Разоружению был подвергнут и Первый Северный летучий отряд А.К. Смородинова, состоявший из матросов Балтийского флота, но не являвшийся анархистским. Часть оружия отряд сдал, а затем двинулся в Самару, чтобы разрешить ситуацию путем переговоров с губисполкомом. В ночь с 6 на 7 мая контролируемые большевиками отряды разгромили бюро ССРМ в Самаре, разоружили максималистов и Самарскую федерацию анархистов, провели обыски на квартирах ее активистов и членов ССРМ. Протест против творимого произвола выразил Самарский комитет ПЛСР. 9 мая были закрыты газеты максималистов и меньшевиков.

Эти события неожиданно совпали с восстанием оренбургских и уральских казаков, начавшемся 11 мая. Левоэсеровско-максималистский губисполком и большевистский горисполком тут же создали военно-революционные штабы с целью организации обороны губернии. Между ними возникло противостояние. В этой ситуации рабочие хлебопекарен, мельниц и грузчики Самары потребовали возвращения оружия анархистам и максималистам. 14 мая эти требования поддержал резолюцией губисполком. С ним солидаризировались максималистский отряд коммунаров, 1-й матросский и Северный летучий отряды, находившиеся в городе. В ответ штаб горисполкома ввел военное положение.

17 мая, в ответ на мобилизацию лошадей, объявленную городским штабом, началась стихийная демонстрация извозчиков, переросшая в бунт. В событиях приняли участие бойцы разоруженных отрядов и анархисты, которые вели агитацию среди собравшихся. Бойцы максималистских отрядов и разоруженного отряда Попова захватили городской штаб, разоружили часть милиции и большевистских дружин, взяли под контроль ряд зданий в городе, а также почту, телеграф и телефонную станцию. Имели место перестрелки со сторонниками большевиков, начались аресты советских руководителей, ответственных за разоружение анархистов и максималистов. Началось противостояние с большевиками, закрепившимися в своем клубе и на вокзале. Максималисты и левые эсеры не воспользовались преимуществом и отказались возглавить восстание, призывая большевиков к примирению перед лицом белогвардейской угрозы. Это обстоятельство и привело к поражению восставших, выражавших стихийный протест против произвола большевиков, но не имевших определенной цели. Благоприятный для действий момент был упущен, и 18 мая к большевиками начали прибывать подкрепления. Против восставших выступил и местный левоэсеровский отряд В.В. Дубянского. Оставшись без политического руководства, восставшие начали капитулировать. 19 мая последние отряды сдались или разошлись по домам. Вскоре был распущен губисполком и власть в губернии перешла к состоявшему из большевиков губревкому. 125 чел. подверглись аресту. Была ликвидирована организация ССРМ. Впрочем, власть большевиков оказалась недолговременной. 8 июня 1918 г. Самару взяли отряды восставшего чехословацкого корпуса.

Ликвидация большевиками Черной гвардии лишила анархистские организации вооруженной поддержки и защиты от репрессий со стороны правящей партии. Пример Испании 1936–1939 гг. продемонстрировал жизнеспособность анархистской милиции в ситуации, когда она опиралась на массовые анархистские профсоюзы. Но в той же Москве 1918 г. Черная гвардия как будто повисла в воздухе, превращаясь, по верному замечанию очевидцев, в подобие альтернативной власти. Так воспринимали МФАГ и большевики, полагавшие, что в анархисты могут воспользоваться своими вооруженными отрядами для совершения государственного переворота.

Анархисты рассматривали операцию 12 апреля как разрыв союза революционных сил и установление военной диктатуры. Так, например, активист Харьковской ассоциации анархистов Нухим Дрикер призвал «резко противопоставить анархизм большевизму, бойкотируя все органы революционной власти». Лояльных большевикам анархистов он объявил «невольными могильщиками анархизма». При этом Дрикер заявил, что Ленин и его «лисья политика» с использованием «анархической фразы» куда более опасны для анархистского движения, чем правые социалисты.

Анархисты прогнозировали, что вскоре большевики разгромят и отстранят от власти своих союзников – левых эсеров. Появились открытые призывы к борьбе против РКП(б). «Насилию большевиков во всей Руси и немцев в оккупированной Украине общее народное восстание скоро положит конец», – утверждал В. Бармаш. «Единственный выход для спасения революционных завоеваний – это свержение большевиков», – писал А.Н. Андреев, утверждая, что приход к власти любой политической силы не будет хуже большевистской диктатуры. Вероятно, в ходе кампании протеста против разоружения произошло объединение людей, впоследствии ставших причастными к движению «анархистов подполья» (Андреев, Бжостек, Ковалевич и др.).

