1931 год прошел для линкора в повседневной службе — он занимался боевой подготовкой, как индивидуальной, так и в составе соединения. После завершения больших осенних маневров корабль снова вывели в резерв. В этот период на одном из заводов провели работы по усилению зенитного вооружения, смонтировали дополнительные мостики для улучшения размещения боевых постов, и после окончания работ он вновь вошел в состав флота.

После короткого и не примечательного событиями периода службы "Нагато" 1 апреля 1934 года выводится в резерв. На этот раз "Нагато" ждала более серьезная модернизация.

Фок-мачта линкора "Нагато". Середина 1930-х гг.

Основным направлением работ, которые проводила Военно-морская верфь в Куре, должна была стать серьезная модернизация с полным изменением силуэта корабля. Для увеличения боевой мощи устанавливались новые приборы, в частности, новая система управления зенитным огнем и новые зенитные орудия. Планировались работы по усилению бронирования. В мае 1935 года "Нагато" вышел на испытания нового оборудования и после их завершения вернулся на завод для устранения замеченных недостатков. Затем провели повторные выходы на испытания. Только 5 ноября 1935 года линкор вернулся в состав флота. Корабль снова зачислили в состав 1-й дивизии линкоров Первого флота. Отдельные недоделки устранили к концу января 1936 года.

Летом 1937 года началась японо-китайская война. Не остался в стороне и "Нагато". 20 августа 1937 года линкор прибывает в китайские воды, на его борту находятся 2000 военнослужащих из состава 11-й пехотной дивизии. 24 августа самолеты линкора принимают участие в боях за Шанхай. 25 августа корабль вернулся в Японию. В декабре "Нагато" принимал участие в больших итоговых маневрах Объединенного флота.

15 декабря 1938 года "Нагато" становится флагманом 1-й дивизии линейных кораблей Первого флота, а 1 сентября 1939 года и флагманом Объединенного флота. Командующим флотом в то время был адмирал Исороку Ямамото. В этом качестве "Нагато" продолжает заниматься боевой подготовкой, но в его салонах уже разрабатывают планы будущих действий против американского флота.

1940 год прошел в усиленной боевой подготовке — отношения с Соединенными Штатами Америки начали ухудшаться. Единственным примечательным событием этого года стал парад, посвященный 2000-летию правящей династии. В Иокогамской бухте выстроились 98 кораблей японского флота, головным стоял "Нагато". Император Хирохито на линкоре "Хией" обошел весь строй.

1941 год прошел под знаком усиления напряженности с США. Планы войны постепенно обретали очертания и приходили в стадию реализации. 9 октября 1941 года началась завершающая фаза мобилизации Объединенного флота.

Линкор продолжал оставаться в составе 1-й дивизии линкоров Объединенного флота, которое базировалось на рейде Хасарадзимы, но был приписан к Военноморской базе в Иокосуке, на завод которой ложились обязанности по ремонту корабля, а на местные казармы — по комплектованию экипажа. Поэтому "Нагато" часто совершал переходы по маршруту Хасирадзима - Йокосука.

17 ноября 1941 года линкор выходит в море и берет курс на Саеки, на его борту находится адмирал Ямамото. 18 ноября он прибыл в пункт назначения для встречи с авианосцем "Акаги".

И. Ямамото на борту авианосца провел последнее совещание с командующим ударным соединением вице-адмиралом Тюити Нагумо. Во время этого совещания была передана последняя разведывательная информация о состоянии обороны военноморской базы Пирл-Харбор. После завершения согласований корабли разошлись. "Нагато" вернулся на базу, а "Акаги", пошел на Курильские острова, где собиралось все соединение.

Вскоре японские авианосцы вышли в море и взяли курс на Пирл-Харбор.

Как казалось японским политикам, войны еще можно было избежать, но правительство США, а если точнее, президент Ф. Рузвельт выдвигал Японии явно неприемлемые условия. Война стала неизбежной. 2 декабря 1941 года радист "Нагато" передал в эфир знаменитую радиограмму "Ниитака ноборе" (Начинайте восхождение на гору Ниитака), что означало начало военных действий 7 декабря.

Линкор "Нагато" на рейде Хасирадзимы. Конец 1930-х гг. (два фото вверху) "Нагато" в походе. Конец 1930-х гг.

В последний день мира на борту линкора проводился эксперимент по установке противоторпедных сетей. 7 декабря американская Военно-морская база в Пирл-Харбор была атакована японской палубной авиацией. Флоту США был нанесен серьезный урон. Адмирал И. Ямамото в этот день находился на борту линкора "Нагато".

Первый военный выход в море состоялся 8 декабря. В кильватер флагману шли однотипный "Мутсу", линкоры "Исе", "Фусо", "Хьюга", "Ямаширо", легкий авианосец "Хосе", 2 легких крейсера и 8 эсминцев. Выход был к архипелагу Бонин, для прикрытия возвращающегося соединения адмирала Нагумо. 13 декабря корабли возвратились на базу.

21 декабря на рейд Хасирадзимы прибыл новейший линкор "Ямато", который приступил к курсу боевой подготовки. Настроение на борту "Нагато" было очень бодрым — вооруженные силы Японской империи наступали на всех фронтах.

Первые два месяца 1942 года прошли для корабля в рутинной службе. 12 февраля 1942 года на "Нагато" был спущен флаг командующего Объединенным флотом, он перешел на "Ямато". С февраля по май 1942 года 1-я дивизия линейных кораблей занималась боевой подготовкой во внутреннем Японском море. Единственный перерывом для "Нагато" стало прохождение текущего ремонта с докованием на Военно-морской верфи в Куре. 5 мая 1942 года были проведены совместные стрельбы двумя дивизиями линейных кораблей, где имело место чрезвычайное происшествие — разрыв ствола башни № 5 на линкоре "Хьюга". Стрельбы прекратили, и корабли разошлись по базам.

13 мая состоялся переход из Хасирадзимы в Куре для пополнения боезапасов. В это время завершилась подготовка к операции "MI" — вторжение на остров Мидуэй. В операции должны были принять участие практически все корабли Императорского флота. Одним из последних мероприятий в ее подготовке стали большие маневры, в период с 19 по 23 мая. Через 5 дней, 29 мая, "Нагато" выходит в море в составе Главных сил. Это соединение не приняло участие в бою 4 июня, когда были потеряны четыре лучших авианосца Японии.