Ослабленная борьбой с Реформацией в Европе, католическая церковь смогла сохранить свои обширные земельные владения в Италии и доходы от всех приходов, а разрозненные попытки выступлений с реформационными идеями в Лукке, Болонье, Ферраре и некоторых районах Пьемонта были подавлены еще в 1540-е годы. После Тридентского собора 1545–1563 гг., который подтвердил незыблемость всех основных догматов католицизма, папству удалось укрепить позиции церкви и подтвердить незыблемость основ католического вероисповедания. Весь комплекс мер Контрреформации, направленных на подавление реформационных идей и свободомыслия, – введение строгой церковной цензуры всех типографских изданий, запрещение продажи и хранения книг, не получивших разрешение цензоров, и ряд других мер – приносил папству ощутимые результаты. Введенный в 1559 г. «Индекс запрещенных книг» пополнялся все новыми сочинениями. В него попадали не только труды основоположников Реформации – Лютера, Кальвина, Цвингли и их последователей, но и печатные работы ученых и натурфилософов, противоречащие, по мнению цензоров, католической догматике. Все произведения протестантов были преданы анафеме. Инквизиционные суды решительно искореняли ересь, посылая на костер особо «опасных», упорствующих вольнодумцев. В 1600 г. был предан огню Джордано Бруно, в 1619 г. сожжен обвиненный в атеизме Джулио Чезаре Ванини. Многие интеллектуалы покидали пределы Италии.

Орден Иисуса, основанный в 1640 г. и ставший главной опорой папства в его борьбе с любого рода вольномыслием, в XVII в. развил бурную деятельность в сфере образования, последовательно насаждая в своих коллегиях идеологию Контрреформации и стремясь подчинить влиянию церкви университеты. В духе времени, когда гуманистические дисциплины, как и их новые методы обучения, получили широкое распространение в системе среднего и высшего образования, иезуитские коллегии заимствовали многие новшества гуманистов и старались поддерживать высокий уровень подготовки учащихся. Это было связано и с особенностью ордена, которая заключалась в отсутствии обителей и жизни его членов в миру, поскольку главная обязанность иезуитов состояла в изучении общества изнутри, во всех его слоях, и оказании на него влияния в интересах католической церкви. Четкая иерархия ордена с рядом ступеней от новиция до генерала, принцип безоговорочного подчинения воле вышестоящего члена, даже если его поручение противоречило нормам христианской морали (ответственность за такой поступок брал на себя глава ордена), позволяла ордену Иисуса успешно проводить политику папства. Иезуитов можно было встретить и при дворе правителя, и в салоне знатных вельмож, и среди простого люда – везде они выискивали еретиков, собирали порочащие сведения на людей любого ранга, которые нередко использовались в материальных интересах самого ордена. Иезуиты добивались принятия догмата о «непогрешимости» папы как верховного главы церкви, требовали исполнения всех его декреталий, ставили власть понтифика выше соборов, епископов, аббатов, а также светских правителей. В свою очередь папы активно поддерживали деятельность ордена Иисуса, оказывая ему всемерное покровительство.

В то же время папство проводило и некоторые реформы в самой католической церкви, поскольку и среди епископов и аббатов были сторонники отдельных догматов Реформации. Стараясь закрепить успехи в борьбе с Реформацией и светским свободомыслием, папский Рим в XVII в. все более решительно переходит к целенаправленному использованию новых форм воздействия на паству, опираясь на совершенствование проповеднической деятельности, обращение к стилистике барокко в архитектуре и изобразительном искусстве, музыке. Новая ориентация культурной политики церкви учитывала необходимость энергичного влияния на сферу эмоционального восприятия верующих и в сочетании с традиционными методами католической пропаганды принесла заметные плоды. Больше внимания стало уделяться образованности священнослужителей, их владению ораторским искусством, умению делать проповедь доступной для паствы и убедительной. Эти качества должны были прививаться в церковных школах и на теологических факультетах университетов, которые папы брали под особую опеку и старались укрепить педагогами высокой квалификации.

Впрочем, политика папства далеко не везде приводила к желаемым результатам, а порой встречала и открытое противодействие. Главным противником притязаний римской курии в Италии оказалась Венецианская республика. В 1606 г. Сенат Венеции издал указ об изгнании членов ордена Иисуса из ее владений – всякие контакты с иезуитами граждан и всех жителей были запрещены. В ответ папа Павел V наложил интердикт на Венецианскую республику. Это была последняя в истории попытка интердикта главы католической церкви по отношению к целому государству. Конфликт длился более года, однако и после возвращения Венеции права на богослужение республика долго не шла на уступки в вопросе об ордене Иисуса. Иезуитам было разрешено вернуться в Венецию лишь в 1657 г., да и то в обмен на обещанную Римом экономическую помощь.

Венецианская республика проводила антипапскую политику и в другой важной для Рима сфере его интересов – она ограничивала права церкви на приобретение нового недвижимого имущества. Власти Венеции многократно подчеркивали, что полномочия духовенства могут распространяться лишь на вопросы вероисповедания, но не на светскую политику республики. Когда в 1623 г. инквизиция намеревалась запретить очередное издание «Истории Венеции» Андреа Морозини, в которой содержались антиклерикальные идеи, Сенат воспротивился запрету, заявив, что инквизитор должен подвергать цензуре лишь произведения религиозной тематики, а в своем государстве венецианское правительство «само может решать, что печатать, а что нет». На протяжении всего XVII в. Венецианская республика оставалась единственным итальянским государством, которое решительно сопротивлялось стремлению римской курии вмешиваться в ее дела и проводило самостоятельную политику.

В конфликте начала века между Римом и Венецией правительство последней активно поддержал Паоло Сарпи (1552–1623) – историк и правовед, философ и теолог, монах, приглашенный на должность главного юридического советника республики по теологическим вопросам. Сарпи проявлял живой интерес к естественным наукам и приобрел широкую славу упорной борьбой с идеологией Контрреформации. Он открыто критиковал римскую курию в годы конфликта папы Павла V с Венецией, обличал политику иезуитов, аргументированно защищал интересы Венецианской республики. Сарпи были предоставлены государственные архивы, чтобы он мог документально обосновать права республики на решение церковных дел.

Плодом научных изысканий, которые проводила возглавляемая Сарпи комиссия ученых, стали труды «Рассуждения о наказаниях, наложенных Павлом V на республику Венеция», «Трактат об интердикте Павла V» и ряд других работ. Основные положения этих сочинений Сарпи развивал и в собственных трудах, досконально обосновывая историческую неправомерность притязаний папства на вмешательство в светские дела Венецианской республики. Произведения Сарпи «Суждения о состоянии религии и тех способах, благодаря которым она утвердилась в странах Запада», «Рассуждения о происхождении, форме, законах и практике инквизиционной службы в городе Венеции», «История столкновений, произошедших с Верховным понтификом Павлом V и Светлейшей республикой Венецией в 1605, 1606 и 1607 годах» получили резко отрицательную оценку со стороны римской курии. В 1606–1607 гг. были изданы папские декреты о сожжении сочинений Сарпи и его отлучении от церкви. Основанием для столь сурового вердикта послужили прежде всего резко антиклерикальная позиция Сарпи, его смелое вольномыслие в делах церковной политики и вызвавшая особое раздражение в Риме