Смерть шведского короля Карла XII прервала переговоры. Но в 1721 г. они возобновились. Тонкая изворотливость Остермана и непоколебимая твердость Брюса удачно дополняли друг друга, а энергичная напористость, с которой русские посланники отстаивали интересы России, приводила в замешательство иностранных резидентов. Брюс и Остерман с честью выполнили возложенное на них поручение. По условиям Ништадтского мира к России отошли Лифляндия, Эстляндия, Ингерманландия, часть Карелии и Моонзундские острова. Петр, получив известие о таком окончании переговоров, был так доволен, что даже сбивчивый тон ответного письма передавал его волнение: «Нечаемая так скорая ведомость нас и всех зело обрадовалапонеже трактат так вашими трудами сделан — хотя б написав нам и только бы для подписи послать шведам — болеё бы того учинить нечего, за что вам зело благодарствуем; и что славное в свете сие дело ваше никогда забвению предатися не может, а особливо николи наша Россия такого полезного мира не получала».

Брюс был возведен в графское достоинство и получил в награду 500 крестьянских дворов. В. Н. Татищев утверждал, что Петр, желая придать Брюсу более значительности на переговорах, намеревался сделать его действительным тайным советником. Это второй после канцлера чин «Табели о рангах». Но честный и щепетильный Брюс отказался и «сам его величеству представлял, что хотя он подданой, но иноверец, оный чин ему неприличен и может впредь его величеству подать причину к сожалению».

Камер–юнкер Ф. — В. Берхгольц, прибывший в Россию в свите герцога Голштинского, отмечал в своем дневнике, что русский царь оказывал Брюсу особенное расположение. Так, на свадьбе дочери И. Мусина–Пушкина в 1721 г. Петр «сидел недалеко от входных дверей, но так, что мог видеть танцевавших, около него сидели все вельможи, но его величество большею частью разговаривал с генерал–фельдцейхмейстером Брюсом, сидевшим подле него с левой стороны». Брюс был не только верным исполнителем державных замыслов Петра, но и принимал участие в его семейных делах. Петр поручил Якову Вилимовичу регулярно посещать царевича Алексея, очевидно надеясь, что беседы умного и широко образованного человека повлияют на непутевого наследника. При дворе царевича состояла и супруга Брюса Мария Андреевна (Маргарита Мантейфель). Заметим, что под смертным приговором Алексею Брюс свою подпись не поставил.

Весной 1723 г. Петр праздновал очередную годовщину бракосочетания с Екатериной. Яков Вилимович, распоряжаясь торжествами, устроил в Петербурге грандиозную процессию кораблей, поставленных на полозья и запряженных лошадьми. Кампредон рассказывал: «Царь ехал на 30–пушечном фрегате, вполне оснащенном и с распущенными парусами. Впереди в шлюпке в виде бригантина с трубами и литаврами на носовой части оного ехал распорядитель праздника, главный начальник артиллерии граф Брюс». В 1724 г. во время коронации Екатерины Брюс нес перед ней императорскую корону, а супруга Брюса была в числе пяти статс–дам, поддерживавших шлейф Екатерины. А в следующем году Брюсу пришлось в последний раз служить своему державному другу — он был главным распорядителем на похоронах Петра I.

Екатерина I, утвердившись на русском престоле, не забыла заслуг Брюса, наградила его орденом Александра Невского. Но увидев, как «птенцы гнезда Петрова», прежде дружно служившие русскому государству, начали враждовать, делить почести и сферы влияния при дворе Екатерины, Брюс в 1726 г. предпочел удалиться в отставку в чине генерал–фельдмаршала. В 1727 г. он купил у А. Г. Долгорукого подмосковное имение Глинки, разбил регулярный парк, выстроил дом с обсерваторией и безвыездно уединился в имении, занимаясь любимыми науками. Он увлекся медициной и оказывал помощь окрестным жителям, составляя лекарства из трав. Брюс скончался в 1735 г., немного не дожив до 66 лет. Детей у него не было. Испанский посол де Лириа писал о нем: «Одаренный большими способностями, он хорошо знал свое дело и Русскую землю, а неукоризненным ни в чем поведением он заслужил общую к себе любовь и уважение».

Однако со временем в памяти народной упрочился иной образ Брюса — колдуна и чернокнижника. Повод для подобных подозрений Брюс подал еще в молодости. В конце XVII в. в Москве была построена Сухарева башня, и москвичи с суеверным страхом стали замечать, что время от времени ночной порой в верхних окнах башни мерцал таинственно свет. Это друг царя Ф. Я. Лефорт собирал «Нептуново общество», увлекавшееся, по слухам, астрологией и магией. В общество входили еще восемь человек и среди них — сам любознательный царь, неразлучный с ним Меншиков и Яков Брюс.

Тяготение к тайноведению у Брюса было, можно сказать, наследственным. Его предок шотландский король Роберт Брюс в XIV в. основал Орден святого Андрея, объединивший шотландских тамплиеров. По преданию, Яков Брюс после смерти Лефорта возглавил «Нептуново общество». Кроме того, на Сухаревой башне он занимался астрономическими наблюдениями. Репутация «звездочета» и глубокие научные познания Брюса порождали среди обывателей фантастические легенды. Как рассказывал П. И. Богатырев в очерках «Московская старина», москвичи уверились, «будто у Брюса была такая книга, которая открывала ему все тайны, и он мог посредством этой книги узнать, что находится на любом месте в земле, мог сказать, у кого что где спрятано… Книгу эту достать нельзя: она никому в руки не дается и находится в таинственной комнате, куда никто не решается войти».

Основой для подобных преданий могли послужить реальные факты. Чиновники, составлявшие опись кабинета Брюса, нашли там немало необычных книг, например: «Философия мистика на немецком языке», «Небо новое на русском языке» — так обозначено в описи. Была и вовсе загадочная книга, состоявшая из семи деревянных дощечек с вырезанным на них непонятным текстом. Народная же молва утверждала, будто магическая Брюсова книга принадлежала некогда премудрому царю Соломону. И Брюс, не желая, чтобы она после его смерти попала в чужие руки, замуровал ее в стене Сухаревой башни. А после того, как башня была разрушена, стали поговаривать, что случилось это неспроста и виной всему — могучие и опасные чары, заключавшиеся в Брюсовой книге. Да и саму смерть Брюса порой приписывали его магическим экспериментам.

Во второй половине XIX в. М. Б. Чистяков записал рассказы крестьян из села Чернышино Калужской губернии, принадлежавшего когда‑то Брюсу. Крестьяне говорили, что хозяин села был царским «арихметчиком», знал, сколько звезд на небе и сколько раз колесо повернется, пока до Киева повозка доедет. Взглянув на рассыпанный перед ним горох, он мог сразу назвать точное количество горошин: «Да мало ль еще, что знал этот Брюс: он знал все травы этакие тайные и камни чудные, составы разные из них делал, воду даже живую произвел…»

Решив испробовать чудо оживления и омоложения на себе самом, Брюс будто бы повелел верному слуге разрубить себя на части мечом и потом поливать «живой водой». Но для этого нужен был долгий срок, а тут царь некстати хватился своего «арихметчика». Пришлось слуге во всем сознаться и показать тело господина: «Глядят — тело Брюсово уж совсем срослось и ран не видно; он раскинул руки, как сонный, уже дышит, и румянец играет в лице». Возмутился духом православный царь, сказал с гневом: «Это нечистое дело!» И повелел похоронить чародея в земле на веки вечные.