На протесты анархистов в печати власти ответили репрессиями. Так, на заседании ВЧК 18 апреля Петерс предложил принять меры к отмене порядка, установленного Моссоветом «в деле борьбы с контрреволюционной печатью», согласно которому закрытие газет могло осуществляться лишь по решению ревтрибунала. При этом он ссылался на дело анархистов. В.А. Александрович должен был ходатайствовать в СНК РСФСР о решении «передать в руки ВЧК все дело борьбы с контрреволюционной печатью».

Акция, совершенная чекистами в Москве, стала ориентиром для действий властей в регионах. 1 мая 1918 г. из Москвы на места была отправлена директива НКВД: «Опыт Москвы, Петрограда и других городов доказал, что под флагом организации анархистов прикрываются хулиганы, воры, грабители и контрреволюционеры, подготавливающие свержение Советской власти. С этой целью вооружаются, вносят разложение в малосознательные слои населения. Все дружины и организации анархистов разоружить. Всякий может иметь оружие только с разрешения Совдепов».

Вплоть до начала осени 1918 г. продолжалось разоружение анархистских организаций и отрядов по всей России, затронув Брянск, Бежицу, Витебск, Вологду, Воронеж, Вытегру, Евпаторию, Екатеринбург, Елабугу, Иркутск, Курск, Людиново, Мглин, Орел, Петроград, Ростов-на-Дону, Самару, Саратов, Смоленск, Сызрань, Тамбов, Троицкосавск, Царицын и ряд других населенных пунктов. Следует отметить, что далеко не во всех из перечисленных мест операции проводились против анархистских федераций и групп, а также организованных ими отрядов. Часто речь шла об отрядах, двигавшихся в направлении фронта, требовавших от местных властей предоставления провианта, а порой и пытавшихся наложить на город контрибуцию. Такие случаи отмечены в марте – начале апреля 1918 г. в Брянске, Жиздре и Карачеве.

В Ростове-на-Дону анархистско-большевистское противостояние началось сразу после разоружения анархистов в Москве. Уже 9 апреля местные газеты развернули травлю анархистов. «Долой анархию – беспорядок, мать пороков и преступлений!» – такие лозунги появились на страницах газеты «Донские известия». 13 апреля большевики арестовали участников анархистского шествия на Большой Садовой ул. В ответ анархисты разгромили управление Ростовской городской милиции, потребовав освобождения арестованных. 14 апреля власти арестовали часть активистов анархистских организаций. В ответ на это начальник штаба Отряда анархистов-террористов, прибывших из Одессы, потребовал освобождения товарищей по движению. После переговоров часть арестованных была освобождена. На Дону в это время сконцентрировались многие анархистские отряды, державшие фронт против германо-австрийских войск и белогвардейцев. По этой причине большевики не горели желанием расколоть вооруженные силы и создать второй фронт Гражданской войны.

В Ижевско-Воткинском регионе анархисты подверглись разоружению вместе со своими союзникам – эсерами-максималистами, которых большевики, при поддержке прибывших в город вооруженных отрядов, отстранили от власти, воспользовавшись разногласиями в вопросе о создании Красной гвардии. Созданным большевиками 20 апреля Революционным полевым штабом в Ижевске был организован переворот. После обстрела из пулеметов броневика здания ССРМ максималисты капитулировали. Их отряд был разоружен, Красная гвардия Ижевска распущена. В конце апреля по распоряжению Воткинского совета были арестованы 12 анархистов и изъято их имущество. Местные максималисты и Ижевская группа анархистов-коммунистов выпустили прокламации с требованием прекращения репрессий и пропагандистской кампании против анархистов, которых, как и в Москве, большевистская пресса пыталась смешать с бандитами. В мае, после того, как неизвестные бросили бомбу в дом председателя Воткинского совета, безо всяких доказательств были арестованы и расстреляны максималист Протопопов и анархист Булдырев.

