Начиная с этого же десятилетия, в Японии стали осуществлять энергичные усилия на всех уровнях общества по регулированию использования лесов, и к 1700 году тщательно разработанная система управления лесными ресурсами уже действовала. По словам историка Конрада Тотмена, целью этой системы было «точное определение — кому можно покупать, что, где, когда, как, сколько и по какой цене». Таким образом, на первом этапе общество эпохи Токугава отреагировало на проблему обезлесения отрицательными мерами, которые сами по себе не могли восстановить лесные ресурсы, но, по крайней мере, позволили выиграть время, предотвращая худшее развитие событий, прежде чем положительные меры смогут возыметь действие и установить основные правила внутреннего рынка лесоматериалов в условиях возрастающего дефицита.

Отрицательные меры относились к трем этапам в цепочке снабжения лесоматериалами: управлении лесными ресурсами, транспортировке леса и потреблению древесины в городах. На первой стадии сегун, который лично контролировал около четверти всех японских лесов, назначил высший совет в министерстве финансов, который нес ответственность за его лесные угодья, и почти все 250 феодалов последовали примеру, назначив собственные лесные комитеты для управления лесами. Эти советы запрещали лесные вырубки для восстановления лесной растительности, выдавали лицензии, устанавливавшие квоты на рубку леса или на выпас скота на территории государственных лесов, и запрещали сжигание лесов для расчистки земли под временные пашни. В тех лесах, которые принадлежали не сегуну или феодалам, а деревенским общинам, староста деревни распоряжался лесом как общественной собственностью, для нужд всех жителей, устанавливал правила сбора лесных плодов, следил за тем, чтобы «чужие» крестьяне из других деревень не пользовались лесом, и нанимал вооруженную охрану для обеспечения соблюдения этих правил.

И сегун, и феодалы заказывали очень подробные описи лесных угодий. В качестве примера управленческой скрупулезности приведем опись лесного массива возле Каруидзавы в 80 милях к северо-западу от Эдо, сделанную в 1773 году, которая гласит, что лес имеет площадь в 2 тысячи 986 квадратных миль и содержит 4 тысячи 114 деревьев, из которых 573 кривые или сучковатые, а 3 тысячи 541 —хорошие. Из этих 4 тысяч деревьев 78 — большие хвойные деревья (66 хороших) со стволами в 24–36 футов высотой и 6–7 футов в обхвате; 293 ели средних размеров (253 хороших), 4–5 футов в обхвате; 255 хороших невысоких елей от 6 до 18 футов высотой и от 1 до 3 футов в обхвате, предназначенных для вырубки в 1778 году; и 1 тысяча 474 небольших елочек (1344 хороших) для вырубки в более поздние годы. Имелись в наличии также 120 хвойных деревьев средних размеров (104 хороших), высотой 15–18 футов и 3–4 фута в обхвате, 15 небольших хвойных деревьев высотой 12–24 фута и от 8 дюймов до 1 фута в обхвате со сроком вырубки в 1778 году, и 320 маленьких хвойных деревьев (241 хорошее) для вырубки в последующие годы, не говоря уже о 448 дубах (412 хороших) высотой 12–24 фута и 3–5,5 футов в обхвате, и 1 тысяче 126 других деревьев, характеристики которых подобным же образом перечислены. Такие подсчеты олицетворяют крайние проявления управления «сверху вниз», которое не оставляло места решениям отдельных крестьян.

На втором этапе осуществления отрицательных (запрещающих) мер сегун и феодалы учредили сторожевые посты на дорогах и реках, которые следили за транспортировкой леса и за тем, чтобы все касающиеся лесного хозяйства законы неукоснительно выполнялись. Третий этап включал множество правительственных предписаний, детально устанавливающих, кто и для каких целей может использовать срубленное и прошедшее проверку на лесном посту дерево. Высоко ценимые кедры и дубы предназначались только для государственных нужд и были недоступны для простых людей. Количество дерева, которое человек мог использовать на строительство своего дома, зависело от его социального статуса: 30 кен (один кен — бревно длиной 6 футов, чуть менее 2 метров) для старшины нескольких деревень, 18 кен для наследника такого старшины, 12 кен для старшины одной деревни, 8 кен для местного вождя, 6 кен для крестьянина, который платит налоги, и всего 4 кена для простого крестьянина или рыбака. Сегун также издавал указы относительно допустимости использования тех или иных пород деревьев для изготовления различных предметов. Например, в 1663 году сегун издал указ о запрете всем плотникам и столярам в Эдо изготавливать небольшие ящики из кипариса или дерева суги (криптомерия японская, Cryptomeria japonica или японский кедр) и домашнюю утварь из криптомерии, но большие ящики разрешалось делать и из кипариса, и из криптомерии. В 1668 году сегун запретил использование кипариса, криптомерии и других ценных деревьев для вывесок и указателей в общественных местах, а еще 38 лет спустя из списка разрешенных для изготовления новогодних украшений деревьев были вычеркнуты крупные сосны.

