Важно отметить ещё одно обстоятельство — царь не пожелал лично объясниться с супругой. Будучи в составе Великого посольства в Европе, Пётр поручает своим родственникам, боярам Льву Нарышкину и Тихону Стрешневу, уговорить царицу добровольно уйти в монастырь. О том же он написал и её духовнику. План государя был прост — во время его пребывания за границей жена «добровольно» уходит в монастырь и он оказывается свободным от семейных уз без малейшего ущерба для своей репутации. Решение на первый взгляд простое и изящное, но оно является показателем весьма легкомысленного отношения Петра к династическим вопросам. Ведь в случае ухода царицы в монастырь сразу же возникает несколько проблем: кто будет заниматься воспитанием наследника? Что будет с государством, если наследник умрёт? Последнюю возможность нельзя было исключать, так как детская смертность в то время была весьма высока: так, отец Петра Алексей Михайлович пережил трёх из шести своих сыновей. Да и из троих детей Петра и Евдокии выжил только Алексей.

Вернувшись в Россию в 1698 году, Пётр, помимо прочих дел, нашёл время на долгий, четырёхчасовой разговор с женой, во время которого снова пытался уговорить её уйти в монастырь. Отстаивая свои права, Евдокия проявила «недюжинную твёрдость», а в качестве одного из аргументов указывала на необходимость воспитания Алексея. Однако царь был неумолим и, так и не добившись согласия супруги, сослал её в Суздальский Спасо-Евфимиев монастырь, где условия её содержания были на первых порах весьма суровыми.

Таким образом, Пётр снова поставил страну на грань династического кризиса — в течение 14 лет (с 1698 по 1712 год) царь не был женат, и, случись что с Алексеем, страна бы осталась без наследника. И всё из-за чего? Из-за каприза монарха, который так и не смог построить нормальную семейную жизнь.

К моменту развода родителей Алексею было уже 8 лет, возраст достаточный, чтобы осознавать происходящее и сделать свой выбор, кто прав, а кто нет. До этого времени Алексей жил с матерью, которая о нём заботилась и к которой он был нежно привязан. Отца же видел редко, и отец не проявлял к нему особого интереса. Даже после ссылки матери в монастырь он не взял сына к себе, а поручал его разным людям, порой не всегда хорошо справлявшимся со своими обязанностями.

Образование царевича началось в шестилетнем возрасте, когда к нему был приставлен учитель Никифор Константинович Вяземский. «Человек не слишком образованный, не располагавший способностью внушить к себе уважение, не владевший педагогическими навыками, но честно относившийся к своим обязанностям и справедливо считавший, что его знаний достаточно, чтобы научить наследника читать и писать». Этот персонаж чем-то напоминал учителя его отца — Никиту Зотова, но был лишён многих достоинств последнего. Подобно тому как Зотов до конца своих дней оставался доверенным человеком Петра, так и Никифор Вяземский весьма долгое время сохранял расположение царевича.

Надо отметить, что сам Пётр так и не получил в детстве нормального образования: «После прихода к власти царевны Софьи его воспитание было совершенно заброшено. Учителя, Никиту Моисеевича Зотова, от него удалили; другого ему не дали; он проводил время в потехах, окружённый ровесниками без всяких дельных занятий: такая жизнь, конечно, испортила бы и изуродовала всякую другую натуру, менее даровитую. На Петра она положила только тот отпечаток, что он, как сам после сознавался, не получил в отроческих летах тех сведений, которые необходимы для прочного образования. Через это небрежение Петру приходилось учиться многому уже в зрелом возрасте. Сверх того, проведённое таким образом отрочество лишило его той выдержки характера в обращении с людьми, которая составляет признак образованного человека». Этим обстоятельством царь-реформатор разительно отличался от своих предшественников на троне — царя Фёдора Алексеевича, чьим учителем был великий Симеон Полоцкий. Не получил Пётр и личного опыта семейного воспитания. Рано лишившийся отца, он плохо представлял себе, как надо воспитывать сына, и не придавал этому особого значения.

Желая видеть сына воспитанным и образованным на европейский манер, Пётр нанял ему учителя-иностранца. Выбор, однако, оказался неудачным — немецкий учитель Нейгебауэр был человеком заносчивым, грубым и малокомпетентным. Он с таким презрением относился ко всему русскому, что умудрился на этой почве задеть самого царя, который, как известно, был весьма расположен к иноземцам. Так что Нейгебауэр недолго был учителем царевича и вскоре был выставлен из России.

К 1700 году царь задумал отправить наследника учиться за границу — решение по тем временам невиданное не только для России, но и для Европы. Подготовка наследника престола обычно велась по индивидуальным планам, с учётом особенностей его личности и склонностей. К тому же пребывание наследника за границей не могло обеспечить его безопасность, что было чревато для государства в целом. Сама эта идея показывает, как мало внимания уделял Пётр проблеме образования сына. Об этом же говорит и выбор вельможи, которого государь назначил ответственным за воспитание и образование царевича. Этим человеком стал Александр Данилович Меншиков. Выбор более чем странный: во-первых, происходивший из низов бывший торговец с лотков пирогами не получил вовсе никакого образования и едва умел читать и писать; во-вторых, в то время ещё холостой, он имел весьма смутные представления о воспитании; и, в-третьих, будучи одним из наиболее близких соратников Петра, он почти постоянно либо сопровождал государя в его многочисленных разъездах и походах, либо выполнял его важные поручения, то есть попросту не имел времени следить должным образом за воспитанием и образованием наследника престола. Почему же выбор царя пал именно на Меншикова? Главным достоинством последнего в глазах царя была безусловная преданность. Вознесённый на вершину власти из низов исключительно милостью Петра, не имевший прочных связей в аристократической элите Русского государства, «полудержавный властелин» должен был не столько контролировать образование и воспитание наследника, сколько не допустить ничьего вмешательства в него. Его роль — надзиратель, а не воспитатель.

В 1702 году у царевича появился новый учитель — барон Гюйссен. Он был профессиональным педагогом, хотя и не блистал выдающими достоинствами, но своё дело знал хорошо. Начал он свою деятельность с составления программы обучения, которая предусматривала совершенствование русского и изучение французского языков, обучения географии и чтению карт, геометрии и математики, истории и современной политики. Наследник должен был также овладеть военными экзерцициями, получить представление о фортификации и артиллерии, а также об архитектуре и навигации, ежели проявит к тому склонность.

В целом программа Гюйссена выглядит логичной и достаточно насыщенной. В отличие от программы обучения царя Фёдора Алексеевича, составленной в духе схоластики с упором на латынь и гуманитарные науки, образование Алексея Петровича должно было иметь практический уклон — основное место уделяется естественным наукам, а изучение латыни не предполагалось вовсе. Главным же недостатком программы является не её содержание, а весьма короткий срок — всего два года, которые барон Гюйссен отводил на её реализацию.

Впрочем, может быть, педантичный немец и преуспел бы в своём деле, если бы не вмешательство царя. Не считаясь с «учебным планом» сына, Пётр вызывает его в действующую армию, для того чтобы тот на деле познал солдатскую науку. Пятнадцатилетним юношей царевич в чине рядового солдата участвует в штурме Ниеншанца (1703 год), и во второй осаде Нарвы (1704 год). Участие в военных действиях одновременно и государя, и наследника престола создавало большой риск для страны, поэтому в дальнейшем царь не привлекал Алексея к участию непосредственно в боевых действиях.