Те два года, в течение которых его великий визирь находился в Венгрии, Мехмед IV провел, совмещая пребывание в своем дворце в Эдирне с выездами на охоту во Фракию и Македонию. Султан поощрял стремление своего фаворита Абдурахмана Абди записывать для потомства каждую подробность сельской жизни, от количества леопардов, лисиц и косуль, на которых в тот или иной день шла охота, и до подвига какого-нибудь силача, оторвавшего от земли слона вместе с наездником. Даже когда Абдурахман Абди был нездоров, султан уговаривал его записывать все события дня. Фазыл Ахмед-паша вернулся в Эдирне в июле 1665 года, и двор срочно направился в Стамбул, а оттуда на берега пролива Дарданеллы, где была произведена инспекция фортификационных сооружений. Следующим неотложным делом было завоевание Крита.

В те годы на морях все еще часто совершались нападения пиратов на корабли с паломниками и торговые суда. Продолжались набеги разбойников и работорговля. На совещании с высокопоставленными государственными деятелями султан назначил великого визиря командовать планируемой военной кампанией, на Крите зимой 1665–1666 года были осуществлены соответствующие приготовления. Венецианскому послу, которого на протяжении последних двенадцати лет держали в Эдирне, теперь дали еще одну возможность заключить мир. Фазыл Ахмед предложил, чтобы Венеция, в обмен на сохранение в своих руках Ираклиона, произвела бы в пользу Османской империи разовый платеж в размере 100 000 золотых монет, а потом ежегодно выплачивала по 10 000 золотых. Это и другие условия были отвергнуты послом, и поэтому продолжалась быстрая мобилизация.

Войскам, предназначенным для ведения этой кампании, было приказано собраться в портах Фессалоники, Эвбея и Монемвасия на Пелопоннесе, откуда на кораблях им предстояло отправиться на Крит. Янычары отплыли из Стамбула, а Фазыл Ахмед-паша со своей свитой 25 мая 1666 года выступил из Эдирне и, пройдя по суше через Македонию и Фессалию, сел на корабль в Эвбее. Плавание оказалось не слишком удачным. По пути утонула или погибла значительная часть войск, и Фазыл Ахмеду пришлось дать своей армии двухмесячный отдых в Фивах. Войска смогли прибыть на Крит только зимой. Когда великий визирь выступил из Эдирне, султан потребовал, чтобы Абдурахман Абди рассказал ему о великих победах его предков — о том, как в 1514 году в битве при Чалдыране Селим I обратил в бегство шаха Ирана Исмаила, о том, как в 1521 году Сулейман I завоевал Родос, а в следующем году Белград.

Крепость Ираклион все еще держалась, поэтому в 1667 и 1668 годах войскам Османской империи пришлось сжимать кольцо осады. Оборонявший ее гарнизон был утомлен и пал духом. Помощь, которую они ожидали из Франции, так и не пришла, а их другие союзники часто отвлекались на решение вопросов, связанных с первенством среди командиров кораблей объединенного христианского флота Савойи, Венеции, Папской области, мальтийских рыцарей-госпитальеров, Неаполя и Сицилии. Хотя в 1668 году Венеция попросила о мире, это не привело к остановке боевых действий. Однако к весне 1669 года французский король Людовик XIV наконец-то сумел направить свои войска на Крит. Когда они туда прибыли, осаждавшие крепость турки оказали решительное сопротивление атакам на их позиции с моря, и обе стороны понесли значительные потери. Через полтора месяца нерешительных действий французы, которые главным образом и атаковали османскую армию, лишились желания продолжать боевые действия. Прекрасно зная, что их присутствие должно содействовать тому, чтобы султан с большей охотой пошел на урегулирование конфликта, они тем не менее отплыли домой, не оставив Франческо Морозини, который командовал оборонявшимися силами венецианцев, никакого другого выхода, кроме сдачи. После двадцати четырех лет войны Крит, который венецианцы удерживали на протяжении четырех с половиной столетий, перешел к Османской империи. В руках венецианцев осталась только крепость Спиналонга, на восточном побережье острова, а также Суда и Грамвуса (Грабуса) на западном. Точно также, как он это делал после заключения в 1664 году Васварского договора с Габсбургами, Фазыл Ахмед-паша остался на Крите, чтобы проследить за выполнением условий мирного договора с венецианцами. После окончания боевых действий выяснилось, что остров не слишком сильно пострадал, и две главные статьи экспорта — производство оливкового масла и вина — были своевременно восстановлены. Город Ираклион лежал в руинах и после ухода венецианцев обезлюдел. Через неделю после того, как он был передан Османской империи, Эвлия Челеби упомянул победоносную армию в пятничной молитве. Строения города было приказано восстановить, после чего начались великие торжества.

