Письма Якова Вилимовича почти не раскрывают его личной жизни, это деловые сообщения о количестве пушек и артиллерийских припасов, о выполненных царских поручениях и т. д. Казалось, личной жизни у него не было вовсе, все его помыслы и старания посвящены служению России. И все‑таки этот суровый, замкнутый человек знал увлечения и волнения, понятные немногим: он был страстным коллекционером. Брюс собирал картины, древние монеты и редкие минералы, гербарии. Он владел несколькими языками и имел богатейшую по тем временам библиотеку. О широте научных познаний и интересов Брюса говорят его книги — по математике, физике, химии, астрономии, медицине, ботанике, истории, искусству и т. д. Но особенно гордился Яков Вилимович домашней кунсткамерой — собранием различных раритетов и «курьезов».

В описи кабинета, составленной после его смерти, значатся, например, такие вещи: «зеркало кругловитое небольшое, в котором кажет большое лицо»; «раковин разных больших и малых 99»; «туфли китайские плетеные из травы»; «гриб каменный»; «тыква индейская»; «кость мамонтовой головы»; «янтари, в которых есть мушки»; коробочка с «маленькой натуральной змейкой» и тому подобные диковины. Некоторым предметам чиновники даже не могли дать определение и писали просто: «некакой фрукт продолговатый», «два мячика некакого фрукта»… Недаром французский посланник Кампредон, советуя в 1721 г. своему правительству, каким образом завоевать расположение Брюса, подчеркивал, что Яков Вилимович не из тех, кого можно подкупить деньгами, и предлагал использовать его собирательский азарт: «Его королевское величество доставил бы ему большое удовольствие, если бы подарил ему гравированное по приказанию покойного короля собрание эстампов королевских дворцов».

В 1697 г. предприимчивый устюжский мужик В. В. Атласов был послан обследовать камчатские земли. Вернувшись в Москву, он привез с собой маленького желтокожего человека. Атласов забрал его у камчадалов, которые поведали любопытную историю. Года два назад к их берегу прибило большую лодку с незнакомыми людьми. Непривычные к суровому быту и скудной еде камчадалов, чужеземцы быстро умирали. Остался лишь один. В отчете, составленном в 1701 г., Атласов отмечал: «А нравом тот полоненик гораздо вежлив и разумен». Когда пленник увидел русских землепроходцев, в которых чувствовалась принадлежность к цивилизованному миру, то «зело плакал» от радости. Чужеземец успешно осваивал русский язык. В Москве удалось наконец выяснить, что это — японец. Он был первым японцем, которого увидела Россия. И даже официальные чины не вполне представляли, где находится его страна и что за люди там живут. Атласов в отчете именовал его «индейцем». В бумагах же Приказа артиллерии его назвали и того хитрее: «Апонского государства татарин именем Денбей».

А энергичный Петр уже строил далеко идущие планы. Передав Денбея под опеку Приказа артиллерии, царь повелел: «А как он, Денбей, русскому языку и грамоте изучится, и ему, Денбею, учить своему японскому языку и грамоте робят человек 4 или 5». Насчет вероисповедания Петр распорядился Денбея не притеснять: «А о крещении в православную христианскую веру дать ему, иноземцу, на волю и его, иноземца, утешать и говорить ему: как он русскому языку и грамоте навыкнет и русских робят своему языку и грамоте научит — и его отпустят в Японскую землю». Но скорее всего Денбею так и не удалось вернуться к родным берегам. Известно, что он со временем крестился под именем Гавриила, а школа переводчиков с японского действовала в Москве до 1739 г.

Брюс, который в качестве главы Приказа артиллерии опекал и «утешал» Денбея, начал грезить Японией. Брауншвейгский резидент в России Ф. — Х. Бебер в своих «Записках» рассказывает, что Брюс мечтал найти путь из России в Японию и послал экспедицию, которая отчалила от дальневосточного побережья на поиски этой неведомой земли, но в бурю погибла. Еще Вебер сообщал: «У сего Брюса был кабинет китайских редкостей, и он очень сожалел, что невозможно никак приобрести точных сведений о положении и особенностях Китайского государства, потому что наряжаемые туда посольства и все русские купцы не имеют права оставаться там долее 3 или самое большее 4 месяцев».

Петр, ценивший разносторонние научные познания Брюса, в 1706 г. передал в его ведение Московскую гражданскую типографию. Отсюда вышел первый календарь, получивший в народе название «Брюсов календарь». На самом деле составителем календаря был В. А. Киприанов, а Брюс только курировал его работу. Киприанов — это тоже незаурядная личность. Житель московской ремесленной слободы Кадаши, торговец, поставлявший в Оружейную палату свечной товар, Киприанов в то же время увлекался математикой, изучил навигацию, владел иностранными языками, освоил искусство гравирования, интересовался астрологией. Он составлял карты и учебные пособия, написал сочинение «Планетик», посвятив его царю Петру и царевичу Алексею. Как считают исследователи, «Планетик» и подал Петру идею выпустить общедоступный календарь. Источниками для календаря стали древнерусские отреченные книги — громовники, колядники и другие — и западноевропейская астрология. По гадательным таблицам календаря можно было получить предсказание на любой день любого года, что обеспечило календарю большую популярность не только в XVIII столетии, но и в XIX.

Россия в Петровскую пору беспрестанно воевала, и Брюс, руководивший артиллерией, прошел все военные кампании. Во время Полтавской битвы его орудия мощным огнем весьма способствовали победе русской армии, за что Яков Вилимович получил орден Андрея Первозванного. Английский посол Ч. Витворт в 1709 г. сообщал, что Брюса высоко ценят при русском дворе: «Он очень хорош и с царем, и с князем Меншиковым». Дружбы Брюса искал фельдмаршал Б. П. Шереметев, писавший: «Паки прошу: не оставь меня в любви своей и не чини меня забвенна…»

Петр давал Брюсу и весьма деликатные поручения: поиск в Европе умов и талантов, которые могли бы послужить процветанию России. В 1711 г. царь отправил его в Берлин «для найму мастеровых людей знатных художеств, которые у нас потребны». Вполне доверяя широким познаниям и деловой экономности Брюса, царь в сопроводительной грамоте писал: «И что он, генерал наш, им в контрактах обещает и заключит, то от нас все сдержано будет без умаления». В 1712 г. Петр в письмах к Брюсу то просит навести справки об одном из немецких архитекторов и при благоприятном результате заключить с ним контракт, то поручает найти мастера редкой перспективной живописи, то переманить в русскую службу искусного садовника, устраивавшего королевские парки. Занимался Яков Вилимович и покупкой инструментов для научных и мореходных целей. Приобретал художественные произведения и редкости для царского собрания. Во время таких поездок он познакомился с немецким ученым Г. Лейбницем и потом вел с ним переписку.

Учредив Сенат, Петр назначил в него и Брюса, сделав его в 1717 г. президентом Берги Мануфактур–коллегий. Теперь в ведении Брюса было развитие горнодобывающей промышленности и заводского дела в России. Однако в это же время он продолжал совершенствовать русскую артиллерию, пообещав царю, что сможет добиться большей скорострельности орудий. Обрадованный Петр отвечал: «Ежели сие сыщете, то великое дело будет, за которую вашу прилежность зело благодарствую». В том же 1717 г. Брюсу пришлось стать дипломатом, на которого Петр возложил ответственную миссию. Вместе с А. И. Остерманом он отправился на Аландский конгресс для выработки условий заключения мира со Швецией.