Говорилось, что «весь Лондон в ужасе бросился к церкви». Королева видела огонь из окон своего Гринвичского дворца. Некоторые моряки бросили якорь на Темзе и организовали импровизированный конвейер из ведер с речной водой; затем они взобрались на крышу с мокрыми шкурами, чтобы подавить пламя. К полуночи огонь был потушен, и собор представлял собой почерневшие руины без крыши. Многие верили в то, что это недобрый знак, предвещавший великие изменения в делах человеческих, но, как и всегда, он остался неясен. Что касается самого собора, то башню отреставрировали, однако шпиль так и не восстановили.

Некоторые были уверены в том, что воспламенение было делом рук папистов, использовавших порох или более неуловимые магические методы. Весной 1561 года была сформирована комиссия по расследованию «фанатиков мессы и колдунов», и по подозрениям в некромантии были арестованы некоторые дворяне-католики; в использовании темных искусств против королевы признались различные колдуны, после чего они были пронесены по улицам Лондона и пригвождены к позорному столбу.

Таким образом, остров кишел слухами. Призывали обратиться к предсказаниям Нострадамуса, и в 1562 году на двадцать книготорговцев наложили штраф за продажу одной из его книг предзнаменований. Тот же год был свидетелем многих других чудес. Ко двору было принесено тело ребенка, родившегося с кольцом шерсти вокруг шеи и с руками, «подобными жабьим лапам». Рождались свиньи с человеческими носами.

Елизавета заболела; вероятно, это было самое неблагоприятное время для хвори. В конце одного письма, составленного осенью 1562 года, она добавила: «Писать дальше мне не позволяет жар». Тогда она отдыхала во дворце Хэмптон-Корт. Чтобы смягчить проявления жара, она приняла ванну, однако вместо желаемого эффекта у нее начался озноб, и тело быстро поддалось болезни. У нее обнаружили оспу, которая с большой вероятностью могла отнять у нее жизнь. Позже она вспоминала, что «смерть распоряжалась практически всеми моими членами, поэтому я тогда желала, чтобы тоненькая ниточка жизни, которая длилась столь (как я думала) долго, слишком долго, будет тихо разрезана Клото». Клото была одной из мойр-Судеб, управляющая человеческой долей. Елизавета впала в бессознательное состояние и «не произносила ни слова».

Сесила вызвали сразу после того, как королева слегла. Ему сообщили, что жить ей, возможно, осталось всего несколько дней. Члены совета были вызваны из Лондона. Денно и нощно они проводили встречи, обсуждая грозившую им катастрофу. Все сомнения и противоречия в государстве достигли критической точки в дискуссиях о порядке престолонаследия. О Марии Стюарт не могло быть и речи: воцарения второй королевы-католички допустить было нельзя. Из всех кандидатов самой подходящей считалась леди Катерина Грей, все еще пребывавшая в опале после тайного заключения брака. Она, по крайней мере, была протестанткой.

Когда лихорадка значительно стихла, королева вернулась в сознание. Она была уверена в том, что умирает, и, когда члены совета собрались у ее ложа, она попросила их назначить Дадли регентом королевства. Она сказала им, что очень его любит, однако заявила, призвав Господа в свидетели, что между ними никогда не было «ничего непристойного». И все же кризис миновал: ее крепкое от природы здоровье взяло верх, и она осталась в живых. Однако факт того, что она смертна, стал теперь очевиден всему государству и ей самой. В следующие годы королева не желала, чтобы ей напоминали о ее болезни.

Религия Англии всегда обладала жизненно важным европейским аспектом. В начале 1560-х годов, например, страна стала частью Религиозных войн, расколовших Францию. В вопросах веры ни одно государство не было островом. В период регентства Екатерины Медичи боролись за господство католики и гугеноты, при этом Гизы поддерживали католиков, а Бурбоны приняли сторону протестантов. Сама Екатерина обязана была поддерживать между ними определенное равновесие, чтобы сохранить единство королевства. В эту нелегкую борьбу были, в свою очередь, втянуты правители других европейских государств, как католических, так и протестантских; в числе первых были император Священной Римской империи Фердинанд I и Филипп II Испанский. Елизавета не могла оставаться в стороне: это выглядело бы слабостью. Большая часть ее совета, представлявшая собой приверженцев протестантизма, также поддержала бы дело протестантов.

Елизавета, как всегда, медлила. Она никогда не принимала решение, когда его можно было избежать. Промедление было ее способом ведения государственных дел. Она не водила дружбы с кальвинистами-гугенотами, поскольку не уважала учений Кальвина в лице Джона Нокса и его «Первого трубного гласа против чудовищного режима женщин». Ей была противна мысль растратить столь нужные стране денежные средства в войнах европейских государств. И у нее было куда больше причин для наблюдения за действиями Марии Стюарт в Шотландии. В любом случае всеобщая Религиозная война в Европе пророчила многие опасности. Она могла втянуть Англию в бессмысленную бойню. Но война была возможностью выиграть дорогие призы. Один из советников писал Елизавете, что «есть вероятность, что во всей этой суматохе представится возможность вернуть Кале». И все же королева колебалась. Она отправила к Екатерине Медичи посла с обещанием оказать ей помощь в любом посредничестве.

В то же время Мария Стюарт добивалась встречи с английской кузиной, питая надежду на то, что Елизавета признает ее притязания на трон. Елизавета была открыта возможности увидеться с близкой родственницей и соседствующей королевой. Эта встреча могла способствовать перемирию во Франции и успокоению Гизов, с которыми была связана Мария, бывшая некогда женой французского короля. Но и здесь подстерегали бесконечные опасности. Совет был единогласен: этой встрече двух королев не бывать. Они не сомневались в том, что Мария — тайный враг, продолжающий преследовать интересы католичества от лица Франции. Слишком страшно было представить, что королевой Англии опять станет католичка.

Елизавета отстояла свое желание встретиться с королевой шотландцев и обещала устроить для той прием в Ноттингеме в начале сентября 1562 года. Властям города были направлены письма с приказом подготовиться к прибытию эскортов двух королев, насчитывавших около четырех тысяч человек. Однако были получены новости о том, что испанские войска подходят к французской границе, дабы поддержать претензии Гизов. Протестанты, должно быть, были огорошены; предложения Елизаветы относительно посредничества теперь оказались тщетными, а любые встречи — в высшей степени бестактными. Поэтому запланированную встречу с Марией Елизавета отменила. Узнав об этом, королева шотландцев слегла на целый день.

Отчаявшийся предводитель гугенотов принц Конде обратился к Елизавете с просьбой предоставить ему войска и денежные средства. Он до сих пор контролировал Нормандию и в ответ на ее помощь обещал передать ей Гавр и Дьеп в качестве обеспечения возвращения Кале в состав Англии. Она больше не могла медлить; ее нежелание помочь протестантам разрушало доверие к ней на Антверпенской бирже. 22 сентября в Хэмптон-Корте был заключен договор с представителями Конде. Королева согласилась отправить войска численностью шесть тысяч человек во Францию, а также предоставить крупный заем. Она писала Марии о необходимости «защитить собственные дома от разрушения, когда соседские охвачены огнем». Нужде закон не писан.