В 1891-1892 гг. Бунге подготовил Александру III «Загробные записки», нечто вроде своего предсмертного напутствия, в котором изложил взгляды на задачи внутренней политики правительства и финансовую деятельность. Он предлагал применять более гибкие, либеральные методы в области национальной политики, рациональной организации государственного аппарата, предоставления широких полномочий органам местного управления, переходу к новой системе народного образования. Обширный раздел записки посвящён «социализму и борьбе с ним». Бунге усиленно рекомендует в целях этой борьбы всемерно развивать частную собственность крестьян на землю. В отношении рабочих он рекомендует развивать охрану труда, вести строительство рабочих жилищ и пытаться как можно шире внедрять участие рабочих в прибылях предприятий. Однако записка не дошла до Александра III, а попала со временем в руки Николая II.

Весь свой досуг Бунге посвящал чтению, которое было его всепоглощающей страстью. В Петербурге его прозвали «министром-книжником», «книголюбом» и «книгоедом». Его огромная библиотека включала сотни трудов по политэкономии, статистике, правоведению, педагогике, истории, философии, географии, естествознанию и другим наукам. Он был блестящим знатоком не только русской, но и европейской литературы. Имея от природы слабое здоровье, он придерживался строгого режима, что позволяло ему сохранять высокую трудоспособность. Бунге вставал в 5 утра и для разминки шёл в дворницкую колоть дрова. Его рабочий день продолжался 11 часов. По словам современника, он был строг в вопросах морали и не имел никаких «романтических приключений», хотя отнюдь не избегал женского общества (326, с. 171).

1 января 1887 г. место Бунге занял Иван Алексеевич Вышнеградский. Сначала он был утверждён управляющим Министерством финансов, а ровно через год — министром финансов. Выходец из семьи провинциального священника, Вышнеградский, благодаря своим разносторонним дарованиям, неукротимой энергии и колоссальной работоспособности сумел достичь высочайших высот на научном и общественно-государственном поприще. После окончания Тверской духовной семинарии и физико-математического факультета Главного педагогического института в Петербурге преподавал математику во 2-м кадетском корпусе. С 1862 г. профессор механики Петербургского технологического института, а с 1865 г. профессор практической механики Михайловской артиллерийской академии. Принимал активное участие в перевооружении армии: с 1859 г. в качестве члена Временного артиллерийского комитета, а в период 1867-1878 гг. будучи инженером-механиком Главного артиллерийского управления. По его проектам переоборудовались и создавались патронные, пороховые и орудийные заводы.

В 1875-1878 гг. Вышнеградский директор Петербургского технологического института. Ему принадлежит большая заслуга в создании сильной отечественной школы инженеров-машиностроителей. Вышнеградский является одним из основоположников теории автоматического регулирования и теоретических основ конструирования машин. Разработал проект преобразования технических учебных заведений, участвовал в организации ряда выставок (в том числе русского машинного отдела на Всемирной выставке в Вене в 1873 г., Лондонской выставке научных предметов 1876 г., Парижской всемирной выставке 1878 г., Всероссийской выставке промышленности и художеств 1880 г. в Москве и др.). С ноября 1872 г. член Совета торговли и мануфактур. С 1870-х гг. занимался частным предпринимательством: член правления Петербургского общества водопроводов, общества Юго-Западных железных дорог, Рыбинско-Бологовской и Киево-Брестской железных дорог. В 1882-1887 гг. нажил миллионное состояние (удвоил его на посту министра; по другим данным, довёл его до 25 млн руб.). Известный журналист и издатель А. С. Суворин утверждал, что одной только биржевой игрой министр приобрёл 10 млн руб., так как ему было известно заранее, «какая бумага повышается, какая понижается» (405а, 1997, № 6, с. 28). Близкий к редакции газеты «Московские ведомости», по ходатайству Каткова и кн. Мещерского в 1884 г. Вышнеградский назначен членом Совета министров народного просвещения; участвовал в комиссии по разработке нового университетского устава, выезжал в Австрию для ознакомления с промышленными школами (388, с. 151). По протекции Каткова и Мещерского в апреле 1886 г. назначен членом Государственного совета по Департаменту государственной экономии, а в ноябре того же года становится членом Комитета финансов. Спустя месяц Вышнеградский был вызван в Гатчину к Александру III.

