Принятые меры, с одной стороны, способствовали развитию отечественной промышленности, а с другой, увеличивали сумму таможенных сборов. Если в 1881-1894 гг. пошлины составляли 19% по отношению к стоимости ввезённых в страну товаров, то в 1885-1890 гг. — уже 28%, а после введения в 1891 г. общего таможенного тарифа — 35%. По официальным данным, несмотря на некоторое сокращение импорта, доходность от него увеличилась с 1887 по 1892 г. со 107’427 тыс. до 130’552 тыс. руб. (189, с. 640). Сокращение ввоза из-за границы различных товаров привело к значительному увеличению импорта иностранных капиталов, что, безусловно, стимулировало развитие отечественной промышленности. За 12 лет, с 1881 по 1892 г., сумма иностранных капиталов в акционерных обществах увеличилась на 138 млн, тогда как за предыдущие 20 лет рост их составил 88 млн (96, с. 65).

Параллельно с этим Вышнеградский увеличил налоги — прямые (государственный поземельный, с городских недвижимых имуществ, обложение торговли и промыслов), косвенные (питейный, табачный, сахарный, нефтяной). За время с 1887 по 1892 г. доходы с питейного налога увеличились на 11 млн руб. — с 257’624 тыс. до 269 млн руб. Поступления же с табачного, сахарного, нефтяного налогов возросли на 80% — с 47’255 тыс. до 75’274 тыс. руб. (189, с. 640). Также был введён акциз на спички и осветительные масла, учреждён гербовый сбор. Намерение ввести винную и табачную монополии Вышнеградскому осуществить не удалось. Надо заметить, что идея введения табачной монополии в России ни Вышнеградским, ни его преемниками не была реализована.

Но ему, так же, как и Бунге, приходилось идти на серьёзные уступки продворянской политике правительства. В 1889 г. Комитет финансов признал «помощь дворянству необходимой» и установил льготный земельный кредит помещикам в Дворянском банке, снизив процент, платимый по ссудам до 4 1/2, а также предоставил им ряд дополнительных льгот. Решение это было утверждено императором. Министр настаивал на необходимости мирной внешней политики, уменьшении расходов на вооружение, предлагал начать переговоры с другими странами о разоружении или ограничении новых вооружений. Был противником рабочего законодательства.

В марте 1889 г. Иван Алексеевич образовал Департамент железнодорожных дел, во главе которого был поставлен С. Ю. Витте. В этом же году министр провёл тарифную, а в 1889-1890 гг. контрольно-финансовую реформы на железной дороге. Вышнеградский проводил политику выкупа малодоходных железных дорог в казну. Всего было выкуплено 7 тыс. вёрст дорог, принадлежавших частным обществам. Он поддерживал монополии как органы борьбы с перепроизводством и выступал против них, когда те резко повышали цены.

С помощью иностранного капитала Иван Алексеевич стремился ускорить развитие отраслей крупной капиталистической промышленности, которые были необходимы для железнодорожного строительства. В основу своей деятельности министр положил нормализацию денежного обращения. При этом он исходил из плана реформы, ранее подготовленного в министерстве, который предусматривал девальвацию рубля и переход к золотому монометаллизму.

Иван Алексеевич добивался расширения российского эксперта и преодоление хронического дефицита государственного бюджета.

Пытаясь обеспечить положительное сальдо торгового баланса, Вышнеградский форсировал вывоз зерна и хлебных продуктов, которые составляли более 50% ценности всего экспорта России. Как отмечает В. Л. Степанов, для подхлёстывания экспорта министерство широко использовало также налоговый «прессинг», назначая сроки уплаты податей к моменту сбора урожая. Крестьяне вынуждены были вывозить на рынок не только излишки, но и часть необходимого продукта, обрекая себя на систематическое недоедание (386, 1993, №4, с. 110). Внешнеторговая политика министра, проводившаяся под лозунгом «Недоедим, но вывезем», получила название «голодного экспорта».

