В 1582 году Хидэеси стал первым правителем, который начал использовать лес со всей территории Японии, потому что потребности в древесине для расточительного монументального строительства превышали запасы леса в его собственных угодьях. Он установил контроль над частью самых ценных лесов страны и потребовал от каждого феодала ежегодно доставлять ему определенное количество леса. В дополнение к тем лесам, которые принадлежали сегунам и феодалам целиком, они также заявляли свои права на все ценные породы деревьев в лесах, принадлежавших сельским общинам и частным лицам. Для транспортировки древесины из все более отдаленных районов лесозаготовок к городам или замкам, где она использовалась, власти расчистили реки для беспрепятственного сплава бревен и плотов вниз к побережью, где их загружали на суда и доставляли в портовые города. Заготовка леса распространилась по трем главным японским островам, от южной оконечности самого южного острова Кюсю через Сикоку и до северных границ Хонсю. В 1678 году лесорубы появились на южной оконечности Хоккайдо — острова севернее Хонсю, который в ту пору еще не являлся частью японского государства. К 1710 году большая часть доступных лесов на трех главных островах (Кюсю, Сикоку и Хонсю) и на южном Хоккайдо была вырублена; нетронутыми остались только леса на крутых склонах, в недоступных местах и в местностях, где заготавливать лес при существовавшей в эпоху Токугава технологии было либо очень сложно, либо дорого.

Обезлесение нанесло Японии времен Токугава не только очевидный ущерб в виде дефицита строительного леса, топлива и корма для скота, в результате чего было свернуто монументальное строительство. Споры из-за леса и дров становились все более частыми между деревнями и внутри них, между деревнями и феодалами или сегуном — все в Японии конкурировали за использование леса. Были также конфликты между теми, кто хотел использовать реки для лесосплава, и теми, кто, напротив, хотел использовать их для рыбной ловли и орошения пахотных земель. Как мы уже видели на примере Монтаны в главе 1, в результате вырубок увеличивается число лесных пожаров, потому что выросшие на вырубках вторичные леса обладают более высокой возгораемостью по сравнению со старовозрастными. Стоило удалить с крутых склонов защищавший их лесной покров, как интенсивность почвенной эрозии возросла — вследствие обычных для Японии проливных дождей, таяния снегов и частых землетрясений. Наводнения в долинах из-за увеличившегося стока воды с оголенных склонов, заболачивание низин из-за почвенной эрозии и заиливания рек, ущерб от сильных ветров и нехватка добываемых в лесу удобрений и кормов в совокупности привели к снижению урожайности продовольственных культур как раз во время роста численности населения, что неоднократно с конца XVII века вызывало сильную нехватку продовольствия и голод в Японии эпохи Токугава.

Пожар Мэйреки в 1657 году и возникший вследствие этого спрос на лес для восстановления японской столицы послужил сигналом тревоги, указав на растущую нехватку в стране лесных и прочих ресурсов именно в тот момент, когда население — особенно городское — росло бурными темпами. Это могло привести к катастрофе, подобной той, что произошла на острове Пасхи. Однако по прошествии следующих двух столетий Япония постепенно достигла стабильной численности населения и гораздо более устойчивого уровня потребления ресурсов. Изменения были инициированы верховной властью — сменявшими один другого сегунами, которые способствовали осуществлению конфуцианских принципов, провозглашенных в качестве официальной идеологии, поощрявшей умеренность в потреблении и накопление резервных ресурсов для защиты страны при наступлении бедствий.

Частично перемены были связаны с возросшим увеличением доли морепродуктов в рационе питания и с закупкой продуктов у айнов, что снизило чрезмерную эксплуатацию сельскохозяйственных земель. Для увеличения улова японцы стали использовать новые способы рыбной ловли — например, существенно увеличили размеры сетей и стали ловить рыбу на больших глубинах. Территории, принадлежавшие феодалам и деревенским общинам, отныне включали в себя и прилегающие участки моря: смысл этого нововведения состоял в том, что, как стало понятно, запасы рыбы и морепродуктов ограниченны и могут истощиться, если разрешить свободный вылов рыбы где и кем угодно, независимо от территориальной принадлежности прибрежных вод. Нагрузка на лес как на источник зеленых удобрений для пахотных земель была уменьшена за счет более широкого использования удобрений из рыбной муки. Охота на морских животных (китов, тюленей и каланов) выросла, возникли синдикаты для финансирования строительства необходимых судов, их снаряжения и привлечения рабочей силы. Значительно увеличившаяся торговля с айнами на Хоккайдо приносила Японии такие товары, как копченый лосось, сушеные морские огурцы, морские ушки, ламинария, оленьи шкуры и каланий мех, в обмен на рис, сакэ, табак и хлопок. Результатами такой экономической политики стало истощение популяций лосося и оленей на Хоккайдо, потеря айнами, которые прежде были независимыми охотниками, самодостаточности и попадание их в зависимость от японского импорта, и, в конечном счете, крах общества айнов, вызванный подрывом экономики, эпидемиями и военными завоеваниями. Таким образом, частью принятого Токугава решения проблемы истощения ресурсов в самой Японии было сохранение собственных ресурсов путем истощения ресурсов за пределами страны — точно так же в наши дни одним из способов решения проблемы истощения природных ресурсов в Японии и других развитых государствах является истощение ресурсов повсеместно за их пределами. (Вспомним, что Хоккайдо официально не был включен в состав Японии до XIX столетия.)

Другая часть изменений состояла в приближении к нулевому приросту населения. Между 1721 и 1828 годами население едва ли выросло вообще — с 26 миллионов 100 тысяч до 27 миллионов 200 тысяч человек. Относительно предыдущих столетий в XVIII и XIX столетиях японцы позже стали вступать в брак, дольше вскармливали детей грудным молоком и заводили детей с большими промежутками как вследствие лактационной аменореи (отсутствия менструаций во время грудного вскармливания), так и вследствие контрацепции, абортов и детоубийства. Снизившаяся рождаемость стала реакцией семейных пар на ощущаемый недостаток еды и других ресурсов, что можно проследить по подъемам и падениям уровня рождаемости в Японии эпохи Токугава в одно время с подъемами и падениями цен на рис.

Происходили и другие изменения, послужившие причиной снижения потребления древесины. С конца XVII столетия в Японии увеличилось использование каменного угля вместо дров в качестве топлива. На смену зданиям из тяжелых бревен пришли легкие конструкции, более эффективные закрытые печи для приготовления пищи сменили открытые очаги, принятая практика обогрева здания сменила небольшие портативные жаровни с древесным углем, а вместе с этим увеличилось использование солнечной энергии для обогрева помещений в зимнее время.

Многие предпринятые меры были направлены на устранение дисбаланса между вырубкой лесов и выращиванием деревьев; первоначально это были запрещающие меры (сокращение вырубок), затем стали применяться и положительные меры (выращивание большего количества деревьев). Одним из первых признаков осведомленности о положении дел на самом верху общества стал указ сегуна в 1666 году, всего через 9 лет после пожара Мэйреки, предостерегающий об опасности эрозии, заиливания ручьев и паводков, вызванных сведением лесов, и побуждавший население к выращиванию саженцев.