Вплоть до Ноябрьской революции 1918 г. в Германии анархисты призывали разорвать Брестский мир. Впрочем, были и те, кто не считал германскую оккупацию фатальной для развития революции в России. Так, по мнению активистов МСРСП, даже в таких условиях осталась бы возможность для революционно-синдикалистской деятельности: «И при немецком господстве не будут закрыты все пути для профессионального сплочения рабочих, и шейдемановские социал-демократические цепи не смогут так сковать нас, чтобы мы совершенно не были в состоянии планомерно действовать в области экономической борьбы».

Своеобразной реакцией на усиление Германии стало проявление националистических симпатий среди группы анархистов, издававших беспартийную газету «Жизнь». А. Фриденберг опубликовал патриотическое эссе о любви к России, Боровой проповедовал патриотизм и национализм «как живое, здоровое чувство любви к своей родине». Кирилловский, призывавший русскую интеллигенцию стать «патриотичной» и «национальной», перешел на сторону Антанты. Он заявлял, что из-за немецкого наступления во Франции Россия должна вступить в войну, так как после победы Германия повернет войска на восток: «Мы должны порвать с лицемерным и бесплодным лавированием и заявить прусским налетчикам, что наши экономические интересы не с ними, что, оставаясь нейтральными, мы не хотим помогать немецким сабельщикам „додушить“ наших естественных союзников. И если на это нам ответят войной, – лучше война теперь, чем позже».

Во время восстания чехословацкого корпуса (конец мая – июнь 1918 г.), Кирилловский даже призвал к примирению с мятежниками, исходя из того, что они необходимы как военная сила против Германии: «Советское правительство не должно забыть, что, разоружая чехов, уничтожает последний заметный барьер для продвижения германских банд на Урал, когда им захочется. […] Советская власть должна помнить: чехословаки нам могут пригодиться, и даже скоро. И надо помнить, что победа над Корниловым привела к свержению временного правительства, а победа над чехами может вырыть яму для советской власти». Этот призыв не получил поддержки среди анархистов, выступивших против чехословаков. Так, в сентябре 1918 г. анархистская подпольная группа в Самаре выпустила листовку с призывом не вступать в Народную армию Комитета членов Учредительного собрания. В тылу комучевцев начало действовать анархистское подполье. Так, во второй половине 1918 – начале 1919 гг. в Челябинске была создана подпольная группа анархистов, лидерами которой были Орловский и Пацек. Анархистские подпольщики вели пропаганду в полку имени Т.Г. Шевченко, где создали свою ячейку из 80 чел. Современные исследователи доказали, что именно анархисты организовали впоследствии переход полка на сторону красных. В Военно-революционном совете, который состоял из представителей леворадикальных организаций, готовивших восстание частей челябинского гарнизона против белых, большинство составляли анархисты, имевшие три места из пяти (Мартыновский, Орловский и Пацек). Возглавлял его анархист Орловский. Восстание сорвалось из-за отправки полка им. Шевченко на фронт.

Считаясь с угрозой германского вторжения, некоторые анархисты одобрили призыв в Красную армию. Однако ее создание вызвало критику со стороны большинства анархистских организаций, приветствовавших лозунг всеобщего вооружения народа и отвергавших принудительную мобилизацию, как и принятие на службу бывших офицеров и генералов. Так, активист САСП Ю.М. Лисс, указывал, что новая армия представляет реакционное явление, поскольку «отрывает воина от его класса» и формирует искусственно новую военную «касту». Поскольку цель борьбы солдату «диктуется […] теми, в чьих руках его жизнь», военными чиновниками, РККА не отличается от любой другой армии. В качестве альтернативы Лисс предлагал сформировать добровольческую армию из бывших военнослужащих и отрядов Красной гвардии, организованную на основе производственных единиц (предприятий и крестьянских общин).