В ходе операций по конверсии 5-процентных займов в 4-процентные, проведённых в 1888-1890-х гг., были конвертированы государственные долги на сумму 1,7 млрд руб. Хотя задолженность страны в результате этих операций увеличилась на 277 млн руб., более длительная рассрочка займов (на 81 год) уже в первые годы дала экономию по ежегодным платежам в размере 21,5 млн руб., что имело значение для сбалансирования бюджета (377, 1959. № 3, с. 99-102). При Вышнеградском было заключено пять металлических займов на общую сумму 425,1 млн руб., что позволило увеличить доходы от них со 131’793 тыс. руб. в 1887 г. до 165’777 тыс. руб. в 1892 г. (189, с. 640). Ограничение ввоза, поощрение экспорта и внешние займы с 1889 г. изменили платёжный баланс в пользу России. Это, в свою очередь, дало возможность министру значительно ускорить накопление золотого запаса за счёт платежей по внешней торговле и займов: с 273,7 млн руб. (на 1 января 1888 г.) до 581,5 млн руб. на 1 января 1893 г. (183, с. 28). Казалось, настойчивая, напряжённая работа Вышнеградского и его сотрудников наконец к 1891 г. принесла долгожданный успех. Прежние хулители вдруг стали говорить о министре как о финансовом гении. Искусство Вышнеградского в организации финансовых сделок и операций международного масштаба завоевали ему громадный авторитет в Европе. По словам язвительной Александры Викторовны Богданович, «в Германии питают большое уважение к Вышнеградскому, говорят даже, что есть только один политик на свете — Бисмарк и один министр финансов — Вышнеградский. Сумел человек заставить о себе думать! А что про него говорили, когда только его назначили?» (73, с. 91—92). Вот уж, действительно, как говорил Наполеон, лучший оратор в мире — успех! Как казалось Ивану Алексеевичу, ничто не предвещало беды. Не обращая внимания на тревожные симптомы весной 1891 г., он заявил: «Сами не будем есть, но будем вывозить!» Экспорт хлеба составил в том году 391,2 млн пудов. Однако осень 1891 г. принесла несчастье. Центральные губернии России постиг катастрофический неурожай. Вышнеградский принимал экстренные меры, чтобы спасти положение. Министерство с разрешения царя выделило голодающим свыше 160 млн руб. Иван Алексеевич ввёл запрет на вывоз из страны сельскохозяйственной продукции, что несколько снизило цены на хлеб и облегчило участь населения. В 1892 г. экспорт зерна был сокращён до 196,4 млн пудов на сумму 164,1 млн руб. Разность между суммой экспорта и импорта составила лишь 76,1 млн руб. Платёжный баланс в 1893 г. стал пассивным. Внешний 3-процентный золотой заем, совершённый Вышнеградским в 1891 г., потерпел фиаско. Пытаясь найти новые финансовые ресурсы, министр хотел использовать идею Бунге. Он выдвинул проект о государственном подоходно-прогрессивном налоге, которым предполагалось обложить лиц, располагающих «сравнительно большим достатком». Но это предложение не было принято правительством. В обществе вызревало недовольство. Печать обвинила Вышнеградского в «высасывании» денег из населения. Газеты трубили о развале финансов, фиктивности государственных бюджетов, колебаниях вексельного курса, убыточности конверсий и других прегрешениях (251, с. 109).

Только «Московские ведомости» и «Гражданин» пробовали защитить своего сторонника. В Швейцарии с поношениями и клеветой на Ивана Алексеевича выпустил брошюру Цион, изгнанный ранее из Министерства финансов. Надо отдать должное Александру III. Ознакомившись с этим опусом, он не придал ему особого значения (84, с. 273—275). Тем не менее Вышнеградский серьёзно занемог. 30 августа 1892 г. он был уволен от должности министра финансов с оставлением Государственного совета (357, с. 151).