабандой, получается, что этот галеон был буквально перегружен ценностями.

В небольших каютах на корме разместились сорок восемь пассажиров — высшее общество Кастилии и Вест-Индии. Здесь были и королевский посланник в Перу отец Педро де ла Мадрис с двумя августинскими монахами, и коррехидор[1]города Куско Диего де Гузман, богатые перуанские торговцы Лоренсо де Арриола и Мигель де Мунибе и другие представители высшего общества

Вдвое меньший груз золота и серебра находился на борту «Санта Маргариты». Однако на борту этого галеона находился губернатор Венесуэлы дон Франсиско де ла Хоса.

Командующий флотом долго ждал подходящего дня для отправки, затягивая отправление в Испанию. На совете капитанов было решено отплыть с началом новолуния, поскольку считалось, что это обеспечит благоприятную погоду. Только 4 сентября, на шесть недель позже намеченного срока, флот покинул Гавану. Этот день действительно выдался безоблачным и ясным, с приятным попутным ветром. Все двадцать восемь судов, с наполненными ветром парусами и развивающимися флагами и вымпелами, торжественно прошли мимо крепости Кастель-дель-Моро в открытое море.

Сезон ураганов только начинался, и испанские лоцманы надеялись, что флот успешно пройдёт опасный Флоридский пролив. Но этому не суждено было произойти. Уже на следующий день горизонт затянули тучи и усилился ветер. Старые и наиболее опытные моряки знали, что это предвещает начало урагана.

Флот из 28 кораблей, большинство из которых были небольшие торговые суда, разбросало на довольно большом пространстве. Вскоре ураган обрушился на них со всей своей яростью. Огромные волны, ломая мачты испанских кораблей, лишали их способности маневрировать на мелководье. Ветер, изменивший свое направление на южный, гнал галеоны на встречу отмелям в районе Драй-Тортугас, у побережья Флориды.