Закончив свою работу, члены комиссии отплыли домой в Испанию. К сожалению, пока они плыли по Атлантическому океану, некоторые секретные документы вице-короля Ньева попали в руки жителя Перу, который плыл в Испанию на другом корабле. Из документов явствовало, что члены комиссии вступили в сговор с вице-королем и занимались далеко идущей незаконной деятельностью во время своего пребывания в Перу. Вместе с ним они получали взятки за назначение на должности, в том числе судейские, и занимались перепродажей энкомьенд, захватом и продажей земель, принадлежавших короне, а также продажей документов, подтверждающих права существующих энкомендеро на их владения. Незаконным путем они сделали себе такие огромные состояния, что начали организовывать сеть посредников, чтобы скупать контрабандный товар и нелегально перевозить его в Испанию при помощи трех сговорчивых капитанов. Такая всеохватывающая коррупция была поразительна даже для Испании XVI века. Один член комиссии умер в Перу, а двух других арестовали при высадке на берег. Один из них получил длительное тюремное заключение, а другому было запрещено работать в государственных, муниципальных и общественных учреждениях в течение нескольких лет. Король немедленно отправил лицензиата Лопе Гарсию де Кастро арестовать вице-короля графа де Ньева. Но Гарсия де Кастро достиг Перу не раньше октября 1564 года, а его намеченная жертва внезапно умерла в феврале предыдущего года.

Ньева был известным распутником, который уже заставил замолчать священников, осмелившихся критиковать его за безнравственность. Лицензиат Монсон докладывал королю, что репартимьенто в Сурко неподалеку от Лимы «было выделено для развлечения неких женщин, от которых исходит моральное разложение; оно было выделено как для них, так и для всяких третьих лиц, которые пожелают». Во вкусе графа Ньева были самые высокородные женщины, каких только можно было найти в Перу, причем многие из них были замужем. Ньева умер внезапно: выехал в полночь в своей карете, а в два часа ночи его привезли назад при смерти. Оидоры распространили официальное сообщение о том, что вице-король умер от апоплексического удара, и архиепископ Лоайса повторил это королю. Но ходили слухи, что он получил удар кинжалом от ревнивого мужа, или что «однажды ночью он был убит мешками с песком, когда был застигнут при попытке взобраться по лестнице на балкон», или что он умер «от опухоли в интимном месте». Какова бы ни была судьба Ньевы, подписанный им и членами комиссии доклад был дискредитирован вскрывшимися фактами их должностных преступлений. Вследствие этого их рекомендации относительно будущего энкомьенд были оставлены без внимания.

Король не принял заманчивых предложений энкомендеро и курака. Ряды энкомендеро постепенно редели из-за того, что умирали наследники первых энкомендеро, и они теряли свое финансовое превосходство: состояния, сколоченные разработчиками рудников и торговцами кокой, значительно превышали сельскохозяйственные подати обычных энкомендеро. Таким образом, могущество энкомендерского лобби постепенно приходило в упадок, но вопрос о бессрочном владении энкомьендами остался нерешенным, а с ним и вопрос о будущей форме правления в Перу.

Работа Хуана де Матьенсо «Гобьерно дель Перу» была послана в Испанию в конце 1567 года. Ее с интересом прочли члены Совета Кастилии, так как ее автор был известным юристом. Матьенсо придерживался колониальной политики в отношении индейцев: она должна быть для них благоприятной, но достаточно жесткой. В то же самое время некий Луис Санчес обратился с более резким либеральным призывом к президенту Совета Кастилии. Он продемонстрировал, что перуанские индейцы страдают больше всех в обеих Америках, и выразил горькое сожаление по поводу того, что официальным лицам на местах не удалось провести в жизнь королевские законы. Король также познакомился с отчетом дискредитировавших себя членов комиссии и с многими противоречивыми политическими теориями.

В 1568 году король Филипп, наконец, выбрал нового вицекороля, который стал преемником графа де Ньева. Им стал дон Франсиско де Толедо, пятидесятитрехлетний брат графа де Оропеса, человек, который считал, что его карьера скромного государственного чиновника уже подошла к концу. Прежде чем отправиться в дальнее путешествие к месту своего назначения, Толедо попросил короля созвать специальную комиссию, чтобы обсудить дела Индий, в особенности будущее энкомьенд. Специальное заседание, известное как Хунта Магна, состоялось в доме самого могущественного человека в Испании кардинала Диего де Эспиноса, президента Совета Кастилии. Протоколы закрытых обсуждений Хунты не были опубликованы, но, очевидно, шли дебаты по различным вопросам, которые должны были определить будущее Перу и его жителей: механизм управления, обращение индейцев в христианскую веру, будущее энкомьенд, налогообложение индейцев, роль индейской аристократии, объединение индейцев в более крупные общины и обеспечение рабочей силой рудников, которые имеют крайне важное значение. Новый вице-король Франсиско де Толедо не только получил указания претворять в жизнь все пожелания Хунты по этим ключевым политическим вопросам, но и широкую свободу действий в выборе способов их достижения. Толедо оказался человеком выдающихся способностей. Он стал одним из величайших колониальных правителей. Он высадился в Трухильо, прошел через прибрежную пустыню и достиг Лимы 30 ноября 1569 года. Прошли пышные церемонии, во время которых лицензиат Гарсия де Кастро и Аудиенсия Лимы передали ему бразды правления. Вице-короля принял архиепископ Херонимо де Лоайса, произошла встреча с представителями духовенства и жителями города. Будучи вице-королем, Франсиско де Толедо ввел новую модель испанского колониального правления, которой суждено было продлиться до XIX века. Он также решил судьбу коренного населения Перу.

В течение двенадцати лет своего пребывания на посту вицекороля Франсиско де Толедо пытался определить будущее коренного населения Перу путем составления огромного свода законов, охватывающих почти все аспекты управления страной. Толедо был неутомим. Он настаивал на том, чтобы увидеть все собственными глазами, прежде чем принять решение о способе исцеления. Он был честен и пользовался уважением, но при этом был холоден и жесток. Это был человек, обладающий умом и энергией прекрасного юриста и темпераментом аскета. Его присутствие внушало всем уважение и заставляло повиноваться. В течение срока своих полномочий вице-король приобрел могущество и завоевал авторитет. Но автократические методы Толедо создали ему врагов среди духовенства и в аудиенсиях Перу, и у него было мало друзей в Совете по делам Индий в Испании. Даже король Филипп прохладно относился к этому выдающемуся государственному деятелю, хотя именно король держал Толедо на службе вопреки противодействию со стороны Совета по делам Индий. Толедо постоянно старался продвигать интересы испанской короны и церкви, но при этом он пытался оставаться строго в рамках юридических и церковных традиций.

Отношение Толедо к перуанским индейцам возникло непосредственно под влиянием предложений, которые изложил Хуан де Матьенсо в своей работе «Гобьерно дель Перу». Индейцев необходимо было защитить от жестокого обращения, но это была отеческая защита более высокоразвитой цивилизации. Перуанцы не сумели стать равноправными гражданами колониального общества. Теперь Толедо отбросил в сторону всю ложь о том, что индейцы пользуются правами свободных граждан. В его законодательстве им отводилась роль послушного пролетариата; это были люди, стоящие на более низкой ступени общества, но обладающие определенными юридическими правами, которые власти обязаны защищать.