В конце 1930-х гг., во время массовых репрессий, кладбища Москвы и Донской крематорий не стали справляться с потоком казненных, и в середине 1937 г. в Подмосковье для НКВД были выделены две новые расстрельные «зоны». Таким образом, поселок Бутово на 24-м километре Варшавского шоссе и совхоз «Коммунарка», бывшее подсобное хозяйстве НКВД, на 27-м километре Калужского шоссе, стали убойными цехами НКВД и рабочими местами московских палачей. В экспертном заключении архивной службы ФСК РФ от 06.04.1993 г. подтверждается, что в Бутово захоронено 25–26 тыс., в «Коммунарке» — 10–14 тыс. расстрелянных. Официально в Москве в 1937–1941 гг. по делам, которые велись органами НКВД — НКГБ, было расстреляно около 32 тыс. человек. Из них не менее 29 200 в 1937–1938 гг. Эти данные приведены на основании выявленных предписаний на расстрелы и актов о приведении приговоров в исполнение, хранящихся в архиве Управления ФСБ РФ по г. Москве и Московской области и в Центральном архиве ФСБ РФ (16).

Сколько людей на самом деле расстреляно и захоронено на этих «зонах», неизвестно. Некоторые исследователи считают, что число казненных в Бутово доходит до 90 000, а на Коммунарке — до 30 000 человек. Имеются также устные свидетельства о массовых захоронениях на Калитниковском и Рогожском кладбищах и других территориях, но документально это не подтверждено. В Бутово расстрелы производились по приговорам Московской городской и областной «троек», и поэтому основной контингент казненных составляли рабочие, крестьяне, представители интеллигенции, уголовники и священники (17). В Бутово расстреляны и похоронены 935 священнослужителей Русской православной церкви, включая митрополита Серафима Чичагова. За смену палачи редко расстреливали менее ста человек. В отдельные дни расстреливали по 300, 400 и более человек. «Рекорд» был поставлен 28 февраля 1938 г., когда на полигоне было расстреляно 562 человека. Пик расстрелов в феврале объясняется получением дополнительной квоты на расстрелы для НКВД Московской области, утвержденной Политбюро ЦК ВКП(б) 31 января, на казнь 4000 человек.

Вначале расстрелянных хоронили в отдельных ямах-могильниках, которые разбросаны по всей территории Бутовского полигона, а с августа 1937 г. казни в Бутово приняли такие масштабы, что «технологию» пришлось изменить. С помощью бульдозера и экскаватора стали рыть рвы длиной примерно 500 м, шириной и глубиной по 3 м. Приговоренных к смерти привозили на автозаках, в которые вмещалось по 20–30, а иногда до 50 человек. К полигону подъезжали со стороны леса в 1–2 часа ночи. Зона расстрела была огорожена колючей проволокой. Там, где останавливались автозаки, находилась вышка для охраны. Неподалеку были два строения: небольшой каменный дом для «исполнителей» и длинный деревянный барак. Людей заводили в барак якобы для «санобработки». Перед расстрелом проверяли установочные данные приговоренных и объявляли решение. Приведение приговоров в исполнение в Бутово осуществляла расстрельная команда, в которую, по рассказам исполняющего обязанности коменданта, входило 34 человека, а в особо напряженные дни число исполнителей увеличивалось. После окончания процедуры установления личности приговоренных по одному выводили из барака. Палачи принимали их, и каждый вел свою жертву ко рву. Стреляли на краю рва, в затылок, почти в упор. Тела сбрасывали в ров на дно траншеи. Для казней в основном применяли револьвер «наган», который в среде палачей считался самым «подходящим» оружием. При расстрелах полагалось присутствие врача и прокурора, но соблюдалось это далеко не всегда. Для снятия напряжения в дни расстрелов для исполнителей привозили водку. По окончании казней заполняли и подписывали акты о проведении расстрелов и «поминали» безвинно убиенных. После этого палачей, обычно совершенно пьяных, увозили в Москву. Работу завершал бульдозерист, чей дом до 1950-х гг. стоял на территории полигона. Он тонким слоем земли присыпал трупы, а на следующий день все повторялось. Так работал этот один из крупнейших в стране конвейер смерти. Бутовский полигон находился под охраной войск госбезопасности до 1995 г. Затем его передали Русской православной церкви и открыли для посещения по субботам и воскресеньям. На одной из братских могил установили поклонный крест памяти св. Новомучеников и Исповедников Российских.