Острая критика политического курса большевиков порой вызывала репрессии. Сразу же после выхода первого номера решением Московского ревтрибунала от 10 мая была закрыта газета «Черное знамя». Ее издатели Богацкий и Крушинская были вызваны в ревтрибунал на допросы. Впрочем, вызовами они пренебрегли. Вскоре Богацкий покинул Москву и затем оказался на Дону, где возглавил Культурно-просветительный отдел 16-й стрелковой дивизии, командиром которой был эсер-максималист, выдающийся советский военачальник В.И. Киквидзе, впоследствии, по одной из версий, убитый агентами ВЧК, прибывшими из Петрограда.

2 июля «Анархия» была закрыта по распоряжению ВЧК. Информация об этом появилась на страницах «Известий ВЦИК». Редакция газеты обвинялась в клевете. Критика политического курса, проводимого большевиками, расценивалась как участие в кампании, направленной «на подрыв авторитета Советской власти». Не исключено, что это решение было принято в преддверии V Съезда Советов, как полагает исследователь А.В. Ермаков. Напомним, что во время заседаний Съезда развернулся конфликт между большевиками и левыми эсерами по основным вопросам внутренней и внешней политики Советского государства. 6 июля 1918 г. лидеры ПЛСР подняли восстание в Москве, завершившееся поражением. Так что закрытие «Анархии» оказалось весьма своевременным шагом. Одна из влиятельных оппозиционных газет прекратила свое существование в ситуации назревающего политического кризиса. Между тем к восстанию против большевистской диктатуры призвала в июле в одной из своих листовок Брянская федерация анархистов.

Все эти репрессивные меры проводились в ситуации острого политического кризиса, который становился опасным для большевиков. Налицо были признаки утраты ими политического влияния. К этому времени наметился рост рядов ПЛСР и поражение большевиков на выборах в местные Советы. Последняя тенденция с переходом рабочих многих промышленных центров на сторону меньшевиков и эсеров была характерна уже весной 1918 г. Происходило катастрофическое падение численности организаций РКП(б). Так, летом 1918 г., по сравнению с данными на ноябрь 1917 – февраль 1918 гг., численность многих местных организаций большевиков сократилась почти на 50 %. С 350 тыс. чел. численность РКП(б) сократилась до 150 тыс. Все это неизбежно усиливало опасения потерять власть и стимулировало большевиков к применению силовых методов в отношении оппозиции. Этим объясняются операции против анархистских организаций, как и закрытие их печатных органов.

Но если на территории РСФСР большевистские власти разоружали анархистские отряды, лишали организации реквизированных помещений, закрывали газеты, иная политика проводилась в регионах, контролировавшихся антибольшевистскими силами. Здесь большевики нуждались в поддержке союзников по леворадикальному лагерю. Так, в апреле 1918 г. в Гомельщине был создан подпольный ревком, возглавляемый анархистами-коммунистами Майзлиным и Драгунским, в состав которого вошли и большевики. Среди повстанцев Гомельщины преобладали левые эсеры и анархисты, возглавлявшие 5 из 7 партизанских отрядов. Летом 1918 г. в Одессе, Ромнах и Херсоне были созданы подпольные ревкомы и повстанческие штабы, в которые входили и анархисты.

В то же время анархисты, несмотря на изъятие их помещений и имущества, закрытие газет и иные репрессии, сумели сохранить представительство в Советах, что свидетельствует об их влиянии среди определенной части трудящихся. На I Брянский районный съезд Советов (23–25 июня 1918 г.) был избран один анархо-синдикалист. В начале июля 1918 г. анархистским организациям удалось провести 4 делегата (из 600) на Астраханский краевой съезд Советов. Тогда же 3 анархистов прошли в Кронштадтский совет. Один анархист был избран на III Орловский губернский съезд Советов (8-13 июля 1918 г.). Осенью 1918 г. один анархист был избран в Трубчевский уездный исполком Брянской губ. Один анархист стал делегатом открывшегося 21 октября 1918 г. Орловского губернского съезда Советов. На V Карачевском уездном съезде Советов, который открылся 2 ноября 1918 г., участвовали 2 делегата, «сочувствующих анархистам».