В ряде городов выполнение директивы вызвало массовые акции протеста и восстания. Так, в Витебске 29 апреля находившийся под влиянием анархистов отряд Мартыненко, бойцы которого узнали о разоружениях в др. регионах, захватил часть центра города. К восставшим присоединились недовольные политикой большевиков горожане. Мобилизованные властями воинские части блокировали повстанцев и под угрозой артиллерийского обстрела вынудили их сдаться. Мартыненко был ранен в бою.

В Брянске на первомайском митинге лидер бежицких анархистов Бодров выступил с критикой политического курса РКП(б), осудил разгром анархистских организаций в Москве и Петрограде, а затем потребовал освобождения из тюрем анархистов. По его призыву митингующие двинулись к тюрьме и освободили всех заключенных. Местные большевики, не имея достаточно сил для подавления массовых выступлений, не решились прибегнуть к репрессиям. В августе 1918 г. большевистские власти, напуганные постоянными выступлениями анархистов среди рабочих завода «Арсенал», арестовали активистов Брянской федерации анархистов – братьев Бодровых, Кузнецова и Никитина. Предлогом к аресту стало обвинение в экспроприации средств у одного из местных купцов весной 1918 г. В ответ 10 августа рабочее собрание «Арсенала» потребовало освобождения арестованных и возвращение им оружия. Брянская и Бежицкая федерации анархистов заявили, что обвинения, выдвинутые против их лидеров «ложные и к тому же нагло вымышленные». Вскоре начались провокации со стороны чекистов, намеренно распускавших слухи о скором расстреле арестованных. Историк М.В. Брянцев показал, что местные большевистские руководители и прибывший из Москвы видный чекист Визнер намеренно накаляли ситуацию с целью провоцирования анархистов.

Встревоженные слухом о скором расстреле Бодрова, они выступили с ультиматумом о его освобождения, угрожая ответными силовыми действиями против ЧК и Совета. 31 августа чекисты и красногвардейцы окружили здание Брянской федерации и утром 1 сентября взяли его штурмом. Были ранены два бойца правительственных войск и три анархиста, арестованы 54 чел. Из них к суду ревтрибунала привлекли лишь 6, а остальных отпустили. Братьев Бодровых, в аресте которых более не было смысла, освободили 25 сентября. Дело об ограблении купца им уже никто не инкриминировал, а возбужденное против них дело по обвинению «в неподчинении Советской власти и хранении оружия» было вскоре прекращено по амнистии.

В Самаре выполнение распоряжения центра положило начало событиям, которые в советской историографии рассматривались как «анархо-максималистский мятеж». Исследования историка С.В. Старикова, основанные на скрупулезном изучении архивных документов, показывают, что на самом деле имело место восстание матросского отряда, спровоцированное разоружением анархистов, которое провел городской исполком, контролируемый большевиками. Осуществлялась эта операция сепаратно от губисполкома, контролируемого максималистами.

6 мая 1918 г. во время переговоров с комиссаром бугурусланских красногвардейцев, посланных для проведения антианархистской операции, был арестован и жестоко избит командир анархистского отряда Ф.Д. Попов. Его бойцам, дислоцированным в Кинель-Черкасском предместье Самары, был выдвинут ультиматум о сдаче оружия. Причем красногвардейцы грозили открыть огонь по Кинель-Черкассам. После неудачной попытки разобрать железнодорожный мост, чтобы создать условия для обороны, черногвардейцы сдались. В их защиту выступил Кинель-Черкасский волостной исполком, а также местные рабочие и крестьяне, направившие специальных делегатов в Бугурусланский горисполком. Они утверждали, что отряд Попова не проявил себя в грабежах, а «боролся с контрреволюционерами и капиталом и его деятельность всегда приветствовали крестьяне». В то же время представитель левых эсеров А.Ф. Микульский, выступивший с докладом об операции против отряда Попова на заседании Бугурусланского Совета, одобрил акцию большевиков.