Шуйский, вступив на престол, своеобразно попытался восстановить историческую справедливость. В июне 1606 года он организовал прославление мощей убиенного царевича Дмитрия, озвучив недвусмысленные обвинения в адрес Бориса Годунова. А в сентябре распорядился организовать почетное перезахоронение Годуновых в Троице-Сергиевом монастыре «по царскому чину». Вскоре в Москву вернули из ссылки патриарха Иова, чтобы он дал «миру» прощение от греха клятвопреступления Годуновым.

Все эти маневры понадобились Шуйскому для того, чтобы хоть как-то противостоять слухам об очередном чудном спасении — на сей раз уже не царевича, а законного царя Дмитрия.

С расправой над Лжедмитрием ясно все было москвичам, да и то не всем. Остальная Россия осталась в недоумении. На этом фоне появление слухов о спасшемся в Москве «царе Дмитрии» вызвало мощное брожение в народе и стало поводом для серьезных антиправительственных выступлений.

«В Перми явилась смута между войсками, набранными для царя; они начали побивать друг друга и разбежались со службы, — писал Платонов. — В Вятке открыто бранили Шуйского и сочувствовали Дмитрию, которого считали живым. Во многих местностях поднимались крестьяне и холопы. Смутами пользовались инородцы, обрадованные случаем сбросить с себя подчинение русским. Они действовали заодно с крестьянскими шайками. Мордва, соединясь с холопами и крестьянами, осадила Нижний Новгород. В далекой Астрахани поднялся на царя народ и казаки. В самой Москве было заметно брожение в народе, хотя не доходившее до возмущения, но очень беспокоившее Шуйского».

Первым настоящее восстание против Шуйского организовал князь Григорий Шаховской, которого современник-летописец назвал «всей крови заводчиком». Приближенный Лжедмитрия, сосланный за это на воеводство в Путивль, Шаховской объявил, что Дмитрий жив, чем сразу поднял против Шуйского весь город. К движению охотно потянулось провинциальное дворянство, а за ним в Смуту втягивалось и простонародье.

Ближайшим сподвижником князя Шаховского стал Иван Болотников, человек отважный и бывалый. Боевой холоп-«послуживец» князя Телятевского, он попал в плен к татарам, несколько лет провел рабом на турецких галерах. Неизвестно, как он бежал, оказался в Венеции, а затем — в Польше. Там люди, готовившие уже спецоперацию со вторым Лжедмитрием, нашли его весьма перспективным для своего дела. Болотникова отправили в Путивль к Шаховскому, который сразу дал ему под командование целый отряд.

Болотников быстро нашел средство увеличить численность своего войска, призвав под знамена гулящих людей, беглых крестьян и холопов и обещав им именем царя Дмитрия прощение и свободу. В своих грамотах он возмущал низы не только против Шуйского и за Дмитрия, но и против высших классов. «Движение, поднятое дворянами, Болотников повел в глубь общества, откуда сам вышел, набирал свои дружины из бедных посадских людей, бездомных казаков, беглых крестьян и холопов — из слоев, лежавших на дне общественного склада, и натравлял их против воевод, господ и всех власть имущих», — писал Ключевский.

С десятитысячным войском из крестьян, посадских людей и казаков Болотников из Путивля двинулся на Москву. При первой же встрече с царскими войсками у Ельца и Кром мятежники одержали победу и заняли эти города. Ничто так не ведет к успеху, как успех. За Болотниковым пошли Тула, Венев, Кашира, Орел, Калуга, Вязьма, некоторые тверские города. С особенной силой и энергией движение развернулось в Рязани, где его возглавили дворяне Григорий Сунбулов и братья Ляпуновы — Прокопий и Захар, которые привели на сторону восставших рязанское ополчение. Сотник Истома Пашков из Венева возглавил тульское, каширское и веневское ополчения. Овладев Калугой, Каширой, Серпуховом, войска Болотникова разбили царские войска под Коломной и приближались к Москве.