Все эти запретительные меры, предпринятые для разрешение кризиса японского лесного хозяйства, гарантировали, что лес может быть использован только для санкционированных сегуном или феодалами целей. Тем не менее большую роль в японском кризисе играло использование лесов самим сегуном и феодалами. Поэтому окончательное решение проблемы требовало принятия положительных мер, направленных на увеличение лесных площадей, равно как и на защиту почвы от эрозии. Такие меры стали приниматься уже в 1600-х годах с появлением в Японии базовых научных знаний о лесоводстве. Лесничие, нанимаемые как государством, так и купцами, занимались наблюдениями, проводили опыты и публиковали полученные сведения в выпусках лесоводческих журналов и учебных пособий, беря пример с первого в Японии большого трактата по лесоведению «Ногио Дзенсо», написанного Миядзаки Антеи и выпущенного в 1697 году. В нем можно найти инструкции о том, как лучше всего собирать, извлекать, сушить, хранить и готовить к посадке семена; как подготовить грядки — чистить, удобрять, вскапывать и разрыхлять; как замачивать семена перед посевом; как защищать посеянные семена, прикрывая их сверху соломой; как пропалывать грядки; как рассаживать поросль; как удалять неудачные саженцы в течение последующих четырех лет; как прореживать молодые деревца и как подрезать ветки растущего деревца, чтобы получить ствол желаемой формы. В качестве альтернативы выращиванию деревьев из семян предлагалось использовать метод выращивания с помощью черенков или побегов, а для некоторых пород — с помощью способа, известного как порослевое возобновление леса (оставление в земле живых пеньков или корней, дающих побеги).

Постепенно в Японии, независимо от Германии, сформировалась идея лесопосадок: стало понятно, что деревья следует рассматривать как особую, медленно растущую сельскохозяйственную культуру. И государство, и частные предприниматели стали выращивать леса на принадлежащих им или арендованных землях, особенно в тех местах, где это было экономически выгодно — например, вблизи городов, где древесина пользовалась спросом. С одной стороны, разведение лесов являлось затратным, рискованным и требующим значительных вложений мероприятием. Больших расходов требовала оплата труда работников, высаживающих деревья, еще больше затрат в течение десятилетий шло на рабочую силу для ухода за плантациями — и никакого возмещения вложенных средств до того момента, когда деревья наконец-то созревают для валки. И в любое время в течение этих десятилетий можно было лишиться плодов многолетней работы из-за болезней или пожаров; цена, за которую в конце концов можно продать строевой лес, подвержена рыночным колебаниям, которые невозможно предугадать наперед за несколько десятков лет, когда семена еще только высаживаются. С другой стороны, разведение лесов имело свои преимущества по сравнению с вырубкой естественных лесных угодий. Можно по собственному усмотрению выращивать только ценные породы дерева, вместо того чтобы довольствоваться тем, что предоставила природа. Можно увеличивать качество выращиваемых деревьев и, соответственно, их стоимость, например, обрезая во время роста для получения в конечном счете прямых стволов хорошей формы. Можно выбрать удобное место с невысокими транспортными издержками неподалеку от города или возле реки, подходящей для лесосплава, вместо трелевки леса из отдаленных горных районов. Можно высаживать деревца с равными интервалами, снижая таким образом стоимость возможной обрезки. Некоторые японские лесоводы специализировались на выращивании деревьев для специальных нужд и вследствие этого могли устанавливать высокие цены за признанную «торговую марку». Например, лесонасаждения Йосино прославились изготовлением лучших перекладин для кедровых бочек, в которых держали сакэ (рисовую водку).