В своей речи, открывавшей работу собора, Иван Грозный перечислил беды и притеснения, которые пришлось претерпеть от бояр и ему самому, и его подданным. К боярам царь обратился со словами: «О неправедные лихоимцы и хищники, неправедный суд по себе творящие! Какой теперь ответ дадите нам – вы, многие слезы на себя воздвигшие? Я чист от этой крови; ждите своего воздаяния». За этим последовало обращение к простому народу, выдержанное в духе идей Ивана Пересветова: «Люди Божии и нам дарованные Богом! Ныне нам ваших обид и разорений… исправить невозможно… Молю вас, оставьте друг другу вражды и тяготы свои… Я сам буду вам судия и оборона, буду неправды разорять и хищения возвращать!» При этом, однако, Иван Васильевич пообещал боярам простить свои обиды, если те поклянутся впредь служить ему верой и правдой: «Сердца на вас в тех делах не держу, и опалы на вас ни на кого не положу, а вы бы вперед так не чинили». Свое обещание царь сдержал: опальные были возвращены из ссылок, а родственникам казненных вернули конфискованное имущество. Считается, что на «Соборе примирения» было принято решение о составлении нового «Судебника», который должен был заменить прежний, несколько устаревший свод законов Московского государства – «Судебник 1497 года». Кроме того, царь заявил о намерении отменить на местах кормления (систему, при которой царские наместники полностью содержались за счет подвластного им населения, что неизбежно порождало злоупотребления властью со стороны назначаемой царем администрации). Вместо этого предлагалось создать систему местного самоуправления – жители городов и уездов должны были сами выбирать земских старост, в руки которых переходил сбор податей и решение массы административных вопросов. В руках воевод и наместников, по сути, оставались только вопросы обороноспособности подведомственных им городов. Соответствующие шаги, именуемые обычно земской реформой, были предприняты только в 1555/56 г. А вот «Судебник» был составлен уже к 1550 г. Этот новый свод законов, называемый историками «Судебником Ивана IV» или «Царским судебником», повторяя во многом положения прежнего «Судебника 1497 года», законодательно ограничивал власть царских наместников, передавая вопросы борьбы с преступностью в ведение выбираемых местными жителями губных старост (проведение губной реформы началось десятилетием раньше, в период боярского правления). Кроме того, «Судебник Ивана IV» сохранял за крестьянами право перехода от одного помещика к другому в Юрьев день осенний (26 ноября; переход был разрешен в течение двух недель – за неделю до Юрьева дня и одну неделю после него).

В следующем, 1551 г. в Москве состоялось еще одно важное совместное заседание царя, Боярской думы и Освященного собора. На этом собрании рассматривались вопросы, связанные с решением ряда церковно-литургических вопросов и искоренением в среде духовенства разнообразных пороков. Царское правительство предприняло также попытку изъять в пользу государства обширные церковные земельные владения, однако в этом вопросе столкнулось с солидарным сопротивлением высшего духовенства (во всех остальных вопросах охотно соглашавшегося с царем и каявшегося в своих прегрешениях). В итоге Ивану Грозному удалось лишь частично ограничить дальнейший рост церковного землевладения: отныне духовенство могло приобретать вотчины лишь с ведома царя (в противном случае вотчина конфисковалась в пользу государя).

Последние преобразования «Избранной рады» относятся уже к середине 1550-х гг. В их числе упомянутая выше земская реформа 1555/56 г., а также принятое в том же году «Уложение о службе», определявшее порядок несения военной службы дворянами и детьми боярскими, которые составляли в то время большую часть русского войска. Они обязаны были приходить на службу «конны, людны и оружны» – т. е. в конном строю, полностью вооруженными за свой собственный счет, а также в сопровождении своих боевых холопов. Количество приводимых боевых холопов регламентировалось «Уложением» – дворянин должен был привести на службу по одному человеку с каждых 100 четвертей (около 50 га) своей поместной или вотчинной земли. Если служилый человек не являлся на службу, приходил плохо вооруженным или с меньшим количеством холопов, его ждало наказание вплоть до конфискации поместья. К числу военных реформ «Избранной рады» обыкновенно относят также создание в 1550 г. стрелецких полков (пеших отрядов, вооруженных ручным огнестрельным оружием – пищалями). Однако такие военные формирования были известны в составе русского войска еще с рубежа XV–XVI вв., правда, под другим названием – пищальники. К 1550 г. относится лишь создание подразделения московских стрельцов, задачей которых была охрана царской резиденции. В поездках царя должен был сопровождать особый элитный полк конных стрельцов – стремянные стрельцы. Стрелецкие полки, равно как и дворянские сотни, не относились к разряду регулярных войск – в мирное время они занимались своими собственными делами: дворяне могли жить в поместьях, а стрельцы заниматься торговлей или различными промыслами. На службу они вызывались только по мере необходимости. Правда, необходимость эта с середины XVI в. становилась все более и более регулярной, поскольку страна практически непрерывно вела войны с соседями.

К середине XVI в. Московское царство полукольцом было охвачено соседними державами, отношения с которыми в большей или меньшей степени являлись напряженными. Лишь на севере, где земли Российской державы встречались с холодными водами «Дышащего моря» (Северного Ледовитого океана), тогда можно было не опасаться вражеского нападения. На северо-востоке владения московских государей доходили до «Камня» (Уральских гор), за которым начиналось Сибирское ханство – осколок некогда могущественной Золотой Орды. Последним крупным русским форпостом на востоке был Нижний Новгород, за которым в среднем течении Волги располагались земли Казанского ханства, правители которого регулярно опустошали своими набегами наиболее густонаселенные уезды Московского царства, угоняя в рабство тысячи невольников. В низовьях Волги раскинулись владения Астраханского ханства, контролировавшего важный торговый путь, которым следовали в Европу купцы восточных государств. Объектом постоянного напряжения военных сил России были южные рубежи, где, со стороны Дикого Поля по Муравскому и Изюмскому шляхам с пугающей регулярностью случались опустошительные нападения крымских татар. Неспокойной была и западная граница, где периодически происходили военные столкновения с Великим княжеством Литовским, находившимся в личной унии с Польским королевством. Противостояние между Москвой и Литвой подогревалось претензиями обеих сторон на наследие киевских князей: русские государи требовали от литовских князей уступки украинских и белорусских земель, а те, в свою очередь, заявляли о своих правах на Новгород, Псков, Смоленск и Северщину, именуя к тому же себя в официальном титуле «великими князьями литовскими и русскими». На территории Прибалтики находилось еще одно враждебное России государство – Ливонский орден. Он не был уже столь грозен, как во времена Александра Невского, но успешно препятствовал установлению торговых и военно-технических контактов Московского царства со странами Западной Европы. И, наконец, на северо-западных рубежах, в Карелии и Лапландии, русские земли соприкасались с владениями шведских и датских королей (последним принадлежала тогда Норвегия). Владетели скандинавских корон без восторга смотрели на укрепление позиций Москвы близ берегов Балтийского моря, что также не раз провоцировало военные конфликты.