Эта стычка переросла в настоящую войну. Квартал венецианцев был осажден заключившими между собой союз генуэзцами и пизанцами; кроме того, они навлекли на себя ненависть сирийских баронов, таких как Филиппа де Монфора, который в то же самое время изгнал их из квартала в Тире (составлявшего треть города). Но осажденные сумели выпутаться из сложного положения. 18 июля 1257 г. договор с Пизой обеспечил им союз с пизанцами: власти тосканского города, которые тогда воевали с Генуей за Сент-Жилию, расположенный в Сардинии, с раздражением узнали о том, что их соотечественники оказывают помощь их врагам, и призвали их к порядку. В договоре были улажены локальные споры, из-за которых венецианцы враждовали с пизанцами, в особенности тот, который затрагивал использование публичных мер, и на двадцать лет провозглашен наступательный и оборонительный союз, открыто направленный против Генуи, распространявшийся на все восточное Средиземноморье, от Крита до Сирии. В ответ на это соглашение генуэзцы заключили союзный договор с Арсуфской «сеньорией», то есть с бальи Жаном д'Арсуфом, чей двоюродный брат Жан д'Ибелен Яффаский поддерживал пизанцев. С помощью бальи им удалось захватить башню пизанцев.

Но то была последняя победа генуэзцев. Из Венеции на Восток был послан Лоренцо Тьеполо, который прорвал блокаду порта, организованную генуэзцами, и сжег значительное число генуэзских кораблей. Он высадил солдат, которые захватили здание монастыря Св. Саввы, превращенное генуэзцами в крепость; венецианский бальи Марко Джустиниани развил этот успех, отбив улицу венецианского квартала, ранее занятую врагами. Теперь Акра была в руках венецианцев и их союзников пизанцев: генуэзский флот, приплывший из Тира, был разгромлен перед гаванью. Теперь для генуэзцев пришла очередь стать осажденными в своем квартале и, не имея другого выхода, молить о перемирии, которое им и даровали их враги.

В войну, которую вели меж собой итальянцы, к концу 1257 г. мало-помалу втянулось и все население. Жан д'Арсуф перестал помогать генуэзцам; тамплиеры держали сторону венецианцев, госпитальеры — генуэзцев. Но борьба стала приобретать характер настоящей войны только после провала попытки к примирению. 1 февраля 1258 г. князь Антиохийский Боэмунд VI, брат кипрской королевы Плезанции, вдовы Генриха I, прибыл в Акру со своей сестрой и ее юным сыном Гуго (Гуго II), наследником «сеньории Иерусалимского королевства». Когда Боэмунд попросил признать его, по причине несовершеннолетия его племянника, сеньором королевства, то получил отказ от генуэзцев и их союзников (анконцев, каталонцев и госпитальеров). Ведь князя Антиохийского пригласили не кто иные, как Великий Магистр тамплиеров и граф Яффаский, сочувствовавшие венецианской партии, в надежде, что ему удастся восстановить мир: этого было достаточно, чтобы отбросить генуэзцев и орден госпитальеров в другой лагерь и заявить, что они признают своим сеньором только Конрада III.

Боэмунд, придя в ярость от оказанного ему противодействия, приказал тогда Жану д'Арсуфу, которого он только что назначил бальи в Акре, чтобы «ежели госпитальеры, коммуна Генуи и испанцы не сдадутся, тот причинил бы им такой ущерб, на какой будет способен, и чтобы не щадил никого до тех пор, пока они не признают его государем, а он смог бы ими спокойно управлять». Чтобы добиться поставленной цели, Боэмунд не только снабдил Жана деньгами из своей казны, но и отдал под его командование отряд из восьми сотен французских наемников, которые, таким образом, приняли участие в гражданской войне.

