7 апреля 1894 г. Александр III одобрил доклад, и вслед за тем 30 апреля Муравьёв возглавил Комиссию для пересмотра законов по судебной части, в состав которой вошли 23 человека. В числе членов были Государственный секретарь В. К. Плеве, товарищи министра: П. М. Бутовский, внутренних дел — И. Л. Горемыкин, сенаторы С. И. Лукьянов, Н. С. Таганцев, Н. Н. Шрейбер, A. Ф. Кони, управляющий земским отделом Министерства внутренних дел А. С. Стишинский, директор Департамента общих дел Министерства внутренних дел Н. П. Долгово-Сабуров и др. Во главе четырёх отделов комиссии: 1) местных судебных установлений, 2) судоустройства, 3) уголовного судопроизводства, 4) гражданского судопроизводства, стали соответственно Горемыкин, Шрейбер, Таганцев, Лукьянов, а руководителем пятого отдела общих вопросов — сам Муравьёв. К работе Комиссии было привлечено около 50 чинов судебного ведомства и присяжных поверенных, среди которых прокурор С. — Петербургского окружного суда И. Г. Щегловитов, присяжные поверенные В. Д. Спасович, Ф. Н. Плевако и др. В мае 1894 г. Муравьёв добился возобновления издания журнала Министерства юстиции, прекратившего своё существование в 1870 г. Редактором он поставил профессора B. Ф. Дерюжинского, горячо взявшегося за дело.

7 февраля 1895 г. А. Ф. Кони сообщал П. Н. Обнинскому о том, что Муравьёв ведёт дело пересмотра Судебных уставов «с большим тактом, беспристрастием и любовью к нашему общему прошлому. Созванный им съезд старших председателей и прокуроров палат был им практически руководим и по некоторым частям дал очень удовлетворительные результаты, не чуждые нравственного подъёма» (135, с. 272). Однако вскоре после этого Кони резко меняет свою оценку деятельности Муравьёва и возглавляемой им комиссии: «Вместо необходимого ремонта драгоценного здания, воздвигнутого в лучшие годы и лучшими людьми царствования Александра II, началось его беспощадное разрушение и коверканье при помощи всевозможных ренегатов… Из каких-то своих личных целей Муравьёв стал подкапываться под главные устои нового суда, под суд присяжных, несменяемость судей, единство кассации, предварительное следствие и ряд постановлений, обеспечивающих судье независимое и достойное положение судебного деятеля, а не судейского чиновника. Горько сознаться, что, несмотря на упорную борьбу, которую я должен был вести с ним, большинство этих попыток увенчалось успехом и лишь так называемое освободительное движение помешало им осуществиться на практике» (161, т. 2, с. 321). За пять лет работы комиссия Муравьёва провела 503 заседания. 19 мая 1899 г. она была официально закрыта. Проект Муравьёва не получил одобрения Государственного совета.

В период царствования Александра III были предприняты существенные шаги и достигнуты весомые результаты в области финансовой и экономической политики, руководителями которой были министры финансов Н. X. Бунге в 1881-1886 гг., И. А. Вышнеградский в 1887-1892 гг. и С. Ю. Витте в 1892-1903 гг.

Николай Христианович Бунге возглавил Министерство финансов после ухода в отставку А. А. Абазы 6 мая 1881 г. (официально назначен министром финансов 1 января 1882 г.). Перед этим с 1 июля 1880 г. занимал пост товарища министра финансов. В просвещённых кругах выдвижение Бунге было встречено с сочувствием и большими надеждами. Он проявил себя как активный участник великих реформ Александра II, работая в комиссиях по подготовке отмены крепостного права, преобразованию банковской системы, принятию либерального университетского устава. Вне всякого сомнения, реформаторская практика оказала огромное влияние на взгляды профессора Киевского университета и имела определяющее значение для формирования его как государственного деятеля. Хорошо была известна его разносторонняя деятельность в должности ректора Университета Святого Владимира, управляющего Киевской конторой Государственного банка, основателя местных частных кредитных учреждений, энергичного члена органов городского самоуправления. Наделённый светлым и обширным умом, он не мог не отозваться на общественные вопросы, которые жизнь ставила на очередь дня. Многочисленные публикации с 1852 г. по различным проблемам экономики создали ему высокий авторитет в научном мире.

