После первого африканского плавания Шеер был произведен в лейтенанты, и следующие 4 года совершенствовал свои знания торпедного оружия и методов его использования. С января по май 1888 года он прошел курс обучения в торпедной школе на борту учебного судна «Блюхер». Во время второго плавания в Африку он служил минным офицером на легком крейсере «Софи». После возвращения в Германию в июне 1890 года Шеер становится инструктором в Центре разработки торпедного вооружения в Киле.

С 1888 по 1897 год Шеер приобретает репутацию крупного специалиста в области торпедного вооружения. Он дважды учится в военно-морской академии — в 1894 и 1896 годах — и в 1895 — 96 годах участвует в плавании по азиатским водам. Именно как специалист по торпедам Шеер знакомится с самой крупной фигурой в истории германского флота — адмиралом Альфредом фон Тирпицем. Впервые Шеер привлек внимание Тирпица еще в Центре разработки торпедного вооружения в Киле. После того как в 1897 году Тирпиц становится статс-секретарем Имперского морского ведомства (Рейхсмаринеамта), Шеера переводят в торпедную секцию Рейхсмаринеамта.

Тирпиц строил германский флот, руководствуясь собственными идеями. При этом он пользовался полной поддержкой своего покровителя — кайзера Вильгельма II. К восхищению кайзера, адмирал сумел протащить через рейхстаг две долгосрочные кораблестроительные программы — так называемые флотские новеллы 1898 и 1900 годов. Этот удачный политический ход сделал Тирпица фактическим отцом и главным строителем германского Флота Открытого Моря. Следующие 18 лет он руководил Рейхсмаринеамтом и оставался политическим руководителем флота, а также одним из главных разработчиков стратегии.

Статс-секретарь обосновывал свои планы строительства и выбор типов кораблей для будущего флота, исходя из своей стратегической теории — так называемой «Теории риска». Предполагалось, что Германия построит флот, состоящий из современных линкоров, который сможет нанести поражение Великобритании или по крайней мере сдержит ее, представляя постоянную угрозу на Балтике и в Северном море. Великобритания не осмелится противостоять превращению Германии в великую морскую державу, так как это будет стоить ей слишком больших денег и приведет к огромным потерям, которые не оправдают результатов.[63]

Но что если невозможное случится? Может ли Германия ожидать благоприятного исхода схватки с Королевским Флотом? Германский Адмиралштаб прекрасно сознавал огромное численное превосходство англичан и тщательно готовил своих офицеров. Они учились использовать тактические преимущества, которые позволили бы Флоту Открытого Моря дать генеральное сражение численно превосходящему противнику. Тирпиц поддерживал эти усилия, а после того как в 1907 году военно-морская академия перешла в подчинение Рейхсмаринеамта, он пересмотрел программу подготовки будущих офицеров, расширив курсы технических дисциплин. Это дало бы флоту подготовленных в стратегическом плане офицеров, до тонкостей знакомых с последними технологическими новинками.

Шеер провел самые важные годы своей службы рядом с Тирпицем и учился у него. Со дня своего первого появления в Рейхсмаринеамте в 1897 году и до назначения на пост начальника центрального департамента в 1903 году Шеер впитывал доктрину Тирпица, как и многие современники. Естественно, он поддерживал действия Тирпица по усилению флота путем принятия дополнений к флотским новеллам, но сам политической активности не проявлял. Подчеркнуто профессиональное и аполитичное поведение Шеера являлось типичным для германского среднего класса, который составлял костяк офицерского корпуса Императорского Флота.

При покровительстве Тирпица Шеер быстро продвигался по служебной лестнице. В 1900 году он стал капитан-лейтенантом, в 1904 году — капитаном 2 ранга. В 1905 году Шеер получает звание капитана 1 ранга, но проводит в Рейхсмаринеамте еще 2 года, прежде чем его назначают командиром броненосца «Эльзас».

Шеер не оставил личных бумаг, поэтому мы можем полагаться лишь на докладные о служебном соответствии для оценки его способностей и личных качеств. Такие документы ежегодно составлялись начальниками Шеера в течение всей его службы. Докладная, датированная 1 декабря 1907 года (в этом году он покинул Рейхсмаринеамт), дает великолепный портрет нового командира броненосца «Эльзас». Начальники Шеера отмечают его высокое чувство долга, самоотверженность и высокий уровень технических знаний. Они верят, что Шеер станет прекрасным строевым офицером, так как его подчиненные будут уважать его и как человека, и как командира. Рейхсмаринеамт всегда не любил расставаться с квалифицированными специалистами по торпедному оружию и рекомендовал назначить Шеера начальником Инспекции торпедного вооружения.

Шеер командовал «Эльзасом» 2 года — с осени 1907 до 1909 года, когда фон Хольцендорф предложил ему занять пост начальника штаба флота. Одна из докладных, написанных во время службы Шеера на «Эльзасе», пророчески предрекала: «Правильный выбор позиции, очень большой опыт в артиллерийском деле. Отлично пригоден для высоких штабных должностей».

Адмиралштаб подтвердил эти оценки в своих документах, относящихся к периоду перехода Шеера с «Эльзаса» в штаб флота. Докладная от 1 декабря 1909 года характеризует Шеера как энергичного, уверенного, умного, надежного офицера, умеющего командовать кораблями. Она рекомендует Шеера на более ответственные посты. Хотя личная дружба с командующим Флотом Открытого Моря, безусловно, помогла Шееру, неоднократные подтверждения его высоких достоинств, несомненно, оказали влияние на Совет по производствам, и Шеер получил адмиральское звание менее чем через 6 месяцев после перевода в штаб фон Хольцендорфа

Став контр-адмиралом в возрасте 47 лет, Шеер совершил хрестоматийную карьеру германского морского офицера. С момента получения звания мичмана в 1882 году он постоянно чередовал административные должности с плаваниями на кораблях. В Императорском Германском Флоте именно это служило решающим доводом для Совета по производствам.

В море характер Шеера получил дальнейшее развитие, его товарищи и подчиненные ощутили силу его личности. Он вникал в жизнь своего корабля с огромным пылом. Там он находил лучшее в моряках и самом себе, море испытывало верность, дружбу и профессиональные умения. На борту корабля команда и штаб видели в нем бодрого и веселого командующего. Барон Эрнст фон Вейцзеккер, который был его флаг-лейтенантом во время Ютландского боя, вспоминает, что «он был приветливым и сообразительным человеком без лишних претензий». Его оптимистическая натура позволяла легко переносить неудачи. Естественный инстинкт бойца заставлял его искать новые решения проблемы, отвергая закостенелые формулы. Его энергия помогала высказывать собственные решения и всегда проявлять инициативу в важных случаях. Как писал после войны фон Вейцзеккер: «Шеер не видел смысла в жестких схемах. Он всегда был готов рассмотреть проблему под новым углом. Кое-кто из его штабных офицеров полагал, что адмирал слишком склонен действовать под влиянием первого импульса». С самых первых дней службы на флоте Шеер свободно высказывал свое мнение, когда чувствовал, что это может принести пользу; демонстративная уверенность в себе и готовность нести любую ответственность отличали его в течение всей карьеры.