Подобно тому как султан Мехмед II сделал из византийского Константинополя османский и исламский город, Фазыл Ахмед-паша «османизировал» и «исламизировал» венецианский Крит. Он превратил богатую церковь Святого Франциска в главную мечеть Ираклиона и назвал ее в честь султана. Дворец венецианского губернатора был соответствующим образом переделан и использовался османским губернатором. Другие церкви также были преобразованы в мечети, причем самым ярким внешним признаком этих преобразований была замена колоколен на минареты. Решив перестроить самую заметную церковь Ираклиона в мечеть султана и добавить к ней минарет, который сразу бросался в глаза, Фазыл Ахмед гарантировал то, что присутствие Османской империи будет заметно издалека, на подходах к городу, как с моря, так и с суши. Турки считали важным, чтобы не было никакой двусмысленности относительно того, кто теперь владеет этим островом, поэтому все заметные церкви других главных городов, Ханьи (взятой в 1645 году) и Ретимно (взятого в 1646 году), также стали мечетями.

Имущество, брошенное сбежавшим венецианским населением Ираклиона, либо было передано как пожертвования в благотворительные фонды Фазыл Ахмед-паши и его военачальников, либо было выставлено на торги и куплено лицами, предложившими наивысшую цену (будь то янычар, еврей или православный христианин), для использования в личных целях. Благотворительные фонды служили для того, чтобы привлечь сюда мусульманское население, способствовать торговле и распространять османскую и исламскую культуру, как в прежние времена это делали ордена дервишей. Старая политика принудительного переселения, как средства освоения недавно завоеванных земель, была отвергнута: в Ираклион приезжали поселенцы из критской глубинки, а исламизация острова проходила более плавно и скорее благодаря постепенным переменам, а не доставке мусульман с материка, как столетием ранее это безуспешно пытались сделать на Кипре. Более того, главным образом в Ираклион переселялись военные и преимущественно те из них, кто хотя бы номинально был родом с Крита и мог отождествлять себя с местным населением.

В этой «османизации» была еще одна особенность, которая отличала ее от того, что делали раньше, и эта особенность отражала тот факт, что к тому времени османская династия утратила часть своей власти и престижа, которые перешли к семейству Кёпрюлю и другим кланам вельмож. В городах Крита появились мечети, названные в честь султанов, но это далеко не всегда были самые важные мечети. После завоевания Ханьи ее собор был преобразован в мечеть, названную именем правящего тогда султана Ибрагима, но попечителями самых посещаемых мечетей Ираклиона и Ретимно стали те государственные деятели Османской империи, которые принимали участие в завоевании острова, а также валиде-султан, Турхан, главным же их покровителем, разумеется, был сам великий визирь. Эвлия Челеби отметил, что мечеть, названная в честь султана Ибрагима, во время правления которого началась война с Венецией, до самого конца боевых действий использовалась как пороховой склад. Это наблюдение со всей ясностью указывает на то, что династия лишилась былой власти. Другим признаком падения престижа султана было то, что в отличие от мечетей, названных в честь прежних султанов, мечети на Крите имели только один минарет.