Со временем конвейер смерти в Бутово стал давать сбои в работе, и нарком Ежов решил увеличить пропускную способность машины смерти. Он распорядился передать пустующую после ареста Ягоды дачу на территории совхоза «Коммунарка» под дополнительный полигон. Массовые расстрелы на «Коммунарке» начались в сентябре 1937 г. Первоначально ямы для захоронений копали лопатами, однако вскоре стали использовать гусеничный экскаватор «Комсомолец», которым, также как и в Бутово, рыли длинные траншеи и бульдозером засыпали тела расстрелянных. Важной особенностью этого полигона было то, что он находился в ведении центрального аппарата госбезопасности. На расстрел и захоронение в «Коммунарку» направлялись в основном осужденные Военной коллегией Верховного суда СССР, оказавшиеся в сталинских расстрельных списках и приговоренные к смерти «в особом порядке». Поэтому на этот конвейер смерти попадали крупные партийные и советские работники, генералы и офицеры РККА, деятели культуры и искусства, работники НКВД. В настоящее время известны имена 6500 расстрелянных и захороненных на «Коммунарке», на 4527 из них в Книге памяти жертв политических репрессий имеются краткие биографические сведения.

На «Коммунарке» казнены члены и кандидаты в члены Политбюро ЦК ВКП(б) А. Бубнов, Н. Бухарин, А. Рыков, Я. Рудзутак, Н. Крестинский, нарком юстиции Н. Крыленко, В. Антонов-Овсеенко, первые секретари ЦК ВКП(б) семи союзных республик, члены ЦИК СССР и ВЦИК, члены Совнаркома СССР. Там нашли свой трагический конец более двадцати секретарей обкомов партии, председателей правительств союзных и автономных республик, исполкомов областей и городов, основатели и руководители Коминтерна Пятницкий и Берзин. Там же закончил свою жизнь один из крымских палачей Бела Кун. Среди погребенных много генеральских фамилий и более двухсот фамилий сотрудников НКВД, включая Артузова, Петерса, Паукера и Шпигельгласа. Там же оборвался путь известного российского и советского экономиста Кондратьева Николая Дмитриевича, писателей Валериана Правдухина, Артема Веселого и Бориса Пильняка, ученого и поэта А. Гастева, историка Д. Шаховского, академика-микробиолога Г. Надсона, главных редакторов «Литературной газеты», «Красной звезды», «Труда», журнала «Огонек». На «Коммунарке» покоятся останки граждан 11 стран. 10 июля 1941 г. здесь в полном составе было уничтожено правительство Монголии во главе с А. Амаром. Здесь же похоронены политические и общественные деятели Литвы, Латвии, Эстонии, а также активисты коммунистического движения Германии, Румынии, Франции, Турции, Болгарии, Финляндии и Венгрии.

Массовые захоронения на «Коммунарке» производились до середины октября 1938 г., а в 1939 г. имели место лишь единичные случаи расстрелов. Данных о расстрелах в 1940 г. не найдено, но вскоре после начала войны за три дня — 27, 28 и 30 июля 1941 г. — на полигоне было расстреляно 513 человек.

Наиболее массовым был расстрел 16 октября 1941 г. В этот день, когда стала реальной угроза сдачи Москвы немцам, на «Коммунарке» расстреляли 220 человек. В числе расстрелянных были многие политические и военные деятели Латвийской Республики, комкор М.П. Магер, бригадный комиссар В.В. Давыдов, Н.А. Клич, С.И. Оборин, С.А. Черных и другие военные. Наиболее квалифицированные палачи работали в Москве в Варсонофьевском переулке, где имелась своя «расстрельная» команда. Эти палачи «работали» не только в Москве. Время от времени они выезжали в командировки туда, где производились массовые расстрелы, — в Медное под город Калинин, в Катынь, под Смоленск, под Харьков, в другие места. В других городах были свои палачи, свои расстрельные подвалы и полигоны и свои секретные кладбища.