Совет МФАГ бойкотировал первомайскую демонстрацию 1918 г., проводимую большевистско-левоэсеровскими властями. Протест против разгрома анархистских клубов выразили и авторы, близкие к ВФАК. Александр Ге заявил: «Большевистская власть показала, что она ничем не отличается от какой бы то ни было другой. Убийствами и разгромами она открывает свое воцарение в Кремле. Кровью анархистов она расплачивается за свои собственные преступления». Он пророчил массовое народное возмущение как ответ на действия властей против анархистов. В одной из следующих статей, сравнивая действия большевиков с попытками Керенского подавить леворадикальную оппозицию, Ге утверждал, что вскоре они разделят судьбу бывшего председателя Временного правительства.

Эти протесты коснулись и анархистов, работавших в карательных структурах. Так, Ф.П. Другов на заседании ВЧК 13 апреля подал письменное заявление о выходе из его состава «ввиду принципиального расхождения с ее деятельностью по отношению к анархистам». Позднее он выступил на страницах «Анархии» со статьями, разоблачающими действия большевиков против анархистских организаций.

События 12 апреля заставили анархистов снова поставить вопрос о единстве революционных сил. Активисты МФАГ, по-прежнему критикуя диктатуру Ленина, противопоставили ей лозунг революционного фронта левых социалистов против контрреволюции. В качестве его участников они рассматривали не только большевиков, левых эсеров, максималистов и анархистов, но также меньшевиков и ПСР. Ради этого активисты МФАГ были готовы на время отказаться от воплощения в жизнь своей программы. «Призывая к созданию единого фронта, мы, анархисты, учитываем всю сложность момента и уверены в том, что было бы погибелью дробить силы масс, силы народа своими программными требованиями. Сейчас дело не в наших программах, а в сохранении условий, при которых мы могли бы говорить с народом о своих программах», – писал Бармаш. Ковалевич и Крупенин организовали в Москве и ряде городов Центральной России митинги, на которых отстаивали идею объединения «от анархистов до правых социалистов». Бармаш включал в число основных условий для коалиции «решительную социалистическую политику, без расстрелов и тюрем», разрыв отношений с Германией, высылку немецкого посла В. Мирбаха и всеобщее вооружение народа. В случае отказа большевиков некоторые сторонники единого фронта предполагали уход анархистов в подполье. Так, Андреев призывал незамедлительно налаживать конспиративную работу, создавать подпольные ячейки.

Вскоре эти призывы были воплощены в жизнь. Лишенные властями материальной базы в ходе операции 12 апреля, анархисты решили отплатить государству той же монетой. Ведь нужно же издавать газеты и листовки на какие-то деньги. Образовались группы подпольщиков, в августе и осенью 1918 г. совершившие крупные экспроприации в правлении Курской железной дороги, Центросоюзе, Центральной коллегии пленных и беженцев в Москве, а также в конторе чайной фирмы Высоцкого в Самаре. Неудачно прошла экспроприация в Центротекстиле. В одном только правлении Курской железной дороги экспроприаторы взяли 22 млн руб. Организаторами этих акций были Григорий Максимович Борзенко, Матвей Самойлин («Ефим»), Виктор Шишко («Удалой») и Вениамин Абрамович Эпштейн («Бубаев», «Миша»). Шишко был знаком с А.Н. Андреевым, который, вероятно, своими статьями в «Анархии» вдохновил подпольщиков на экспроприации. Эпштейн был арестован и расстрелян в конце 1918 г. Кроме того, по делу об экспроприации «Центротекстиля» 27 ноября была арестована 19-летняя активистка Нижегородской федерации анархистских групп, курсистка математического факультета Московского университета Б.Э. Рудашевская, поддерживавшая отношения с Эпштейном и будущим активистом Всероссийской организации анархистов подполья Х. Ценципером. Аресту подверглись и анархистки Л.А. Альтшуль, Л.И. Райсбаум и Р.Я. Ярошевская. Поскольку причастность арестованных к экспроприации или хотя бы их информированность об участии в ней Эпштейна доказаны не были, в начале декабря под подписку о невыезде были освобождены Альтшуль и Райсбаум. 22 февраля Следственная комиссия при Московском ревтрибунале постановила дело следствием прекратить и освободить Рудашевскую.