Однако очень скоро Федор Иванович, как и многие другие представители знати, понял, что на престоле не истинный царский сын, а польский ставленник, авантюрист Гришка Отрепьев. Поэтому он примкнул к заговору В. И. Шуйского, ставящего цель свергнуть лжецаря. В начале мая Лжедмитрий послал Шереметева с большим отрядом в Елец. Там создавалась база для похода на Азов. Но боярин не стал спешить с выполнением этого задания. По просьбе Шуйского он остался в окрестностях Москвы, чтобы при необходимости помочь заговорщикам. Но это не потребовалось — 17 мая 1606 г. самозванец был убит. Новым царем москвичи провозгласили В. И. Шуйского.

Однако жители многих провинциальных городов не захотели подчиняться новому государю. Особенно тревожным было положение в районе Астрахани, где были не только сторонники Лжедмитрия, но и наводили страх на местных жителей отряды еще одного самозванца — «царевича Петруши». Сюда и был отправлен Ф. И. Шереметев для наведения порядка.

Поволжский поход Федора Ивановича затянулся на несколько лет, поскольку в Астрахани местный воевода князь И. Д. Хворостинин оказал упорное сопротивление, а для борьбы с Петрушей у боярина не хватало сил. Около двух лет провел он на острове Балчик в низовьях Волги. Здесь рядом с расположением его отряда даже образовался небольшой городок, куда прибывали купеческие караваны с просьбой о защите от разбойников.

Со временем под началом Ф. И. Шереметева сформировалась Понизовая рать, в которую вошли стрельцы и казаки из поволжских городов. Весной 1609 г. она двинулась на судах к Нижнему Новгороду. По дороге были освобождены несколько городов-крепостей от сторонников нового самозванца Лжедмитрия II. В ноябре Шереметев соединился с М. В. Скопиным в Александровой слободе. Вместе полководцы-освободители въехали в Москву, радостно приветствуемые горожанами. Но царь Василий никак не отметил заслуги Федора Ивановича и, видимо, даже укорил его за то, что тот слишком медленно двигался к Москве. Поэтому когда группа дворян свергла непопулярного царя, Шереметев не выступил на его защиту.

Заслуги воеводы были признаны большинством бояр, поэтому они и избрали его в состав временного правительства. Федору Ивановичу было поручено очень важное дело — ведать Казенным дворцом, где хранилось наиболее ценное царское имущество, в том числе и регалии, используемые при венчании на царство. В период польского господства в Кремле это было очень сложно делать, поскольку интервенты стремились разграбить царский дворец и вывезти в Польшу все наиболее ценные вещи. К тому же они постоянно требовали плату за свою службу. При отсутствии в казне денег приходилось отдавать им ценности. Шереметев пытался любым путем сохранять священные для царского дома реликвии: короны, скипетры, бармы, выдавая полякам зеркала, часы, дорогую посуду. Пришедший потом к власти Михаил Романов оценил заслуги Федора Ивановича и наградил.

Первоначально Ф. И. Шереметев, как и остальные члены временного правительства, полагал, что королевич Владислав может быть избран на московский престол. Он даже согласился сотрудничать с поляками и вступил с королем Сигизмундом в переписку. Но потом он понял, что они — враги, ставящие цель захватить и разграбить его страну. Это заставило его с большей энергией взяться за сохранение царского имущества. Освободившие Кремль ополченцы оценили усилия Федора Ивановича и привлекли его к сотрудничеству. Они пригласили его и на Избирательный земский собор. Там он стал главным инициатором избрания на престол Михаила Романова, своего дальнего родственника. Некоторые историки предполагают, что он даже вступил в переписку с матерью Михаила, Марфой Ивановной, чтобы узнать ее мнение об избрании на престол ее сына. Получив отрицательный ответ, Шереметев согласился возглавить посольство в Кострому. Он был уверен, что убедит Михаила в том, что тот самая подходящая кандидатура на царский трон.

Миссия посольства оказалась удачной. Михаил Федорович стал новым государем. В его правительстве Ф. И. Шереметев занял одно из ведущих мест. Сначала он вновь ведал Казенным дворцом, потом ему было поручено заключить мирные договоры со Швецией и Польшей на наиболее выгодных условиях для русской стороны. С этими заданиями боярин успешно справился и был щедро награжден соболиной шубой, драгоценным кубком, повышением оклада на 500 руб. и прибавкой к земельным владениям в 500 четвертей. К тому же ему окончательно была возвращена родовая усадьба в Кремле.

При дворе Федор Иванович считался одним из ближайших царских родственников, поэтому ему было поручено: встречать вернувшегося из плена Филарета, отца Михаила Федоровича, возглавлять Аптекарский приказ, занимавшийся царским здоровьем, «ведать Москвой» во время богомольных поездок государя. Кроме того, в разные годы он возглавлял Разбойный, Печатный, Стрелецкий, Сыскной, Иноземный приказы, Большую казну, Новую четверть. После неудачной Смоленской войны Шереметеву удалось заключить с Польшей достаточно выгодный мирный договор. По его условиям Владислав навсегда отказался от притязаний на царский трон, что было очень важно для Михаила Федоровича. За это он получил еще более щедрые награды, чем прежде, и стал носить почетное звание «ближнего боярина». В 1641 г. он получил еще и чин конюшего. После смерти Михаила Федоровича Ф. И. Шереметев отошел от дел и в 1649 г. принял постриг в Кирилло-Белозерском монастыре. Он умер 17 февраля 1650 г. и был похоронен рядом с безвременно скончавшимся сыном Александром. (Морозова Л. Е. Россия на пути из Смуты. Указ. изд. С. 250–254.)

И. Н. Романов принадлежал к старомосковскому боярскому роду Кобылиных-Кошкиных, как и Шереметев. Многие его предки занимали видные места при великокняжеском и царском дворах. Это и сподвижник Ивана III Яков Захарьевич, и «государево око» Михаил Юрьевич, и верный дворецкий Даниил Романович. Отец Ивана Никитича, видный боярин Никита Романович, приходился младшим братом царице Анастасии, первой жене Ивана Грозного. Поэтому с царем Федором Ивановичем Иван Никитич был в близком родстве — приходился ему двоюродным братом.

От рождения И. Н. Романов имел ряд физических недостатков: плохо владел одной рукой, прихрамывал на одну ногу и невнятно говорил, поэтому носил прозвище Каша.

В 1589 г. Иван получил первую придворную должность — он стольник. Во время Ругодивского похода царя Федора он исполнял обязанности есаула в Дворцовом полку.

В 1591 г. И. Романову была поручена важная миссия — от имени царя поздравить воевод, отогнавших от Москвы крымского хана Казы-Гирея.

Вполне вероятно, что при Федоре Ивановиче служба Ивана шла успешно, при дворе он с братьями всегда занимал высокое положение и участвовал в семейных торжествах царствующей четы. Но после восшествия на престол Б. Ф. Годунова все изменилось. Новый царь вскоре заподозрил Романовых в желании отравить его и по сфабрикованному доносу подверг их жестоким репрессиям. Выжить и остаться в миру удалось только Ивану Никитичу, поскольку Годунов считал, что инвалид не может представлять для него опасности. Только после воцарения Лжедмитрия I положение Романовых и их родственников изменилось. Иван Никитич вновь был принят при царском дворе и получил боярский чин.