Департамент полиции принял участие в подготовке богословско-исторической экспертизы. По просьбе Замысловского директор департамента Белецкий распорядился приобрести за границей редкую книгу — «Каббала Бабеля», содержавшую сведения о ритуальных убийствах. Во время процесса прокурору понадобились ссылки на саратовское ритуальное дело. Жандармский ротмистр экстренно доставил многотомные материалы из Петербурга. Впрочем, председатель суда отказал в оглашении этих материалов — «ввиду крайнего утомления присяжных, которые начинают дремать при чтении даже кратких документов».

Обвинение возлагало надежды на католического священника Иустина Пранайтиса, который вел миссионерскую деятельность в Туркестанском крае, а до этого был профессором древнееврейского языка в католической академии в Петербурге. Он заявил, что со Средних веков евреи почитают выше Торы и Талмуда предписания каббалы, а одно из основных каббалистических сочинений, «Зогар», предписывает приносить в жертву христианских детей; при этом жертве закрывают рот и после двенадцатикратного испытания ножа наносят тринадцатую, смертельную рану. Тело жертвы нельзя предавать земле, а требуется бросить в укромном месте. Пранайтис обратил внимание суда на то, что Андрею Ющинскому при убийстве закрыли рот и нанесли 13 ран в висок. По мнению эксперта, цифра 13 имела мистическое значение и обозначала слово «эхад», с которым служители каббалы покидают земной мир.

Эксперты защиты показали всю зыбкость ритуальной легенды. Прежде всего они объяснили, что каббала является теософическим учением и каббалисты никогда не занимались описанием обрядов. Профессор Петербургской духовной академии И.Г. Троицкий указал, что Пранайтис пользовался неправильным переводом книги «Зогар» и то место, где говорилось о ритуальном убийстве, «на самом деле относится к убиению скота, но никоим образом не к убою людей».

Труднее всего обвинителям было доказать, что Талмуд, окончательно сложившийся в V в. н. э., и каббала, возникшая в XVIII в., руководили жизнью евреев в XX в. Во имя чего судят Бейлиса, спрашивал Грузенберг: «во имя критики Зогара, каких-то мертвенных книг, которых 9/10 евреев не видали и о которых не слыхали». Даже обладая самой необузданной фантазией, нельзя было увидеть цадика в мелком торговце сеном Шнеерсоне или жрецов в двух молодых людях — Эттингере и Ландау, приехавших на суд из Австрии. Когда поверенные истцов упомянули, что Бейлис принадлежит к древнему и почитаемому всеми иудеями роду, со скамьи подсудимых раздался смех.

Этот последний эпизод был одним из немногих, заставивших публику в зале суда вспомнить о существовании подсудимого. Переодетые курьерами жандармские унтер-офицеры сообщали о недоумении присяжных заседателей: «Як судить Бейлиса, коли разговоров о нем на суде нема?» Следует отметить, что обвинение сознательно избрало такую тактику. Еще до процесса в кулуарах Государственной думы Маклаков сказал Замысловскому, что за слабостью улик Бейлиса оправдают. Замысловский ответил: «Пусть оправдают, нам важно доказать ритуальность убийства».

Эта особенность прослеживалась в обвинительной речи прокурора Виппера. Полицейский чиновник Дьяченко телеграфировал Белецкому, что «главный недостаток речи — очень кратко, бледно обрисована деятельность Бейлиса». Основное место в заключительных выступлениях поверенных гражданских истцов также было посвящено обвинениям не против Бейлиса, а против всего еврейского народа.

30 октября 1913 г. стало последним днем процесса. Присяжные заседатели вынесли вердикт, включавший ответ на два вопроса: первый — доказано ли, что 12 марта 1911 г. Андрей Ющинский был завлечен в одно из помещений кирпичного завода, где ему были нанесены раны, сопровождавшиеся мучением и полным обескровлением; второй — доказано ли, что это убийство совершил Бейлис из побуждений религиозного фанатизма и в сговоре с двумя другими, оставшимися неизвестными лицами? На первый вопрос присяжные заседатели дали ответ: «Да, доказано». Вопрос с умыслом был сформулирован таким образом, что, констатируя сам факт убийства мальчика и его мучений, жюри присяжных невольно соглашалось с ритуальной версией. Но некорректная формулировка лишь частично объясняет ответ присяжных. Очевидно, на крестьян и мещан подействовали ненаучные, зато умело подогревавшие национальную и религиозную рознь аргументы Сикорского, Пранайтиса, Шмакова, Замысловатого.

Вместе с тем жюри присяжных не дало себя обмануть псевдоуликами против Бейлиса. Ответ на второй вопрос гласил: «Нет, не доказано». После 27 месяцев заключения Бейлис обрел свободу. Российская общественность в подавляющем большинстве с восторгом восприняла оправдание Бейлиса. Крайне правые переживали горечь поражения, утешая себя мыслью, что суд все-таки признал ритуальный характер преступления. Что же касается полиции, то ее сотрудники испытывали смешанные чувства. Для тех, кто следил за спокойствием в Киеве, это было чувство облегчения. Вопреки опасениям властей оглашение оправдательного приговора не вызвало никаких эксцессов. Поэтому киевский полицмейстер вполне искренне говорил Бейлису после последнего судебного заседания: «Я почти заболел от беспокойства. Я отвечал за вас и порядок в городе в течение последних двух месяцев. Я должен был быть на страже, чтобы с вами не случилось ничего дурного. Уверяю вас, это не шутка контролировать возбуждение толпы. Я искренне рад, узнав, что вас освободили».

Отзвуки дела Бейлиса некоторое время волновали Департамент полиции. Замысловскому была выдана крупная сумма денег для издания книги о киевском деле. Чиновник Департамента полиции Любимов предлагал своему шефу продолжать расследование убийства. Однако жандармы предпочитали ограничиться наблюдением за действиями частных сыщиков. Так, было получено известие о поездке бывшего пристава Красовского в США на поиски важных свидетелей по делу Бейлиса. В декабре 1913 г. товарищ министра внутренних дел В.Ф. Джунковский сообщил министру юстиции о том, что в Киев из Лондона прибыл детектив, который вместе с бывшим начальником сыскной полиции Рудым собирается обнаружить настоящих убийц.

Впоследствии эта информация оказалась неточной, но из возникшей по данному поводу переписки видно, что Щегловитов старался поскорее забыть о позорно провалившемся процессе. Как и раньше, он давал Министерству внутренних дел четкие инструкции, но уже совсем иного содержания. Щегловитов писал, что Министерство юстиции не имеет данных для нового расследования и «было бы в высокой степени полезно воспрепятствовать предпринимаемым розыскам». Он также рекомендовал предупредить Рудого, что «подобная его деятельность, по всей вероятности, возбудит местные страсти, а это обстоятельство может повлечь за собой высылку его из Киева».

После падения монархии Временное правительство сняло неофициальный запрет на расследование этого дела. Чрезвычайная следственная комиссия собрала целый комплекс материалов по данной теме, но октябрьские события прервали ее работу. Большевистские власти также намеревались выяснить истину. Кончилось все тем, что в 1919 г. Киевская ЧК расстреляла Веру Чеберяк, а московский революционный трибунал осудил прокурора Виппера.

Убийц Андрея Ющинского найти не удалось. Об этом таинственном убийстве можно высказать только предположения. Сторонники различных версий проявляли удивительное единодушие в том, что искали группу преступников. На это настраивали выводы экспертов, предполагавших, что один человек не мог совершить столь сложное преступление. Поскольку трудно было допустить существование целой группы людей с одинаковым душевным расстройством или