В 1859 г. он был избран членом-корреспондентом, а позже в 1890 г. действительным членом Петербургской академии наук. Важной вехой в его жизни стало приглашение в качестве преподавателя к цесаревичу Николаю Александровичу, безвременно скончавшемуся в 1865 г. Со 2 октября 1863 г. по 11 июня 1864 г. Бунге прочёл ему полный курс теории финансов. Его слушателем был и второй сын государя, великий князь Александр Александрович, будущий император Александр III. Скромный, эрудированный учёный из Киева импонировал царской семье. Доброе отношение со стороны Александра II и его близких сыграло впоследствии немаловажную роль в карьере Бунге.

Следует заметить, что министерская деятельность бывшего киевского профессора развернулась в пору тяжёлого финансового расстройства страны после Русско-турецкой войны 1877-1878 гг., кризиса в промышленности и сельском хозяйстве. Сумма государственного долга на 1 января 1881 г. составляла свыше 6 млрд руб. Первый бюджет 1881 г. Бунге пришлось свести с дефицитом на сумму более 50 млн руб. Состояние курса кредитного рубля выглядело весьма неудовлетворительно. В 1881 г. средняя цена рубля составляла 65,8 коп. золотом. Платёжный баланс был довольно неблагополучен, и на заграничных биржах, особенно берлинской, производилась спекуляция с русскими фондами и кредитными рублями. Кроме того, два года сряду — 1884-й и особенно 1885-й — ознаменовались почти повсеместным неурожаем, что вызвало неблагоприятные последствия для промышленности и торговли. Деятельность министра осложнялась и политическими обстоятельствами. Бунге возглавил финансовое ведомство в то время, когда противники либеральных преобразований одержали победу. Один из вождей консервативного курса, редактор «Московских ведомостей» М. Н. Катков отстаивал свою программу, проповедовал создание национальной экономики, независимой от передовых стран Европы и действующей в общенародных интересах, требовал немедленного установления высоких таможенных барьеров, протестовал против социальных мероприятий и денежной реформы. Его взгляды, конечно, разделяли и близкий к Александру III редактор «Гражданина» В. П. Мещерский, и апостол самодержавия К. П. Победоносцев, а после смены Н. П. Игнатьева и министр внутренних дел Д. А. Толстой. Новый министр финансов представлял собой личность, совершенно не типичную для высших сфер власти. По отзывам современников, невысокого роста, сутуловатый, очень похожий в профиль на Вольтера, с тихим голосом, Бунге ничем не напоминал министра. Е. А. Перетц отмечал: «Бунге — на мои глаза — умный, вообще — просвещённый и хороший человек. Только не был бы он скорее профессором, чем министром» (298, с. 73).

«Маленький на тонких ножках, — характеризовал его писатель П. М. Ковалевский, — худой немчик, которому вы, наверно, открыли бы ваш рояль для настройки, если б не знали, что он министр финансов, а не настройщик». Как явствует сенатор М. Б. Веселовский, своей мизерной наружностью Бунге напоминал немца-ремесленника. Сам Бунге с юмором рассказывал знакомым, как однажды на станции в Гатчине кондуктор не пустил его в вагон, предназначенный для министров (363, т. 1, с. 171). Окружавших поражали в нём глубокая интеллигентность, скромность, полное отсутствие бюрократических амбиций и склонности к саморекламе. Стремительное возвышение никак не отразилось на характере и поведении Бунге. Он был по-прежнему прост, доступен и вежлив с любым человеком независимо от его положения, будь то мелкий чиновник или член Государственного совета. Сенатор А. Ф. Кони видел в Бунге воплощение «идеального душевного равновесия». Академик И. И. Янжул писал «о чарующем впечатлении», которое на него производили беседы с «этим маленьким старичком с вдумчивым и ласковым взглядом». Член Государственного совета Н. И. Стояновский рассказывал, как Бунге прехал в Эмс (Германия) для лечения без своего камердинера, не желая его «беспокоить» (там же).