Но в войну вступили не только сами «коммуны» — марсельцы и провансальцы на стороне пизанцев и венецианцев, анконцы и каталонцы на стороне генуэзцев: собратства Акры, эти сборища смутьянов, которым уже довелось внести свою лепту в гвельфский мятеж, ныне также ввязались в военные действия. Ведь эти собратства зависели от крупных военных орденов — до нас дошел текст клятвы верности, которую братство Св. Иакова, в лице своих «приоров» Маттео де Пива и Хименеса («Emmene») де Сандава, принесли госпитальерам в 1254 г. Поэтому собратство Св. Иакова собрало под своим началом всех испанцев и повело их в битву против «всех иных собратств земли», сговорившихся выступить против генуэзцев. Одновременно с этим, несмотря на запрещение властей помогать генуэзцам, эта коммуна получила помощь от местных христиан, как маронитов, присланных генуэзским сеньором Джебайла, так и собратства Св. Георгия, также связанного с госпитальерами: поэтому генуэзцы могли рассчитывать на сирийскую пехоту.

К этому добавилась борьба между баронами: если граф Яффы принял сторону венецианцев и пизанцев, равно как почти все остальные бароны, включая бальи Жана д'Арсуфа и князя Боэмунда, то Филипп де Монфор оказывал приют в Тире генуэзским кораблям и присылал в Акру войска и продовольствие, которые через квартал госпитальеров — официально придерживавшихся нейтральной позиции — попадали на «улицу генуэзцев». Возможно, именно в этом и крылась причина, по которой сеньор Тира начал воевать против своего племянника Жюльена Сидонского как раз в 1258–1260 гг. Расположенное дальше к северу графство Триполи, подстрекаемое сеньором Джебайла, было также охвачено междоусобицами. В Акре, за исключением домов военных орденов (теперь доступных для снарядов, выпускаемых из военных машин: Великому Магистру тамплиеров, чей замок, находившийся вблизи от порта, был слишком уязвим, пришлось укрыться в Монмюзаре), на каждой башне были установлены камнеметы, и огромные камни сотрясали и разрушали здания. Большинство укрепленных домов в городе были разрушены в ходе этой войны «Св. Саввы», которая якобы унесла жизни 20 000 человек (?), если верить данным «Манускрипта Ротелина»; в порту же было сожжено около 24 нефов с товарами.

Наконец разгром генуэзской эскадры Россо делла Турка, 24 июня 1259 г., положил конец этому конфликту: армия госпитальеров и Филиппа де Монфора, собранная у Винь-Нов, возле ворот Акры, должна была начать действовать, как только генуэзцы установят контроль над портом. Но венецианцам, пизанцам и графу Яффы удалось добиться помощи от Великого Магистра тамплиеров, который приказал своим рыцарям охранять город, в то время как союзники спешно снаряжали в дорогу флот, который захватил между Акрой и Хайфой 24 из тридцати восьми кораблей противника — семнадцать сотен генуэзцев погибли или попали в плен. Марко Джустиниани сдерживал генуэзцев Акры, пока Тьеполо уничтожал их корабли: осажденным оставалось только капитулировать. Им пришлось бросить свою улицу с башнями и укрыться в Тире, поклявшись, что ни одно их судно не войдет в Акру, не спустив своего флага, и признав, что отныне Генуя отказывается от какой бы то ни было юрисдикции в городе — «от курии и жезла». Кроме того, они могли покинуть город — через квартал госпитальеров — только пройдя между мечами своих врагов, своего рода новым позорным ярмом.

Папе Римскому пришлось вмешаться, чтобы прекратить эту прискорбную распрю. Александр IV 6 июля 1258 г. написал трем «коммунам», порицая борьбу между ними, «которая могла привести несчастное Иерусалимское королевство, и без того ослабленное и истерзанное столькими невзгодами и тревогами, на край гибели». Он распорядился, чтобы в Пизе, Генуе и Венеции было объявлено о трехдневном перемирии, и в августе, а возможно, и раньше, в Сирию был отправлен приказ сложить оружие. Папский легат должен был в спешке отправиться за море (он добрался туда в начале 1259 г.), а в ожидании его прибытия запрещалось высылать в Сирию любую военную эскадру. Но было слишком поздно: генуэзцы, найдя пристанище в Тире, откуда были изгнаны их враги, потребовали возвратить им их квартал в Акре, на что венецианцы и пизанцы не согласились (январь 1261 г.). Легат не смог установить мир.