Участие в войне было не единственной причиной, помешавшей царевичу нормально завершить образование. Уже в 1705 году царь отправляет барона Гюссена за границу с дипломатическим поручением, а наследник оказывается предоставлен самому себе. Его «воспитатель» Меншиков занимается строительством Санкт-Петербурга, отец тоже часто находится в отъезде… Чтобы заполнить свободное время, Алексей увлекается токарным ремеслом, к которому был неравнодушен и его отец.

К 1707 году относится первое свидетельство о конфликте отца и сына. Поводом послужило то, что Алексей, несмотря на строгий запрет отца, посетил мать, о чём Петру донесла его сестра царевна Наталия Алексеевна, которой племянник имел неосторожность довериться. Царь жестоко выбранил сына за этот поступок, выразив своё крайнее неудовольствие. Уже это столкновение показывает, насколько по-разному его участники смотрели на одно и то же. Пётр полагал, что, нарушая запрет на посещение его бывшей супруги, царевич бросает ему вызов, пренебрегая царской волей. Алексей, в свою очередь, просто хотел посетить мать, которую очень любил.

Отметим и ещё одну особенность ситуации — царь выражает своё недовольство наследником на основании доноса.

Начиная с 1708 года Пётр поручает Алексею выполнение разного рода заданий, связанных с обеспечением армии продовольствием, набором рекрутов, представительскими функциями и т.д. Как отмечает Н.И. Павленко, в течение десяти лет (1707–1716) переписка между отцом и сыном носит почти исключительно деловой характер. По содержанию писем можно узнать и о полученных царевичем заданиях, и об усердии, с котором он их выполнял. Для нас важно отметить два момента — царевич не был включён отцом в круг своих ближайших соратников, тех, кого потом назовут «птенцы гнезда Петрова», с порученными ему заданиями царевич в целом справлялся — претензии царь высказывал ему редко.

В 1710 году царь осуществляет своё намерение и отправляет наследника для продолжения образования за границей. На первый взгляд такое решение может быть оправданно — в пределах России существовали только два высших учебных заведения, и специализировались они в богословии (Академия имени Петра Могилы в Киеве и Славяно-греко-латинская академия в Москве). Поэтому направление наследника на учёбу в один из университетских городов, этих интеллектуальных центров тогдашней Европы, было бы весьма целесообразно.

Но Алексей по воле отца отправился в столицу союзной Саксонии — Дрезден, где его образованием занялись всё те же нанятые учителя. То есть по сравнению с пребыванием в России его образование не претерпело существенных изменений. Зато царь мог всем и каждому показывать, как он стремится в Европу.

Впрочем, пребывание царевича в Саксонии имело и ещё одну цель — государь решил наследника женить, и женить в Европе. По-видимому, Пётр хорошо запомнил трагические события своего детства и решил прекратить практику женитьбы государей на собственных подданных. Искать спутниц жизни им отныне надлежало среди равных себе, то есть государей христианского мира. Однако при этом царь пренебрёг собственным горьким опытом женитьбы по чужому выбору, для своих детей и племянников он выбирал невест и женихов сам, исходя исключительно из политических соображений. Стоит ли удивляться, что из четырёх устроенных Петром Алексеевичем династических браков только один (брак его старшей дочери Анны) оказался более-менее удачным.

Возможно, первоначально Пётр планировал предоставить Алексею свободу выбора в Европе, благо выбирать там было из кого, но потом всё же выбрал невесту сыну сам. Почему? Потому что Алексей жениться на иностранной принцессе не хотел. Повторялась ситуация с женитьбой самого Петра — если бы сыну дали волю, он бы тянул время до самого своего возвращения из Европы. Отличие ситуаций 1689 и 1711 годов состояло лишь в том, что никакой острой политической необходимости женить сына у Петра в тот момент не было.

Невесту Алексею разыскал всё тот же барон Гюйссен. Это была принцесса Шарлотта-Христина-София Бланкенбургская, внучка герцога Брауншвейг-Вольфенбюттельского Антона Ульриха. С шести лет она воспитывалась своей родственницей, женой курфюрста Саксонского и польского короля Августа II Сильного. Её старшая сестра Елизавета была замужем за императором Священной Римской империи Карлом VI. Таким образом, через брак сына Пётр закреплял союз сразу с тремя государствами — Речью Посполитой, Саксонией и Священной Римской империей.

Характер этого брака, как, впрочем, и других, заключённых в годы правления Петра, показывает, насколько невысоко котировалась русская царская семья среди монархов Европы. Многолетняя политика самоизоляции привела к тому, что виднейшие дворы Европы — французский, австрийский (имперский), британский, испанский — не рассматривали возможность династических браков с Россией. Немалую роль сыграла и последовавшая вскоре женитьба самого Петра на безродной «лифлянской портомое». Поэтому невесту приходилось искать среди представителей династий мелких германских княжеств. Примечателен и ещё один момент — в брачном договоре Алексея и Шарлотты за невестой сохранялось право на исповедание лютеранской веры. Это исключительный случай в истории династических браков между Россией и Европой. Дело в том, что русские государи со времён Василия III и Иоанна IV Грозного полагали себя защитниками и хранителями Православной веры. Русский государь должен был быть рождён от православных родителей. И в допетровское время, и в послепетровское в ходе переговоров о возможных династических браках обязательным условием для невесты наследника русского престола было принятие православия. Последнему русскому царю Николаю Александровичу стоило больших усилий убедить в необходимости сменить конфессию свою невесту — принцессу Алису Гессенскую. Пётр этим условием демонстративно пренебрёг. По-видимому, желание показать Европе свою «европейскость» было для царя-преобразователя важнее, чем государственные и династические интересы.

Брак наследника заметно повышал его статус. По распространённым тогда представлениям именно создание собственной семьи делало человека полностью совершеннолетним (вспомним, как торопились женить Петра его родственники). Аристократическое происхождение супруги Алексея, его родство через неё с императором Священной Римской империи импонировало русской аристократии, особенно на фоне последовавшей вскоре женитьбы царя на безродной прачке. Через супругу царевич входил в узкий круг европейских монархов, что должно было, по замыслу царя, повысить авторитет и его самого, и страны в целом.

Примечательно, что в тяжелейшей обстановке неудачного для его армии и страны Прутского похода, царь находил время заниматься организацией свадьбы царевича и обещал лично присутствовать на ней, заявив: «Это мой единственный сын, и я охотно доставил бы себе радость по окончании похода лично присутствовать на его свадьбе». И действительно, после заключения мирного договора царь отправился в Торгау, где и состоялось торжество.

Таким образом, мы можем с уверенностью утверждать, что, несмотря на то что отношения отца и сына не были идеальными, в 1711 году царь по-прежнему видел в Алексее единственного законного наследника престола и принимал меры по упрочению его положения и в России, и за границей.