Малая дистанция позволяла хорошо видеть японские укрепления, а также наблюдать результативность своего огня. Несмотря на некоторые доработки запальных трубок и стрельбу половинными зарядами, что заметно снижало скорость полета снарядов, увеличивая угол падения, разброс по времени срабатывания взрывателей был слишком большим, от чего страдала результативность огня. Заметных разрушений на фортах отмечено не было, но орудия стрелять перестали.

Расход боекомплекта оказался несколько большим, чем при использовании фугасных бомб, несмотря на меньшую дистанцию стрельбы. По итогам этого боя признали воздействие подобных снарядов всех калибров даже по неподвижным береговым целям явно недостаточным, что подтвердилось затем опросом пленных, доставленных десантными партиями.

Стоявший брандвахтой у островка Накано, почти на входе в пролив, старый корвет «Конго» и небольшая канонерка (похоже, из китайских трофеев), в бою не участвовали и поспешно скрылись в глубине бухты, сопровождая уходившие туда из-за острова Кояги тяжело груженные пароходы. Занятые фортами броненосцы и крейсер не смогли уделить им должного внимания, хотя соблазн закатать по таким «жирным» целям пару залпов был большой.

Ожидавшейся сразу вслед за этим атаки миноносцев или других сторожевых судов, как у Осакского залива, не последовало. Это вызвало некоторую скованность в дальнейших действиях, так как на подходах к порту их тоже не встретили, а по данным разведки здесь миноносцев было не менее четырех штук. Только после опроса пленных выяснилось, что все они еще в начале июня были переведены в Мозампо для несения патрульной службы.

Подавив батареи и продолжая утюжить японские укрепления шрапнелью из трехдюймовок вплоть до высадки на берег штурмовых групп, Рожественский, после короткого совещания с Йссеном, отправил в гавань порта все три его броненосца береговой обороны, так как другого способа добраться до укрывшихся там пароходов не было. Довольствоваться оставленными у берегов Окиносимы и Коягисимы к востоку и западу от пролива Онако-Сето несколькими старыми небольшими транспортами и десятком каботажных шхун он не собирался.

Оба больших броненосца остались маневрировать у островов в паре миль от входа в Нагасаки-ван, что позволяло быстро прикрыть малые броненосцы в случае необходимости. Десантные партии с них довольно скоро переключились на осмотр брошенных судов, едва успев взорвать на батареях погреба и уцелевшие пушки, а также маяк на северной оконечности Иосимы. На свои корабли вернулись только те, кто сопровождал пленных.

К шлюпкам отступали уже под ружейным огнем непонятно откуда взявшихся саперных рот. Вытащить всех своих раненых и убитых удалось только благодаря плотному прикрытию с броненосцев и пулеметам, открывшим огонь из шлюпок. Из уцелевших артиллеристов захватили с собой лишь офицеров. Остальных пушкарей связали и оставили на позициях, наспех перевязав своих и японских раненых.

Из-за катастрофической нехватки легких сил для осмотра южных выходов из проливов Кояги-Сето и Онако-Сето с началом боя выслали «Корею». С транспорта обнаружили и потопили там три шхуны, направлявшиеся к порту. Команды приняли на борт вместе со шлюпками. После этого «Корея» двинулся к островку Хасима, скрывавшемуся за зеленым массивом Такашимы на юго-западе.

Приблизившись к этому рифу, всего в 480 метров длиной и 160 шириной, принадлежащему компании «Мицубиси» и заселенному шахтерами, добывающими уголь, открыли огонь по надземным строениям шахты и стоявшим у пристани и на якорях поблизости от нее угольным шхунам, таким же, как и три уничтоженные ранее.

Замызганных, грязных посудин оказалось неожиданно много. Их мачты с убранными, черными от въевшейся угольной пыли парусами загораживали в несколько рядов основательную каменную пристань на южной оконечности рифа, совершенно не вязавшуюся с крохотными размерами островка, так что пострелять довелось изрядно. Покончив с этим, перешли к мысу Махана.

Далее, до окончания дела курсируя в виду дымов эскадры и прикрывая ее от возможных атак с тыла, вооруженный пароход нес дозор на северо-западных подходах к Нагасаки. За время дежурства с него дважды обнаруживали дымы и мачты больших судов, подходивших с запада, но, вероятно, услышав грохот канонады, быстро разворачивавшихся и скрывавшихся на юге. Несколько раз видели паруса, но потопить кого-то еще или взять приза не удалось.

Броненосцы береговой обороны, тем временем медленно втягиваясь в узкий входной канал, хорошо знакомый нашим морякам по многочисленным зимовкам в этом порту и заходам для ремонта в местных доках, угодили под шрапнель с полевых батарей, развернутых где-то на южных склонах горы Томати. Ни обнаружить, ни, тем более, достать их никак не могли. Оставалось только терпеть, убрав людей с открытых постов. Впрочем, вскоре японцы перестали доставать, так и не добившись реальных результатов.

Тут появилась и первая цель для артиллерии. Впереди по курсу обнаружили корабль береговой обороны «Конго», открывший огонь стоя на якоре возле верфи. Его быстро прикончили огнем стодвадцаток и трехдюймовок с «Ушакова» и «Апраксина».

Дальше вся бухта просматривалась насквозь. Никаких боевых кораблей в ней не было, так что ожидавшейся атаки так и не последовало, о чем сообщили ракетным сигналом и немедленно начали действовать. Примерно к полудню в самой гавани Нагасаки были затоплены и сожжены четырнадцать японских пароходов, восемь крупных парусных судов и два нейтральных транспорта.

Итальянский «Торричелли» имел неосторожность привезти в Японию нефтепродукты и химикаты, необходимые для производства взрывчатки, а норвежский «Тор», помимо прочих грузов, был забит под крышки трюмов немецким телеграфным проводом.

Поскольку дело было в японском порту, спасением команд никто не озадачивался, что заметно ускоряло процедуру. После того, как был поднят сигнал всем экипажам покинуть суда, иностранцы, и не только, подняли флаги нейтральных стран, но шлюпок никто не спускал. С «Тора» замахали флажками, высказывая протест против действий русских кораблей в порту с судами нейтральных держав. В ответ с броненосцев дали несколько предупредительных выстрелов из трехдюймовок в воду под его бортом. Это заметно прибавило прыти всем экипажам в паковании чемоданов. Пароходы после беглого осмотра и поиска документов в основном поджигали, реже подрывали пироксилиновыми патронами или трофейным динамитом, найденным на одном из «японцев». Только когда вся взрывчатка кончилась, три оставшихся и уже горевших судна расстреляли в упор из пушек в ватерлинию.

Легко переносимое и ценное, типа артиллерийских прицелов, динамитных шашек и жестянок с керосином или газолином, по возможности переправлялось на броненосцы береговой обороны или же сразу применялось на месте. Больше всего хлопот возникло при перевозке пятидесяти бочек газолина, обнаруженных на «итальянце». Их было приказано обязательно доставить на эскадру. Бензин на Цусиме уже стал дефицитом, а того, что набрали с «Метеора» и перевезли на «Корею» еще на Окинаве, явно надолго не хватит, так что лишними и эти полсотни емкостей точно не будут.

Очаги сопротивления на берегу в виде периодического ружейно-пулеметного огня быстро подавлялись стрельбой скорострелок противоминных калибров броненосцев береговой обороны, а обнаружившаяся у угольной пристани канонерка была сразу разбита, едва успев дать несколько выстрелов из своих малокалиберных пушек.