В 1597 году Тоетоми Хидэеси распял первую японскую группу 26 христиан-мучеников. Когда после этого дайме-христиане пытались подкупать или убивать посланников правителя, сегун Токугава Иэясу сделал вывод, что европейцы и христианство представляют собой угрозу стабильности сегуната и Японии. (Если, обратясь к известным историческим фактам, вспомнить, какое вооруженное вторжение европейцев последовало за появлением, казалось бы, безвредных купцов и миссионеров в Китае, Индии и многих других странах, опасения Иэясу были вполне обоснованны.) В 1614 году Иэясу запретил христианство и положил начало пыткам и казням миссионеров и тех из новообращенных, кто отказывался отречься от европейской религии. В 1635 году следующий сегун зашел еще дальше, запретив японцам уезжать за границу, а японским судам покидать пределы внутренних вод. Четырьмя годами позже он изгнал из Японии всех остававшихся в стране португальцев.

Вслед за этим Япония вступила в период, продлившийся более двух столетий, в течение которого она отгородила себя от остального мира — по причинам, которые даже в большей степени отражали ее намерения, связанные с Китаем и Кореей, чем с Европой. Единственными иностранными торговцами, которым разрешалось посещать Японию, были немногочисленные голландские купцы (они считались менее опасными, чем португальцы, потому что были противниками католицизма), которых удерживали в изоляции, словно переносчиков опасной инфекции, на острове в бухте Нагасаки; также имелся китайский анклав, подобный голландскому. Кроме них, торговля была разрешена только с корейцами на острове Цусима, лежащем между Кореей и Японией, с островами Рюкю (включая Окинаву) на юге и с туземным народом айну на острове Хоккайдо на севере (который тогда еще не был частью Японии, как сейчас). Не считая этих контактов, Япония не поддерживала никаких дипломатических отношений с иностранными государствами, даже с Китаем. Аналогично, Япония не стремилась к захвату иноземных территорий после двух неудачных попыток вторжения в Корею, предпринятых Хидэеси в 1590-х годах.

На протяжении этих столетий «блестящей изоляции» Япония была в состоянии удовлетворить большую часть своих потребностей собственными силами, в особенности в отношении продуктов питания, леса и большинства металлов. Ввоз в значительной степени ограничивался сахаром и специями; женьшенем, лекарствами и ртутью; 160 тоннами в год особо ценных пород древесины; китайским шелком; оленьими и другими видами шкур для изготовления кожи (так как в Японии было мало крупного рогатого скота); а также свинцом и селитрой для приготовления пороха. Однако со временем количество некоторых товаров стало уменьшаться по мере роста производства отечественного шелка и сахара и по мере постепенного выхода из строя, а впоследствии и полного исчезновения огнестрельного оружия. Такое поразительное состояние самодостаточности и добровольной изоляции продлилось вплоть до 1853 года, когда американский военный флот под командованием коммодора Перри появился у берегов Японии и потребовал открыть порты для захода американских торговых и китобойных судов с целью пополнения запасов топлива и продовольствия. Когда стало ясно, что сегунат Токугава больше не в состоянии защитить Японию от варваров, вооруженных пушками, власть сегуна рухнула — это случилось в 1868 году, и Япония начала быстро превращаться из изолированного полуфеодального общества в современное государство.

Обезлесение было главным фактором экологического и демографического кризисов, явившихся следствием мира и процветания в XVII веке, поскольку потребление древесины, практически полностью добываемой в местных лесах, стремительно увеличивалось. До конца XIX столетия большая часть японских зданий возводилась из дерева, а не из камня, кирпичей, цемента, глины или черепицы, как во многих других странах. Традиция деревянного строительства частично обусловлена эстетическими предпочтениями японцев (их любовью к дереву), а частично — широкой доступностью лесов на ранних стадиях японской истории. С началом мира, благополучия и резкого роста народонаселения использование дерева в строительстве привело к стремительному убыванию лесных ресурсов, которые перестали удовлетворять потребности растущего городского и сельского населения. Примерно с 1570 года Хидэеси, его преемник сегун Иэясу, а за ними и многие дайме, потворствуя своему самолюбию и стремясь произвести друг на друга впечатление, стали возводить огромные замки и храмы. Только для трех самых больших замков, построенных Иэясу, потребовалось вырубить около 10 квадратных миль леса. При Хидэеси, Иэясу и следующем сегуне было построено приблизительно 200 замковых поселений и городов. После смерти Иэясу обычное городское строительство превзошло по своим потребностям в древесине возведение дворцов, прежде всего по той причине, что городская застройка состояла из крытых соломой деревянных зданий, которые стояли очень близко друг к другу; в зимнее время эти дома отапливались изнутри очагами с открытым огнем, что, разумеется, приводило к частым пожарам. Поэтому города часто приходилось отстраивать заново. Самым большим городским пожаром был пожар Мэйреки 1657 года, когда сгорело более половины столицы Эдо и погибли 100 тысяч человек. Большая часть строительного леса доставлялась в города каботажными судами, которые тоже строились из дерева, что, в свою очередь, увеличивало расход леса. Еще больше деревянных судов требовалось для перевозки через Корейский пролив войск Хидэеси во время его безуспешных попыток завоевать Корею.

Вырубка леса для строительства была не единственной причиной, стимулировавшей обезлесение. Дерево также использовалось как топливо для бытовых целей — обогрева помещений и приготовления пищи и для промышленных — добычи соли, изготовления черепицы и керамических изделий. Дерево выжигалось для получения древесного угля, с помощью которого поддерживалась высокая температура, необходимая при плавке железа. Растущему населению Японии требовалось больше продуктов для пропитания, поэтому многие поросшие лесом земли расчищались под посевы. Крестьяне удобряли поля «зелеными удобрениями» (листьями, ветками и корой) и кормили быков и лошадей кормом (кустарником и травой), добываемым в лесу. Каждый акр пахотной земли требовал от 5 до 10 акров леса, чтобы обеспечить необходимое количество зеленых удобрений. До окончания гражданской войны в 1615 году воюющие армии феодалов и сегуна добывали в лесу корм для лошадей, бамбук для вооружения и защитных частоколов.

Феодалы в лесных районах выплачивали ежегодный оброк сегуну древесиной.

На годы с 1570 по 1650 пришелся пик строительной активности и вырубки лесов; с оскудением лесных ресурсов строительство пошло на убыль. На первых порах рубка леса производилась как по прямому приказанию сегуна или феодала, так и самими крестьянами для своих нужд, но к 1660 году заготовка леса частными лицами превысила совершаемую по приказу властей. Например, когда в Эдо вспыхнул очередной пожар, один из самых известных частных торговцев лесом, купец по имени Кинокуния Бунзаэмон дальновидно рассудил, что в результате должен вырасти спрос на строевой лес. Еще до того, как пожар был потушен, он снарядил корабль для закупки большого количества древесины в местности Кисо для последующей перепродажи в Эдо с большой выгодой.

Первой областью в Японии, где уже к 800 году н. э. были сведены все леса, стал бассейн реки Кинаи на крупнейшем японском острове Хонсю — местность, где располагались главные города средневековой (ранней эпохи) Японии Осака и Киото. К 1000 году обезлесение уже приблизилось к близлежащему небольшому острову Сикоку. К 1550 году на четверти территории Японии (прежде всего на центральном Хонсю и восточном Сикоку) леса были вырублены, но в других частях страны еще оставалось много пойменных и старых лесов.