В Ленинграде расстреливали в Левашовском лесу особого назначения. Это одно из самых крупных в стране захоронений репрессированных. По самым скромным подсчетам, здесь покоятся останки пятидесяти тысяч граждан, расстрелянных по политическим статьям. Полигон оставался секретным до начала 1990-х гг. Массовые расстрелы проводились также в Ковалевском лесу — урочище на территории Ржевского артиллерийского полигона, в 4 км к северо-востоку от железнодорожной станции «Ржевка» Всеволожского района Ленинградской области. В Киеве расстреливали в лесу под Быковней, возле сел Рыбное и Святошино, в Бабьем Яру. В Минске массовые расстрелы «врагов народа» производились в урочище Куропаты, где на территории в 30 га обнаружено 510 захоронений.

Палачи во внутренних тюрьмах НКВД областных городов не успевали «исполнять» приговоренных по квотам «первой категории», утверждаемым Политбюро ЦК ВКП(б), поэтому на периферии «ближе к потребителю» открывались дополнительные убойные застенки — филиалы основных. Так, в Иркутской области большая часть приговоров была приведена в исполнение в областном центре в подвалах УНКВД (ул. Литвинова, 13) и во внутренней тюрьме НКВД (ул. Баррикад, 63). Ночью трупы вывозили на грузовых автомобилях в лес под Пивовариху и к поселку Большой Разводной (ныне — в зоне затопления Иркутского водохранилища), где, по данным УКГБ по Иркутской области, захоронены 20 016 жителей Иркутска и области. Но расстреливали также в поселках Бодайбо, Киренске и в районе Озерлага. В Кузбассе кроме Кемерово расстреливали в Мариинске, Прокопьевске, Тисуле, Ягуновке и Темиртау. Многие места массовых политических убийств остаются неизвестными до сих пор. В Томске, например, основным местом массовых расстрелов и захоронения жертв репрессий был район горы Кыштак в Ленинском районе города. Репрессированных пригоняли партиями из тюрьмы (ныне СИЗО на ул. Пушкина, 48а) в Страшный ров и тут же расстреливали (18). Расстрелы проводились также в Асино и других городах области.

Случайно было обнаружено крупное массовое захоронение в городе Колпашево, в 270 км к северо-западу от Томска. В 1979 г., во время майских праздников, паводок на реке Оби подмыл берег Колпашевского яра и обнажил одно из крупнейших мест массовых захоронений. На этом месте в конце 1930-х гт. находилось здание Нарымского окружного отдела НКВД. Начальник городского отделения КГБ доложил о случившемся по инстанции. После проведения первомайской демонстрации первый секретарь Томского обкома КПСС Лигачев и начальник управления КГБ Иванов поставили в известность о «находке» членов Политбюро ЦК КПСС Суслова и Андропова. Было принято решение размыть теплоходами берег, а трупы затопить в реке. Операция по уничтожению захоронения проводилась силами сотрудников госбезопасности под руководством начальника управления КГБ, секретаря обкома КПСС и московского чекиста генерал-майора Фокина.

Район захоронения был оцеплен силами КГБ и милиции. Прокурору города было дано указание не проводить судебно-медицинских экспертиз и опознаний трупов. Был собран партийно-хозяйственный актив, которому сообщили, что в захоронении находятся трупы расстрелянных в годы войны дезертиров. Берег высотой сорок метров размывали винтами двух теплоходов. При дальнейших обрушениях берега были обнаружены новые захоронения. В них находились как останки людей, так и засыпанные известью и хорошо сохранившиеся мумифицированные трупы. При размывании берега трупы падали в реку. Специальные команды из сотрудников милиции и КГБ на моторных лодках дежурили у теплоходов, петлями из проволоки ловили плавающие трупы, буксировали их на середину реки, привязывали к ним грузы и топили. Часть трупов была разнесена по пойме Оби. С мая по сентябрь сотрудники КГБ и милиции обследовали берега реки ниже города Колпашево. При обнаружении трупов их притапливали или зарывали в землю без обозначения мест захоронения.

Вспоминает Черепанов Владимир Петрович, капитан теплохода, размывавшего берег: «9 мая 1979 г. я был вызван в кабинет начальника томского речпорта. В кабинете помимо председателя парторганизации находились два незнакомых мне товарища, которые представились работниками КГБ. Их интересовал вопрос технических возможностей теплохода ОТ-2010, на котором я в то время работал. В частности, интересовались возможностью размыва грунта. Сказали, что этим способом нужно убрать захоронение с Колпашевского яра. Использовать технику на кромке яра, высотой 25 метров было невозможно, поэтому они решили остановиться на применении теплохода… Теплоход стоял перпендикулярно берегу. Отбойной волной винтов начали мыть берег. Мыли часа два. Сначала падали кости. В срезе яра была одна яма-захоронение. Когда содержимое ямы обвалилось, появились темные прямоугольники, предвестники новых захоронений… Трупы из ям стали падать в воду. Верхний мерзлый слой земли обваливался большими глыбами, по мере размывания нижнего талого слоя грунта… Трупы были целые, разной величины, — в том числе и детей. Видел на трупах розово-белое белье. Запах был ужасный, врагу не пожелаешь. Все это падало в реку и размалывалось винтами. Трупов было много, очень много — количество никто не фиксировал, да и сделать это было невозможно. Трупы плавали, кагэбэшники их фотографировали. Теплоход почти весь ушел в берег, образовалась бухта. Мыли с 11 по 15 мая круглосуточно, пока не перестали из грунта выпадать трупы. Мы работали абсолютно бескорыстно. Выполняя эту работу, я считал, что выполняю ответственное государственное задание. По окончании работы меня повезли в КГБ на черной «Волге», было страшно. От имени Ю.В. Андропова вынесли благодарность за отлично выполненную операцию и подарили приемник «Томь»».

Вспоминает Чепуров С.Ф., в 1979 г. работник уголовного розыска: «Трупы вымывали по ночам, затем привязывали к ним груз и топили в реке. Однако не все успевали потопить, часть плыли по реке. Сам я находил трупов семь, как по Оби, так и по ее притокам. Вернее, не я сам, люди сообщали в милицию, и раз я работал по розыску, то мне приходилось выезжать на место обнаружения трупов. Все трупы были внешне похожи: коричневые, плоские, с отверстиями в затылочной части. Из семи обнаруженных одна была женщина. Никаких проверок не проводилось. Я действовал согласно принятому решению руководства. На месте обнаружения их и закапывали». Вспоминает Витюк А.В., начальник объединения «Агропромстрой»: «Наше предприятие стояло на берегу, сторож сказал, что к берегу прибило труп. Позвонили в милицию. Те говорят: «Если есть отверстие в затылке, тогда пусть плывет дальше». Посмотрели, в затылке действительно было отверстие. Мы привязали к трупу камни и оттолкнули от берега». Вспоминает Меринов Б.Е., в 1930-е гг. старший оперуполномоченный Колпашевского НКВД: «Новосибирск утверждал, кого расстреливать. Потом из тюрьмы приводили и стреляли в НКВД. Расстреливали из мелкокалиберного оружия. При мне несколько раз приводили этапы по 50 человек, назад никого не уводили. Хоронили во дворе. В 1965 г. ко мне обращались из КГБ, показать места захоронения, что я и сделал. Они говорили, что для эксгумации трупов. Я исключаю, что в найденном захоронении были трупы дезертиров Великой Отечественной войны. Тех отправляли в Томск» (19). Кто знает, сколько еще в стране таких захоронений?