Хотя после признания Григория патриархией Иона имел полное право отказаться от своего прежнего обещания, данного в то время, когда киевский митрополит был униатом, владыка не рискнул на разрыв отношений с Москвой. Отсутствие Ионы на соборе в Москве в 1467 г. может объясняться не столько нежеланием участвовать в выборах митрополита, сколько простой нехваткой времени. Иона был уже очень стар, к тому же в Новгороде и Пскове начался мор и архиепископ мог посчитать себя не вправе покидать свою паству в тяжелое время.

«Повесть об Ионе» сохранила проповедь владыки, которой он утешал новгородцев во время мора: «Аще бо кто и язвен бысть, но обаче в дому своем есть, и вси свои изболезнующе ему суть. Аще и умрет кто, ближник своих руками с священническами молитвами погребается, и священными службами помяновен бывает, и покаянным грехом милость от бога отлучает. И ныне к покаянию прибегше, милостива господа бога сотворите, унша дела своя творяще, и со здравием спасение восприимете себе»[1022].

Для прекращения эпидемии владыка Иона с новгородцами прибегли к испытанному средству — строительству «всем миром» церкви-однодневки. Иона, с присущим ему мастерством клерикальной магии, устроил целое представление, соединяющее в себе христианские и древние языческие мотивы. Для начала владыка, «возъблагодарив Бога… и возвестив Великому Новугороду», путем жребия определил, во имя какого святого следует построить церковь — «знаменав 3 жребий: 1-й Божий, 2 Семеона Богоприимъча, 3 Ануфреев, и положи на престоле и свужив литургию месяца Сентября 26… и вшедши архиепископу владыке Ионе к народу в вече, и благословив народ… и вынесоша жребии от престола, и посмотрев архиепископ владыка Иона жребей Божии, и возблагодариша Бога, и вынесоша 2-й жребей Аруфреев, а Семиона Богоприимьча жребей на престоле оста, престолник бо бе Христов»[1023].

Затем архиепископ повелел новгородцам «путешествовать в лес храма ради святого Симеона». Через 4 дня новгородцы «от мала и велика и от детищ» вместе с бывшим в это время в городе князем Василием Васильевичем Низовским отправились в лес «от 6-го часа к нощи», то есть уже в темноте. Дальнейшие действия новгородцев напоминают языческий обряд выбора деревьев для строительства дома: «дошедше когождо до своего древа, и легъша ту когождо под своим древом, и бысть божественому оному часа в куроглашенье, и вставше от сна, и вземше каждый свое древо той нощи и понесоша на благоцветущее пресветлое место в манастырь Зверинечь, идеже пречистая туто и Семеон въсприя у Пречистой Христа на свои пристаришии и пресветлеи руце… Въззюблено бо место от всевидящаго и недреманнаго ока его своему престольнику Симеону возглашено архиепископом владыке Ионы… его издалече бо Христос просвещает оци душевнии и телеснеи рабам возлюбленым своим»[1024].

Церковь была построена 1 октября за шесть часов — в час дня строительство было начато, а в семь часов архиепископ уже освящал готовую церковь. Вскоре с наступлением холодов, как и большая часть эпидемий на Руси, мор пошел на убыль, а в марте прекратился совсем[1025].

В результате мора «не успеющу архиепископу… церквам и ко Псковьскым и к волостным священников съвершати: мнози бо умроша в милости Божии, а в иных морах не бысть тако о священниках, якоже в сей мор»[1026]. Видимо, болезнь была инфекционной, поскольку массово умирали священники, вынужденные по роду своей деятельности иметь дело с больными и умершими.

«Изнемогшу бо господину нашему архиепископу Ионе о новоставленых священников, и благодарением Божиим приспе приехать епископ Вымскый владыка Иваона в Великый Новъгород… и повеле архиепископ Иона священников поставлять ему, а сам тоже творяще; а иныя у Тверского епископа ставляхуся не успех ради своего господина архиепископа владыки Ионы; не мощно бо человеку против силы Божии стать»[1027].

То есть, псковские священники, несмотря на разрешение митрополита Киприана ставиться у глав других епархий, с какого-то времени вновь стали ставиться только у новгородского архиепископа. И лишь из-за чрезвычайной занятости владыки Ионы им было разрешено рукополагаться у тверского епископа.

На следующий год после усмирения эпидемии «возмутившимся хрестьаном о неправды в Великом Новгороде написаша грамоту и крест на ней человаша, и в ту ж неправду внидоша»[1028]. Сохранившиеся источники не позволяют достоверно восстановить события того года. Академик В. Л. Янин связывает это сообщение летописи с возможной реформой института посадничества в Новгороде[1029]. Исследователь Ю. Г. Алексеев предположил, что грамота 1469 г. связана с началом переговоров новгородцев с великим князем Казимиром[1030]. Если так, то владыка Иона был явно против этих переговоров. Владычный летописец прокомментировал подписание грамоты неодобрительно: «О пречистый Владыко, недреманное око! Пощади нас в кратком сем житии, в малом сем времени. Инде глаголет к безакоником: аще не обратитеся, оружье свое очистит и лук свой напряжет, уготова в них съсуды смертныя»[1031]. Цитата из Священного Писания, выбранная летописцем, явно намекала на возможность войны, если новгородцы не одумаются.

По зиме владыка ездил в Псков «к своим детем к меншим, брату Великого Новагорода, на свои старины и пошлины». Архиепископа сопровождали бояре со своими людьми: «От старейших посадник Лука Федорович сын посаднич, а от житьих… и с своим двором»[1032]. Псковичи встретили архиепископа и его большую свиту весьма торжественно: «Все священство и с множеством народа сретоша его с кресты оу Знамениа святей богородицы, за Новою стеною»[1033].

Иона в этот свой приезд ничем не нарушил сложившуюся традицию визитов новгородских архиепископов в Псков: благословил всех горожан, соборовал в храме Троицы и «сенедикт чтоша, и пеша благоверным князем и всем православным Христианом великиа многа лета, а злыа проклята»[1034].