Теперь по приказу королевы стали приниматься иные меры против протестантов более строгих взглядов. Любому, кто отказывался подписать декларацию верности, не давали согласия на осуществление богослужений. В результате многие богобоязненные священники стали жить мирской жизнью, в которой работали юристами и даже докторами; некоторые мигрировали в Шотландию, известную своим более доброжелательным отношением, либо обосновались в Цюрихе и Женеве. В ответ на серию памфлетов и книг с проповедями, приветствующими пуританское течение, Звездная палата издала судебный запрет, воспрещающий под страхом трехмесячного тюремного заключения публикацию любых трактатов, направленных «против предписаний королевы».

Радикальные сектанты, считая, что на них организованы гонения, сплотились еще сильнее. За эталон они приняли богослужебную книгу, используемую кальвинистами в Женеве. Традиционную литургию на английском языке, используемую, как они утверждали, «традиционалистами», они отвергали. Особенно оживленной была их деятельность в Лондоне. В 1567 году Джон Стоу писал, что «группа, именующая себя пуританами или незапятнанными агнцами Господа… содержала церковь в Минорис при Олдгейте». В разное время они собирались на корабле в доках Святой Екатерины, на Пудинг-Лейн и в доме ювелира на улице Стрэнд.

Мнения по поводу крещения и предопределения у них различались, но они были едины в страстном стремлении молиться и распространять Слово Божье. Они подчеркивали огромное значение Священного Писания, презирали пережитки папства, до сих пор не исчезнувшие из новой религии, призывали незыблемо соблюдать священный день отдохновения — воскресенье, осуждая всеобщую разнузданность эпохи. Смысл заключался в личной вере человека, доступ к которой имело лишь милосердие, но ни один священник. Можно сказать, что благочестивые чтили духовную церковь, в то время как верующие, придерживающиеся традиционных взглядов, — зримую.

В июне 1567 года группа сектантов арендовала Пламберс-Холл в Чекер-Ярде, Лондон, якобы для празднования свадьбы; в действительности они стремились провести день в проповедях и молитвах. Молва об их планах достигла властей города. Их окружили, а некоторых арестовали шерифы. Сектанты предстали перед епископом Лондонским. Двадцать четыре человека были на некоторое время брошены в тюрьму. Возможно, именно это событие стало толчком к зарождению религиозных распрей, которые в конце концов привели к расколу страны.

Пуритане пользовались поддержкой наиболее влиятельных людей королевства. Многие епископы благосклонно относились к их стремлениям. Наиболее известным человеком из знати, защищавшим радикальных протестантов, был граф Лестер. Считается, что Уильям Сесил вместе с другими советниками королевы придерживались тех же взглядов. Влиятельная группа пуритан начала формироваться в Кембриджском университете. Королева была невозмутима. Елизавета не собиралась насаждать единственно возможную религию, но требовала подчинения. На этом, как она считала, зиждился мир в королевстве. Ничто бы не вынудило ее провести доктринальную реформу. Ей была неприятна мысль о каких бы то ни было изменениях религии.

Другие были настроены оптимистично. В «Апологии англиканской церкви» 1562 года Джон Джуэл, епископ Солсберийский, провозгласил, что «мы приблизились к апостольской вере столь близко, сколь возможно». Свое убеждение он обосновывал тем, что «мы исследовали святую Библию, которая не может лгать, и нашли нашу истинную форму религии». Эти умеренные протестанты верили, что отыскали вековую истину, давно исчезнувшую в трясине папства. В годы правления Елизаветы вкус к протестантской религии под влиянием конформизма или равнодушия постепенно обрело большинство людей, однако это соглашательство медленно, но верно переросло в традиционную религию Англии. Спустя несколько лет не осталось людей, знавших иные формы богослужения. Эта монархическая церковь на рубеже веков получила название англиканской.

Имело место и другое преобразование, ставшее заслугой королевы и ее совета, — денежная реформа. Елизавета изъяла из обращения обесценившиеся монеты, а также уменьшила количество дешевого металла, используемого при чеканке; впервые за много лет стоимость монеты стала эквивалентна ее номинальной стоимости. Королева положила конец снижению стоимости, начавшемуся в правление ее отца. Достижение это было столь эпохальным, что нашло отражение в месте ее упокоения. В эпитафии оно приводится третьим в числе наиболее успешных свершений Елизаветы после религиозной реформы и сохранения мира. Набожность, мир и процветание должны быть неделимы.

Королевы Шотландии и Англии оставались незамужними, и это необычное положение оборачивалось для обеих трудностями. Мария Стюарт искала спутника жизни во Франции или Испании; ходили слухи, что она, вероятно, выйдет замуж за дона Карлоса — сына испанского короля Филиппа II — или даже за брата своего покойного мужа — Карла IX Французского. Случись так, сила ее страны удвоилась бы, а угроза соседней державе стала бы еще серьезнее. Проявив неслыханную дерзость, Елизавета предложила представителям Шотландии при ее дворе, чтобы их госпожа рассмотрела в качестве кандидата на ее руку Роберта Дадли — недавнего фаворита самой Елизаветы, чтобы в итоге произошло объединение в один двор с финансированием со стороны английской королевы. Мария некоторое время рассматривала это предложение как очередное средство приблизиться к английскому трону, однако никогда не была готова принять то, что отвергла Елизавета. Она воодушевленно ублажала соперницу расплывчатыми обещаниями, но в действительности искала иностранного принца.

Это заставило Елизавету пересмотреть вопрос собственного замужества. В очередной раз она обратила внимание на кандидатуру эрцгерцога Карла Австрийского и в начале 1564 года написала Габсбургам о том, что «должна была принять это решение во благо ее страны и подданных». Она отнеслась к словам парламента со всей серьезностью. Однако вероисповедание эрцгерцога создавало известные трудности: он был истовым католиком, который не потерпел бы никаких препятствий к отправлению своей религии. Роберту Дадли осенью 1564 года был дарован титул графа Лестера, однако новый статус не смог существенно приблизить его к цели. Он еще оставался серьезным фаворитом королевы, ее истинным рыцарем «без страха и упрека». На церемонии вручения Дадли титула шотландский посол отметил, что «королева не могла удержаться от того, чтобы не коснуться слегка рукой его шеи». Выйди Елизавета замуж, однако, такие знаки расположения стали бы строжайше запрещены.

Дадли, вероятно, принял решение расстроить возможный союз королевы и эрцгерцога. Он вступил в сговор с французами с целью продвижения кандидатуры молодого Карла IX, однако огромная разница в возрасте между 14-летним мальчиком и 31-летней женщиной стала бы предметом глумлений и волнений. Елизавета сказала, что не пройдет и нескольких лет, как он уйдет от нее, оставив ее недовольной старой женщиной. Когда испанский посол спросил ее, намеревается ли она выйти замуж за французского короля, она «полуприкрыла лицо и засмеялась».

После провала французского плана Лестер выступил против заключения брака Елизаветы с эрцгерцогом ввиду вероисповедания этого кандидата, Вероятно, не следует удивляться тому, что в этот период Лестер стал проявлять себя защитником истинной протестантской веры. Он поддерживал «богоугодных» миссионеров, к примеру, в их протестах против папских элементов Книги общих молитв. Его точку зрения относительно брака Елизаветы и Карла Австрийского категорически не поддерживали Сесил, герцог Норфолк и граф Суссекс; последний лично посетил Вену, чтобы ускорить заключение союза.