Во время короткого правления Лжедмитрия I Борис Михайлович, видимо, женился на вызволенной из ссылки последней дочери Н. Р. Захарьина-Юрьева Анастасии. Это позволило ему породниться с лжецарем, который называл себя братом царя Федора Ивановича (матерью Федора Ивановича была сестра Н. Р. Юрьева-Захарьина царица Анастасия).

В источниках нет сведений о том, участвовал ли Б. М. Лыков в заговоре В. И. Шуйского против Лжедмитрия. Но после свержения самозванца 19 мая 1606 г. он поддержал кандидатуру Шуйского на престол и при нем сохранил боярство и высокое положение при дворе. Поэтому когда летом 1606 г. в Москву пришло известие о восстании в северских городах против нового царя, князь Борис не задумываясь согласился возглавить войско против бунтовщиков. Он был назначен первым воеводой Передового полка вместе с князем Я. П. Барятинским. Однако под Кромами и Ельцом царское войско потерпело поражение от И. Болотникова и было вынуждено отступить к столице.

Вместе с царем Василием и другими представителями знати Б. М. Лыков оказался в осажденной болотниковцами Москве. Под руководством М. В. Скопина-Шуйского он участвовал в многочисленных вылазках, которые привели к тому, что И. Болотников со своим войском был вынужден в начале декабря 1606 г. отойти к Калуге. Поскольку было ясно, что восставшие не откажутся от планов захвата различных городов, В. И. Шуйский направил в них дополнительные воинские силы. В феврале 1607 г. князь Борис был направлен в Рязань во главе тысячного отряда. Уже в начале мая он получил царскую грамоту, в которой ему приказывалось направить в Каширу рязанского воеводу П. П. Ляпунова с 800 дворянами и 300 татарами. Они должны были вместе с каширскими воеводами выступить к Алексину. Предполагалось, что именно на этот город нападут болотниковцы. Однако вскоре выяснилось, что вырвавшийся из Калуги И. Болотников вместе с князем A. A. Телятевским движется в сторону Каширы. Поэтому по царскому приказу с оставшимися в Рязани 500 дворянами и 500 татарами Б. М. Лыков должен был в спешном порядке идти на помощь каширским воеводам. Князь в точности выполнил указание и вовремя успел соединиться на р. Восьме с каширскими воеводами A. B. Голицыным и Г. Г. Пушкиным. Здесь 5 июня 1607 г. разгорелся ожесточенный бой. Удача оказалась на стороне царских воевод. Болотниковцы были полностью разгромлены и с позором бежали. За эту службу Лыков получил вместе с другими воеводами золотую монету.

После этого князь тут же получил новое назначение — вместе с рязанцами влиться в Большой полк М. В. Скопина-Шуйского, направлявшегося к Туле, где находились Болотников с самозваным царевичем Петрушей. Потом во время осады Тулы ему было поручено командовать Сторожевым полком вместе с Ф. Ю. Булгаковым.

После взятия Тулы 10 октября 1607 г. мятежи в стране не прекратились. В Стародубе появился Лжедмитрий II, который вместе с польскими союзниками весной 1608 г. двинулся к Москве. Б. М. Лыкову вместе с И. С. Куракиным было приказано встретить противников на Медвежьем броде у Москвы-реки. Вскоре выяснилось, что к этому месту движется полк А. Лисовского, нагруженный добычей. Царские воеводы мужественно вступили с ним в схватку и заставили бежать, бросив награбленное добро. Победителям достались пушки, всевозможное оружие, а также взятые в плен коломенский владыка и зарайский протопоп.

