По указанию Москвы, Сибирское бюро ЦК РКП (б) стало предпринимать срочные меры для ликвидации мятежа. 12 февраля при Сибирском революционном комитете была образована полномочная тройка в составе председателя Сибревкома Смирнова, помощника главнокомандующего Красной Армии по Сибири Шорина и председателя сибирской ЧК Павлуновского. Этой тройке переподчинили все имевшиеся в наличии в Сибири вооружённые силы и местный административный аппарат в районах, охваченных мятежом. Везде было введено военное положение и проведены мобилизации. Кроме того, в Сибирь были переброшены части стрелковых дивизий, несколько кавалерийских и стрелковых полков, четыре бронепоезда и многочисленные войска ЧОН. Опять же, наученные горьким опытом пока безуспешной борьбы с антоновщиной, большевики стремились одним махом уничтожить "эсеровско-кулацкую заразу".

В тот же день, 12 февраля, Сибревком издал приказ: "В последние дни замечается порча железнодорожного пути на разных участках Омской железной дороги. Отдельные группы белогвардейцев распространяют среди населения слухи о том, что Советская власть в Омске, Екатеринбурге и Челябинске пала, и понуждают население разрушать путь, угрожая наказанием за отказ от участия в разрушениях. Сибирский революционный комитет объявляет, что все лица, захваченные во время нападения на железную дорогу, будут расстреливаться на месте без суда. Жители сел и деревень, расположенных в десятивёрстной полосе по обе стороны от железной дороги, несут ответственность жизнью и имуществом за целость железнодорожного пути и телеграфной сети.

Настоящий приказ прочитать во всех сёлах и деревнях, расположенных вдоль Омской ж.д., и расклеить на всех станциях и разъездах".

Если же учесть, что в это время на Тамбовщине антоновцы перерезали часть Юго-Восточной железной дороги, то большевики оказались в незавидном положении: хлеб в центр не поступал ни с юга, ни из Сибири, основных житниц России. 16 февраля Ленин отправил срочную телеграмму в Сибирский комитет по продовольствию:

"Ввиду обострившегося до крайности положения (с) продовольствием республики, предписываю (в) порядке боевого приказа, напряжением всех сил повысить погрузку (и) отправку хлеба центру до максимума. Ежедневно (по) прямому проводу сообщайте лично мне и Наркомпроду: первое — наличие на станциях желдорог, второе — количество подвезённого (к) станциям хлеба за сутки, третье — погрузку хлеба за сутки, отдельно — центру, отдельно — местная; четвёртое, если был недогруз — причины последнего. Предсовобороны Ленин".

Но, видимо, угрозы большевиков подействовали сильнее, чем угрозы мятежников. Уже к 18 февраля была разгромлена одна из крупных группировок партизан численностью до трёх тысяч человек, располагавшаяся вдоль железнодорожной линии Омск-Тюмень с центром в селе Голышманово. К 26 февраля железнодорожный путь в Москву был практически восстановлен и даже отправлены первые семь эшелонов с хлебом. В первых числах марта восстановлен путь Омск-Челябинск. В конце марта-начале апреля вся Ишимско-Петропавловская группировка была разгромлена большевиками. К середине мая восстановлена советская власть в Тобольском и Кокчетавском районах. Дольше всего сопротивлялись партизаны на севере. В низовьях Оби — едва ли не до середины лета. В этой глубинной российской междуусобице погибло не менее двух тысяч красноармейцев, свыше пяти тысяч советских и партийных работников и десятки тысяч крестьян, точное количество жертв среди которых никогда в истории России (ни до, ни после этого) и не считали.

Тем не менее, и это восстание сыграло против большевистской политики продразвёрстки. Она была отменена и заменена продналогом.

В начале 1921 года общая численность армии Антонова достигла почти 50 тысяч человек. Он разделил армию на четыре крупные подвижные группировки. К югу от Кирсанова (в районах сел Рамза — Инжавино) действовала группа под командованием самого Антонова, к югу от села Рассказова — группа Токмакова, к северу от Тамбова (в районе Чернёное — Пахотный Угол) действовала группировка Селянского, наконец, в районе станции Жердевка — отряд Богуславского. В январе-феврале девятитысячный отряд Антонова вторгся в Балашовский и Сердобский уезды Саратовской губернии и захватил станцию Ртищево, вновь перерезав железнодорожную ветку до Москвы. В марте им же был занят Чембарский уезд Пензенской губернии. Кроме того, в Воронежской губернии, в Бобровском и Новохоперском уездах, действовал пятитысячный отряд Ивана Колесникова. Он разбил свой отряд на четыре кавалерийских полка, имел несколько десятков пулемётов и даже целую батарею из четырёх орудий. Ещё осенью Колесников установил связь с Антоновым и его штабом, который присвоил отряду Колесникова наименование 1-го Богучарского полка. В марте же Колесников захватил и какое-то время удерживал несколько населённых пунктов Воронежской губернии. Лишь с большим трудом и немалыми потерями красноармейцам удалось их освободить. После чего Колесников окончательно перебрался на Тамбовщину к Антонову.

Собственно же саратовский отряд возглавлял также кулак Попов, который тоже весной влился в собственно Народную армию.

Обеспокоенный медлительностью военного командования и незначительностью успехов в борьбе с Антоновым, Ленин 6 февраля отправил Эфраиму Склянскому свою очередную записку: "Пусть два раза в неделю мне дают краткие, самые краткие итоги борьбы с бандитизмом". В тот же день тому же адресату прислал ещё одну:

"Закажите мне краткий доклад Главкома (с краткой схемой размещения банд и войск) о том, что делается.

Как используется вполне надёжная конница?

— бронепоезда? (Рационально ли они размещены? Не курсируют ли зря, отнимая хлеб?)

— броневики?

— аэропланы?

Как и сколько их используется?

И хлеб и дрова, всё гибнет из-за банд, а мы имеем миллионную армию. Надо подтянуть Главкома изо всех сил".

В январе части Красной Армии предприняли против антоновцев две крупные операции, в феврале — четыре, в марте — целых восемь. В конце февраля они сильно потрепали трёхтысячный отряд партизан под селом Богуславским. Пытаясь выйти из-под удара, антоновцы отступили в Чембарский уезд Пензенской области. В марте шеститысячный отряд антоновцев потерпел поражение под Тамбовом.

В январе 1921 года сильно истощились губернские продовольственные запасы. А это, в свою очередь, заставило большевиков резко увеличить объем продразвёрстки для того, чтобы обеспечить города губернии хлебом и продуктами питания (вместо заявленных ранее 50 процентов урожая ярового хлеба во многих уездах, в том числе объятых мятежом, стали взимать все сто процентов). Дополнительная развёрстка, естественно, усилила недовольство крестьян, что резко увеличивало численность Народной армии Антонова.

С 20 января была прекращена выдача хлеба гражданскому населению Кирсановского уезда, за исключением детей.

Совет Народных комиссаров в конце января срочно направил в Тамбов своего полномочного представителя — наркома просвещения Анатолия Луначарского. Тот был поражён состоянием дел, голодом среди рабочих и служащих, нехваткой топлива, и 2 февраля направил срочную телеграмму в Кремль: