Главная база военно-речных сил находилась в Харбине. Там располагались штаб флотилии, учебный отряд, судоверфи и мастерские, госпиталь и другие береговые учреждения.

Основными маневренными базами флотилии были: на реке Сунгари — Саньсин, Цзямусы, Фуцзинь; на реке Амур — Хэйхэ; на реке Уссури — Хутоу.

С 1941 г. для всего личного состава Сунгарийской речной флотилии была введена сухопутная форма одежды, аналогичная армии Маньчжоу-Го.

В 1940-х годах японцы непрерывно строили укрепрайоны в приграничной с СССР и МНР полосе. Всего было построено 17 укрепрайонов, каждый из которых занимал до 100 км по фронту и до 40 км в глубину. Японцы подвели к госграницам стратегические железные и улучшенные грунтовые дороги, построили сеть многочисленных автобаз и аэродромов, складов, ремонтных мастерских, казарм и военных городков.

На огромной по протяженности границе между СССР и Маньчжурией было много мест, практически непроходимых для войск, а укрепрайоны и узлы сопротивления строились на стратегически важных участках. Так, в Приморско-Уссурийском районе к началу военных действий находилось 8 укрепрайонов, основным вооружением которых были 105-мм орудия и пулеметы. Самыми мощными из них были Сахалянский, Хутоуский и Мишаньский укрепрайоны.

Сахалянский укрепрайон основное направление имел против города Благовещенска и устья реки Зеи. Сунгарийский укрепрайон, в составе которого имелось два узла сопротивления — Чайцзинский и Тунцзянский, защищал вход в реку Сунгари. Хутоуский укрепрайон угрожал советскому городу Иман и железнодорожной магистрали Хабаровск — Владивосток, проходящей недалеко от правого берега реки Уссури, и мог мешать свободному плаванию кораблей советской Амурской флотилии из Уссури в реку Сунгача и в озеро Ханка, а на маньчжурском берегу вместе с Мишаньским укрепрайоном прикрывал направление на города Мишань и Муданьцзян. Фуцзиньский укрепрайон, входивший во вторую линию японской обороны на сунгарийском направлении вместе с Сунгарийским укрепрайоном. был серьезным препятствием для продвижения войск 2-го Дальневосточного фронта и Амурской флотилии вверх по Сунгари в направлении Харбина.

Следует заметить, что большинство японских фортификационных сооружений могло служить эффективной защитой от дивизионной артиллерии. Многие сооружения были разбиты в августе 1945 г. огнем 122-мм пушек обр. 1931 г. и 152-мм гаубиц-пушек МЛ-20, подведенных на близкие расстояния.

В октябре 1936 г. в Японии было созвано сверхсекретное совещание, на котором присутствовали 60 человек, среди них были и политики, но преобладали военные. Генерал Бушикава познакомил собравшихся с состоянием исследований по изысканию возможностей применения бактериологического оружия. Эти исследования были начаты по приказу императора Хирохито.

«Наша экспериментальная лаборатория, — говорил Бушикава, — закончила все подготовительные работы. Отряд, работающий на острове, полностью изолирован от внешнего мира. Не может быть лучших условий для такой работы. Имеется все, что касается оборудования, химикалий, подачи воды, газа и тока».

Первые лаборатории, предназначенные для подготовки бактериологической войны, были созданы в 1935–1936 гг. на территории оккупированной японцами Маньчжурии. Они были строго законспирированы и известны как «Управление по водоснабжению и профилактике частей Квантунской армии» и «Иппоэпизоотическое управление Квантунской армии». Во главе первой команды, названной «отрядом 731», стоял известный японский бактериолог генерал Исии Сиро. Другой командой, скрывавшейся под названием «отряд 100», руководил ветеринарный врач генерал Вакамацу.

В год в отряд 731 доставлялись не менее 600 человек. В основном это были китайцы и маньчжуры, но попадали и русские из эмигрантов, которых японцы сочли подозрительными элементами и отправили в концлагерь «Хогони», а оттуда — во внутреннюю тюрьму отряда 731.

Отряд 731 состоял из восьми отделов. Отдел 1 занимался экспериментальным выращиванием микробов чумы, холеры, газовой гангрены, сибирской язвы, брюшного тифа, паратифов и других заболеваний, пригодных, по взглядам того времени, для применения в бактериологической войне. Узники тюрьмы отряда 731 были подопытными кроликами в экспериментах, проводившихся для определения эффективности бактерий.

Отдел 2 носил название «экспериментального» и проводил исследования в области применения бактерий в полевых условиях. В отделе проектировались и изготавливались различные средства доставки бактериологического оружия — фарфоровые авиационные бомбы, артиллерийские снаряды, а также специальные парашюты для сбрасывания бактериологических средств с воздуха. Кроме того, здесь производились различные мелкие средства диверсии и бактериологического нападения в виде автоматических ручек, тростей и др., в которые мог быть помещен заразный материал. Отдел 2 имел в своем распоряжении собственное авиационное подразделение. Также в отделе имелась лаборатория, где в огромных количествах разводили блох для распространения чумы.

В одном только отряде 731 было 4500 инкубаторов, где разводились блохи, для которых создавалась естественная среда. Инкубатор состоял из двух больших стеклянных баллонов, соединенных стеклянной трубкой, но изолированных от внешнего мира. Первый баллон, предназначенный для культивации блох, заполняли до половины смесью опилок, отрубей и высушенной крови и закрашивали черной краской. Второй баллон оставляли пустым и незакрашенным. В черный баллон помещались личинки блох. Вылупившиеся из них насекомые сразу же перебирались в прозрачную банку, где и происходило их дальнейшее культивирование. Чтобы заразить блох чумой, в прозрачную банку помещалась клетка с больными крысами. Быстрота размножения и заражения блох в таких условиях зависела только от температурных условий и обилия пищи.

Представление о масштабах работы по выращиванию блох может дать показание одного из свидетелей на Хабаровском процессе, сообщившего, что только в филиале 543 в районе Хайлара летом 1945 г. одновременно находилось 13 тыс. больных крыс, от которых заражались паразитирующие на них блохи.

Отдел 3 отряда 731 действительно занимался водоснабжением и профилактикой, но и там в мастерских производились гильзы для бактериологических снарядов — авиабомб системы «Исии».

Отдел 4 занимался массовым производством бактерий. Производительность отдела была огромной: за несколько дней там можно было вырастить более 30 тыс. биллионов бацилл. Отдел этот состоял из двух секций, которые работали независимо друг от друга. На вооружении отдела имелась мощнейшая аппаратура, гарантировавшая массовое производство. Только в одной, первой, секции было 4 котла емкостью до одной тонны каждый, рассчитанных на приготовление питательной среды для бактерий, и 14 автоклавов длиной 3 м и диаметром 1,5 м для стерилизации питательной среды. В один такой автоклав помещалось 30 культиваторов системы «Исии». В секции имелось 2 комнаты для охлаждения питательной среды, в каждой из которых помещалось до ста культиваторов. Еще в секции имелось 5 термостатов, вмещавших одновременно 620 культиваторов. Аналогично была оборудована и вторая секция. Также в отделе 4 имелись специальные холодильные установки для сохранения выращенных микробов.