Менахем-Мендель Тевелев Бейлис не подходил на роль религиозного фанатика. Пожалуй, его арест объяснялся тем, что он был единственным евреем, жившим вблизи пещеры. Бейлис служил приказчиком кирпичного завода, принадлежавшего семье сахарозаводчиков евреев Зайцевых. Он не был искушен в Талмуде и не выполнял элементарных обрядов, например работал в день субботний.

В своих воспоминаниях, написанных с помощью журналистов через несколько лет после процесса, Бейлис припомнил, что подполковник Кулябко велел ему написать все, что он знает об убийстве Ющинского. Когда приказчик отговорился незнанием, начальник охранки прикрикнул: «Это все? Чепуха. Если ты не скажешь правду, я тебя отправлю в Петропавловскую крепость». Бейлис твердил о своей невиновности, а веских доказательств у полиции не было. Фонарщик Шаховской частично отказался от своих показаний. Один из соседей сообщил следователю, что фонарщик оговорил Бейлиса из мести.

Единственным свидетелем, который мог пролить свет на исчезновение Андрея Ющинского, был его приятель Евгений Чеберяк. Семья Чеберяк имела плохую репутацию. Всеми семейными делами заправляла Вера Чеберяк, державшая под каблуком безвольного мужа-телеграфиста. Ее не только беспрекословно слушались дети (сын и две дочери), но и побаивалась вся округа. В квартире Чеберяк был воровской притон, куда свозили краденые вещи.

Чеберяк давно попали в поле зрения следствия. Если приглядеться к показаниям матери и сына на допросах, то можно заметить, что они всегда указывали на лиц, бывших в данный момент на подозрении у полиции. Когда арестовали мать убитого, Чеберяк рассказывала о ее плохом обращении с сыном. Когда заговорили о ритуальном убийстве, она заявила, что уверена в причастности евреев к преступлению. Примеру матери следовал Женя, пытавшийся оговорить дядю убитого, Федора Нежинского.

Поведение Веры Чеберяк казалось подозрительным следственным властям. Ее несколько раз брали под стражу и отпускали. Впрочем, до поры до времени следователь Фененко относился к матери и сыну как к одним из многочисленных знакомых погибшего. Показания фонарщика Шаховского круто меняли ситуацию. Хотя Женя не подтверждал, что виделся со своим приятелем в день его исчезновения, следствие считало, что он скрывал правду из страха перед матерью. Чтобы пресечь вмешательство Веры Чеберяк, ее арестовали в один день с Бейлисом.

Но, изолировав мать, следствие не позаботилось о безопасности детей. В начале августа дети захворали. Женю положили в больницу с признаками дизентерии. Врач больницы говорил: «С каждым днем мальчик заметно слабел, и я видел, что надежды спасти его почти нет». 8 августа Веру Чеберяк выпустили из тюрьмы, и она вопреки уговорам врачей взяла сына домой. Полицейские не спускали с нее глаз. Сыщик Полищук рапортовал, что в бреду Женя произносил: «Андрюша, не кричи!» Сыщик также заметил, что когда мальчик приходил в сознание и пытался что-то сказать, мать закрывала ему рот поцелуем. Вечером Женя скончался, через несколько дней умерла его сестра Валентина.

Внезапная смерть детей горячо обсуждалась в прессе. Почти никто не сомневался, что главных свидетелей отравили. Расхождения были только при определении виновных этой трагедии. «Известно, что за дело взялся Союз русского народа. Стоит ли удивляться, что в результате получилось новое преступление?» — спрашивала либеральная газета. Черносотенцы в свою очередь проводили зловещее сопоставление: стоило арестовать Бейлиса, как потенциальные свидетели против него погибли.

В литературе утвердилось представление, что Вера Чеберяк отравила своих детей в страхе перед разоблачением. Конечно, она явно боялась, что ее сын о чем-то проговорится. Но дети заболели, когда она находилась под стражей, а мальчик был взят домой уже в безнадежном состоянии. Впрочем, гибель двух детей можно назвать внезапной, но никак не загадочной. 10 августа 1911 г. Киевский бактериологический институт провел исследование, не оставлявшее сомнений в смерти Жени от дизентерии.

Арест Бейлиса усилил разногласия среди представителей судебного ведомства. Прокурор окружного суда Н.В. Брандорф доказывал своему шефу Чаплинскому, что следствие не располагает убедительными уликами против Бейлиса. Он набросал на листе бумаги все доводы, изложенные прокурором судебной палаты, в результате чего получился, с его точки зрения, бессвязный набор предположений и догадок. Но Чаплинский нашел, что на бумаге «вышло еще лучше».

Следователь Фененко также отказывался предъявить Бейлису официальное обвинение. Поэтому Чаплинскому пришлось дать следователю письменное распоряжение. 3 августа 1911 г. Фененко объявил Бейлису, что ему предъявлено обвинение в убийстве мальчика Андрея Ющинского. По воспоминаниям Бейлиса, судебный следователь сказал ему в своем кабинете: «Бейлис, вы должны понять, что вас обвиняю не я, а прокурор. Это он приказал заключить вас в тюрьму».

Прокурору судебной палаты пришлось также преодолевать сопротивление полиции. 25 августа начальник сыскной полиции Мищук сообщил, что обнаружены вещи убитого и орудия преступления. Участники следствия срочно выехали на окраину города, где им были продемонстрированы вещи, выкопанные из земли и доказывающие якобы виновность воров из шайки Веры Чеберяк. Экспертиза показала, что эти улики были сфабрикованы. В докладе министру юстиции Чаплинский заключил: «Мищук или поддался грубому обману со стороны кого-либо и не сумел распознать его вследствие своих малых способностей, или, что более вероятно, сам оборудовал весь этот эпизод в надежде ввести в заблуждение судебные власти и направить следствие на ложный путь». Сам Мищук, преданный за подлог суду, оправдывался тем, что стал жертвой мистификаций со стороны своего агента Кушнира, которого перекупил Красовский с целью окончательно скомпрометировать начальника сыскной полиции и занять его место.

Избавившись от конкурента, Красовский продолжил его линию. Надо отметить, что полицейский пристав неоднократно менял свою версию преступления. В начале следствия он подозревал родственников убитого. Затем он перенес внимание на завод Зайцева и в конце июля докладывал Фененко о результатах осмотра печи для обжига кирпича: «В этой печи, по моему мнению, скорее всего, и было совершено убийство Андрея». Но постепенно пристав начал искать преступников в окружении Веры Чеберяк.

Директору Департамента полиции С.П. Белецкому было передано конфиденциальное мнение прокурора судебной палаты, что «Красовский изменил свой образ действий под влиянием получения им денежной взятки от еврейской колонии». В сентябре 1911 г. Красовский был удален из Киева и через некоторое время по настоянию Чаплинского предан суду за незначительный служебный проступок.

Парадоксально, что прокурор судебной палаты, человек с университетским образованием, защищал ритуальную версию от двух полицейских — Мищука и Красовского, исключенных из гимназии за неуспеваемость. Чаплинский не сразу оказался в рядах защитников средневекового предрассудка. Прокурор знал, что крайне правые обвиняли в убийстве «религиозных изуверов», но, как он показывал впоследствии, «у меня, однако, не укладывалось в голове, чтобы в XX веке в таком городе, как Киев, могло бы возникнуть такое дело». Возможно, он кривил душой перед следователями Временного правительства. Однако следует отметить, что первые шаги Чаплинского были направлены против черносотенной