Именно в это время впервые в события Смуты был широко и необратимо вовлечен Нижегородский уезд, как и все Поволжье, где в октябре 1606 года развернулось движение сторонников еще даже не пришедшего в Россию Лжедмитрия II.

Любомиров зафиксировал: «Как только при царе Василье началась социальная смута, она захватила в свой район и Нижегородский край. „Воровские листы“ Болотникова достигли и приволжских мест. Получив известия, вероятно, еще преувеличенные, о размерах движения, давно таившие недовольство народы Поволжья сочли момент подходящим для того, чтобы сосчитаться с русскими, и восстали… С ними же соединились также имевшие полное основание быть недовольными своим положением и общественным устройством „боярские холопи и крестьяне“».

К восстанию примкнула и некоторая часть нижегородского дворянства. Записки арзамасца Баима (Сидора) Федоровича Болтина сохранили указание, что «за воеводы место» у восставших был Иван Борисович Доможиров, вероятно, прямо с государевой службы — он был стрелецким головою в Царевококшайске. Грамота царя Василия в Свияжск называла в числе лидеров бунтовщиков и брата Доможирова — Матюшку. В грамоте в Муром крупным деятелем восстания в Нижегородском уезде выступает нижегородский «четвертчик из выбора» князь Иван Дмитриевич Болховской. В той же грамоте упоминался как «государев изменник» и еще один нижегородец — Баженко Есин из детей боярских. «Нижегородское дворянство, не чувствовавшее, как мы видели, невыгодной конкуренции льготного боярского землевладения, было увлечено к восстанию, вероятно, не опасением боярской политики боярского царя, как это могло иметь место на юге России, но именем спасшегося будто бы царя Дмитрия, который в свое короткое царствование успел поверстать и наделить денежным жалованьем между прочим и нижегородцев», — считал Любомиров.

Восстание в Поволжье охватило обширный регион. На Нижний Новгород мятежники первоначально идти не решались: отпугивали и каменный кремль, и его сильный гарнизон. Поэтому сперва захватили Алатырь, где утопили воеводу Сабурова, и Арзамас. К середине октября обширная территория к югу от Нижегородского уезда контролировалась повстанцами, признавшими «воеводу царя Дмитрия» Ивана Исаевича Болотникова и координировавшими действия с его штаб-квартирой в Путивле. В Муроме тоже временно торжествовали «изменники», целовавшие крест «царю Дмитрию». В конце октября — начале ноября осмелевшие бунтовщики во главе с Доможировым начали осаду Нижнего Новгорода, сохранившего лояльность царю Василию. А в Нижнем войск почти не было, потому что еще весной 1606 года многие отряды нижегородских и арзамасских дворян во главе с боярином Ф. И. Шереметевым были отправлены Лжедмитрием I в Астрахань на службу и для замены тамошнего воеводы Ивана Дмитриевича Хворостинина.

«Собралась мордва и… боярские холопы, и крестьяне, и, придя под Нижний Новгород, осадили. А Нижний Новгород стоял за царя Василия Шуйского от воров… был в осаде, а осаждали Нижний русские люди и мордва, а с ними был за воеводу Иван Борисов сын Доможиров, нижегородец, да с ним заодно два выбранных мордвина Варгадин да Москов». Доможиров в 1601–1603 годах был воеводой в Касимове, при Лжедмитрии I — в Арзамасе.

Нижний был обложен со всех сторон. «Для одних этот город был местом, где находили защиту и помощь поселившиеся в крае русские и куда собирали с них оброки за охоту и бортничество в их же собственных лесах, — писал Любомиров. — Для других он был опорой и вместе олицетворением порядка, лишавшего их не только собственности, но и свободы. И тех и других могли привлекать и богатства города. И, вероятно, лишь немногие из осаждавших стремились завоевать Нижний для царя Дмитрия».