Но эта победа не помогла остановить Лжедмитрия II. Уже в июне он подошел к Москве и расположился с войском в Тушино. Царь Василий несколько раз пытался отогнать самозванца, но его атаки на Тушинский лагерь не приносили успеха. Наиболее примечательным был бой на Ходынском поле в июне 1609 г. Все началось с того, что гетман Рожинский решил поджечь деревянные укрепления на окраине столицы. Навстречу ему вышли три полка, возглавляемые И. С. Куракиным, A. B. Голицыным и Б. М. Лыковым. Они так яростно напали на тушинцев, что заставили их обратиться в бегство к табору. В Тушино начался настоящий переполох, и это настолько воодушевило царских воевод, что они были готовы ворваться в ставку самозванца. Остановить их смог только И. М. Заруцкий, выскочивший им навстречу с отрядом донских казаков. Пришлось воеводам вернуться в столицу. Но после этого тушинцы уже не отважились близко подходить к московским укреплениям.

Осенью 1609 г. в Москву пришла весть о том, что к Александровой слободе подошли полки М. В. Скопина-Шуйского, который должен был нанести окончательный удар по Тушинскому лагерю. Б. М. Лыков с И. С. Куракиным были отправлены на соединение с ним. В январе воеводы были отправлены к Суздалю для сражений с А. Лисовским. Затем им было поручено освободить от тушинцев Дмитров. В марте объединенное войско двинулось к Москве и окончательно освободило город от осады.

Б. М. Лыков до конца был верен непопулярному царю В. И. Шуйскому. Даже после того как 24 июня 1610 г. под Клушино царское войско потерпело сокрушительное поражение от польского гетмана С. Жолкевского, он не изменил своей клятве и отправился с И. М. Воротынским под Серпухов для соединения с крымскими царевичами. Вместе с ними воеводы должны были остановить двигавшегося к Москве Лжедмитрия II. На речке Наре вспыхнул ожесточенный бой. Хотя силы были неравными, Лыкову с Воротынским удалось остановить самозванца. Но крымские царевичи вскоре их покинули, и воеводам пришлось вернуться в Москву.

Всем стало ясно, что защищать В. И. Шуйского больше некому. К столице продолжали двигаться и гетман Жолкевский, и Лжедмитрий II. В итоге 17 июля вспыхнуло восстание, в ходе которого царь Василий был сведен с престола и пострижен в монахи. Во избежание анархии и беспорядков бояре срочно собрали Думу и на ее заседании выбрали членов временного правительства. В его состав вошел и Б. М. Лыков как наиболее опытный и удачливый полководец.

Сначала бояре хотели собрать Избирательный земский собор и на нем назвать кандидатуру нового царя «из своих российских родов». Но времени у них для этого не оказалось. Уже в августе в окрестностях столицы оказалось два войска: польского короля Сигизмунда III и Лжедмитрия II. Отражать их атаки было некому. Поэтому временное правительство решило заключить союз с поляками и согласиться с избранием на московский престол королевича Владислава, сына Сигизмунда. В ответ С. Жолкевский выступил против самозванца и отогнал его от Москвы. После этого в город был введен польский гарнизон.

Хотя далеко не всем боярам нравилось самоуправство поляков в столице Русского государства, Б. М. Лыков полагал, что со сложившейся ситуацией следует смириться. Он даже не возражал против того, чтобы вместо королевича вакантный престол занял его отец Сигизмунд III. В благодарность за такую политику король пожаловал Лыкову земли убитого A. B. Голицына и перешедшего на сторону Первого ополчения Б. В. Сукина. Правда, воспользоваться столь щедрым даром князь так и не смог, поскольку с апреля 1611 г. был заперт в осажденной патриотами Москве.

После освобождения столицы от поляков осенью 1612 г. Б. М. Лыков, вероятно, вместе с другими боярами-изменниками был выслан из города. В работе Земского собора 1613 г. он, скорее всего, не принимал участия. Однако избрание на царство Михаила Федоровича Романова было ему очень выгодно, поскольку он был женат на его тетке Анастасии Никитичне. Поэтому он, несомненно, участвовал и во встрече нового царя в мае 1613 г., и на его коронации 11 июля этого же года. Известно, что в сентябре он даже решил местничать с царским дядей И. Н. Романовым, но, конечно, проиграл спор.