Возможно, в Новгородской и Тверской епархиях, хотя и признали в свое время митрополита Иону, все же сомневались в правомерности избрания митрополита всея Руси на соборе русских епископов без утверждения у Константинопольского патриарха. Тем более что подвластный туркам Константинополь, уже отрекшийся от унии и вернувшийся к этому времени в православие, отказался признать автокефалию Русской церкви. Но выступить открыто против решения собора означало выступить против великого князя, который всецело поддерживал автокефалию Русской церкви. Поэтому новгородский и тверской владыки предпочли просто устраниться от участия в соборе, заявив при этом, что согласны на любого кандидата.

В 1461 г. митрополитом был избран ростовский архиепископ Феодосий. Его избрание имело исключительный для Русской церкви характер. Еще при жизни митрополита Ионы в Москву были созваны несколько епископов, в присутствии которых великий князь Василий Темный просил Иону определить, кому быть его преемником на Московской кафедре. Иона благословил Феодосия. Была заготовлена грамота от имени митрополита Ионы, явившаяся своего рода его духовным завещанием, где в качестве преемника первосвятителя указывался именно Феодосий. Эта грамота была положена на престоле Успенского собора Московского Кремля. После кончины Ионы собрался Собор русских архиереев, и грамота была распечатана. Собор лишь подтвердил выбор почившего митрополита.

Поставление Феодосия на митрополию, произведенное без ведома Константинопольского патриарха, закрепляло новый, независимый статус Русской церкви. Константинопольская патриархия в ответ на этот произвол сохранила в силе церковное отлучение, наложенное на московских митрополитов униатскими патриархами.

На фоне этой сложной международной обстановки неявка архиепископа Ионы на избрание митрополита было воспринято московским князем как проявление враждебной политики Новгорода. 7 января 1462 г. в Великий Новгород приехало московское посольство. Владыка Иона, посадник, тысяцкий и «весь Великый Новгород» встретили московских бояр «с честью» и богато одарили. О содержании переговоров сведений не сохранилось, известно лишь, что они длились 16 дней и не способствовали улучшению новгородско-московских отношений: «от многа замышления княжа возмущахуся Новгородци и сътворше съвет, что ехати ко князю архиепископу Ионе на Москву и утолити княжий съвет и гнев и не еха, приспе архиепископу ин путь к Божии десятине, к великому говенью…»[990]

Отказ владыки ехать к князю летописец оправдал цитатой из Священного Писания: «Въспомяну пророка Данила: что не положить Божии власти под власть земную, избы от уст лвовых, такоже и архиепископ Иона присвоився к Божии десятине, и не поеха к великому князю, и улучи Божию милость, милость Божия помогаше Божиим рабом»[991].

То есть летописец прозрачно намекнул, что, не подчинившись приказу великого князя, олицетворяющего земную власть, архиепископ избегнул «пасти льва» — возможной казни со стороны Василия Темного. Московский князь был известен своими жестокими расправами с политическими противниками. Даже данное слово никогда его не сдерживало. Возможно, Иона действительно поступил мудро, не поехав в Москву под предлогом сбора церковной десятины. Но в результате «нача князь великый Василей Васильевич возбущатися от гнева на архиепископа Иону и на Великий Новгород, что к нему не поехал»[992].

Неизвестно, чем бы обернулся гнев великого князя, но в апреле Василий Васильевич умер. Великое княжение унаследовал его старший сын Иван. В 1463 г. Иона возглавил большое посольство в Москву «о смирении мира». Владыка был принят с почестями и пробыл у великого князя «немало дний». Однако «о блазем миру не успеша ничто же, далече бо от грешных спасение, но о Бозе сътворит силу, и той уничижит врагы наша»[993], — так прокомментировал результат посольства новгородский летописец.

Не добившись мира с Москвой, новгородцы в тот же год «послаша… посол свой Олуферья Васильевича С лизина к королю в Литву о княжи возмущении еже на Великий Новъгород Ивана Васильевича, такоже и Микиту Левонтеева ко князю Ивану Ондреевичю Можайску и к князю Ивану Дмитриевичу побороть по Великом Новегороде от князя великого, а имашася побороть, како Бог изволи. И тое зимы умири Бог молитвами святыя Богородица и преподобного Варълама молением за град наш, а благый Бог съхраняя нас, яко зиницю ока, вели нам разумети»[994].

Последней фразой летописец не только выразил уверенность в постоянной божественной защите Новгорода, но и сформулировал волю Бога новгородцам «разумети», то есть думать и действовать на свою пользу. Поступив по своему «розумению», новгородцы нарушили один из пунктов Яжелбицкого договора 1456 г., в котором говорилось: «А Великому Новугороду князя Ивана Андреевичя Можайского и его детей, и князя Ивана Дмитреевичя Шемякина и его детей, и его матери княгини Софьи и ее детей и зятьи Новугороду не приимати»[995].

Разлад с Москвой все же не привел к открытому военному столкновению. Можно предположить, что московские власти пошли на какие-то уступки, стремясь не допустить переход Новгорода под власть Литвы. В Новгороде исход конфликта восприняли как свою победу. Архиепископ Иона по возвращении из Москвы ввел в Новгороде почитание Евфимия II как святого. По повелению владыки была построена церковь Святого Евфимия на Вежищах «в славу Богу и святому великому Еуфимью владыке в вечную память и в жизнь вечную»[996]. Вспомним, что владыка Евфимий всеми средствами утверждал идею богоизбранности Новгорода среди других русских земель. Возвеличивание Евфимия II, таким образом, могло знаменовать дипломатическую победу Новгорода в отношениях с Москвой.

Напряжением в отношениях Новгорода с Москвой, как было уже не раз, воспользовались псковичи. Конфликт двух республик возник из-за того, что новгородцы отказали Пскову в помощи во время очередной войны с немцами. Псковичи обратились за помощью к великому князю. В Москву было отправлено посольство с жалобой на новгородцев и просьбой о поставлении в Псков своего владыки, «нашего же честнаго коего попа или игумена человека пъсковитина»[997]. Одновременно псковичи в очередной раз отобрали у архиепископа «воду и землю владычню» в Псковской земле, чем безмерно оскорбили хозяйственного архиепископа Иону. «Хлеб отьяша домовный святей Софеи и отца своего архиепископа владыкы Ионы, а свой злый нрав обнажиша, ослепи бо злоба их»[998].