Как явствует А. А. Половцов: «Государь спросил его мнение о положении наших финансов. Вышнеградский, указывая на их тяжёлое состояние, сказал, что не думает, чтобы возможно было выйти из трудностей умножением мелких налогов, а почитает необходимым изменение коренных оснований финансовой политики» (221, т. 1, с. 473). Монарх поручил Вышнеградскому составить программную записку с конкретными предложениями. Она была подготовлена за несколько дней и 21 декабря передана императору. В этом небольшом документе, написанном на скорую руку, Вышнеградский отмечал: «Деятельность нашей финансовой администрации в ближайшем будущем должна быть направлена главнейшим образом к устранению из нашего бюджета тяготеющего над нами дефицита» (22, д. 572, л. 1). Добиться этого, по его мнению, можно введением питейной и табачной монополии и правильной организацией тарифов на железных дорогах. Он полагал, что с помощью трёх вышеизложенных мер можно было бы увеличить доходы государства на сумму до 120 млн руб., а также приращение доходов не только бы восстановило равновесие в бюджете, но и доставило некоторый избыток доходов над расходами. Далее Вышнеградский излагает идеи «о необходимости решительным образом вступить на путь покровительственной политики отечественной промышленности» (там же, л. 5).

Из записки видно, что все рекомендуемые меры, за исключением введения монополий, фактически являются продолжением политики Бунге. По свидетельству сенатора В. П. Безобразова, «у государя была большая борьба в эти дни». Наконец назначение состоялось. Вышнеградский возглавил ведомство финансов. Очередной «взлёт» Ивана Алексеевича вызвал у высшей аристократии бурную реакцию. «Нет человека, который бы не был возмущён назначением Вышнеградского», — уверял Безобразов» (393, 1912, № 11, с. 296, 297). Намекая на «тёмное» прошлое нового руководителя финансов страны, злоязычники называли его «лисой», «Ванькой Каином», «председателем всероссийского конкурсного управления» и распустили слух, что перед вступлением в должность он был вынужден принести присягу на честность. Потешаясь над далеко идущими замыслами Вышнеградского, петербургские остроумцы придумали ему шутовской дворянский герб (386, 1993, № 4, с. 106).

На гербе был изображён орёл с подрезанными крыльями с девизом: Il ne volera plus (что можно перевести двояко: «Он больше не взлетит» или «Он больше не украдёт»). Недоверие выражали и либеральные органы прессы. Зато с удовлетворением потирали руки Катков и Мещерский. Для присмотра за новым министром «лидер консерватизма» приставил к нему публициста «Московских ведомостей» И. Ф. Циона. Иван Алексеевич принялся за работу с «юношеским жаром», установил в министерстве жёсткую дисциплину. По свидетельству В. И. Ковалевского, «у него можно было научиться многому — и по предмету, и по методу работы». Доклады сотрудников «он выслушивал чрезвычайно внимательно, вникая во все подробности, в необходимых случаях тут же делал вычисления и подсчёты. Поэтому доклады тянулись очень долго и докладчики чувствовали себя на экзамене, словно перед профессором» (там же, с. 107). Трудился он как одержимый не щадя сил и здоровья. Был наделён способностью обходиться несколькими часами сна. Если ночью его осеняла новая мысль, он немедленно созывал общий сбор. Курьеры мчались по улицам, вытаскивали из постели сонных чиновников и доставляли их к неутомимому начальнику, чтобы обсудить детали очередного проекта (402а, 1915, 7 марта). К сожалению, как руководитель экономической политики Иван Алексеевич не обладал перспективным видением Бунге и широтой его подхода к оценке народнохозяйственных проблем. На первом месте для него всегда стояли интересы казны. Половцов назвал Вышнеградского «приходо-расходчиком, а не министром финансов» (221, т. И, с. 293). В отличие от Бунге он равнодушно относился к вопросам социальной политики. Управление Вышнеградским важным министерством совпало с экономическим ростом страны, и это определило всю его финансовую политику. Первые шаги Ивана Алексеевича направились по пути, проложенному его предшественником в сторону повышения таможенного дохода. В течение всей второй половины 80-х и начала 90-х гг. происходит непрерывное повышение таможенных тарифов. Уже в 1887 г. были введены покровительственные пошлины на чугун, железо, сталь, металлические изделия, машины, паровозы, суда и руды, каменный уголь. Обложены пошлиной сельскохозяйственные орудия, пряности, лекарства, столярные и токарные изделия, швейные и вязальные нитки и многое другое.