Архитектурный ансамбль Новодевичьего монастыря на протяжении 450 лет возводился многими поколениями зодчих, художников и мастеров. Но на своем веку он претерпел и много невежественных «поновлений», когда в монастырских зданиях закладывались старые окна и прорубались новые, кирпичной кладкой закрывались открытые гульбища, ремесленными записями покрывались древние настенные фрески, густой «самоварной» позолотой «глушилась» кружевная резьба по дереву.

Во время Великой Отечественной войны Новодевичий монастырь принял многих людей, потерявших кров. Вдоль стен были выстроены деревянные дома; башни, подвалы монастырских зданий и церквей – все было приспособлено для жилья. Но в военные же годы в монастыре возобновили свою работу Православный богословский институт и Богословско-пастырские курсы. В 1946 г. их перевели в Троице-Сергиеву лавру, и они стали называться Московской духовной академией и семинарией. В 1945 г. был вновь освящен Успенский собор, который почти полвека оставался единственным действующим храмом монастыря.

Еще в середине 1950-х гг. в монастырских башнях и палатах ютились «сторонние жильцы». Дым от труб многочисленных времянок и чугунок коптил древние стены обители, на дворе высились поленницы дров и горы мусора, на веревках сушилось белье. Неудивительно, что от всего этого монастырские строения стали разрушаться, поэтому необходимо было освободить все помещения, чтобы начать реставрацию. Она началась в 1955–1956 гг. в мастерских Всесоюзного производственного научно-реставрационного комбината; при реставрации были приняты самые радикальные меры, чтобы защитить крепостные стены от разрушительного действия атмосферных осадков. Теперь по всему периметру они застланы свинцовым листом, сверху прикрыты плитами мячковского известняка, а здание грандиозного Смоленского собора было заново перекрыто долгостойким медным листом.

В 1994 г. Новодевичий монастырь был возрожден, и в нем начались реставрационные работы. А 10 августа 1995 г. (в день празднования Смоленской иконы Божией Матери) – впервые после нескольких десятилетий – в монастыре Патриах Московский и Всея Руси Алексий II совершил богослужение в сослужении собора архиереев и духовенства Москвы и Московской епархии. Тот день стал поистине всероссийским днем духовного торжества православия.

Однако многие бытовые вопросы оставались тогда в обители нерешенными, например, не было келий, что нарушало нормальное течение монашеской жизни. В 1997 г. музей выделил монастырю «певческий корпус», но для приведения его в должное состояние нужны были большие средства, т. к. корпус не имел никаких коммуникаций и требовал перепланировки помещений. Но с Божьей помощью и благодаря пожертвованию добрых людей и меценатов к августу 1997 г. треть корпуса удалось отремонтировать, а также оборудовать кельи для 18 сестер. Дальнейшим восстановительным работам помешал ураган, обрушившийся на Москву летом 1998 г. Он был такой невиданной силы, что срывал с крыши Успенского собора тяжелые кровельные листы, и они носились по воздуху, как папиросная бумага. Старые деревья (липы, березы, тополя) вырывало из земли с корнями, асфальтом и камнями. Буря снесла массивные кресты со Смоленского собора и крест с колокольни.

На следующий день после катастрофы обитель посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Разрушения в Новодевичьем монастыре вызвали отклик в сердцах многих тысяч благочестивых людей, и не только верующие, но даже люди малоцерковные и инославные вносили свою лепту.

Вскоре после открытия обители в нее стали поступать первые насельницы, которым пришлось восстанавливать обитель почти из руин. К тому же монастырь, славный традициями, должен был восстановить и свою духовную жизнь. Возрождающаяся обитель находится в центре Москвы – на территории Музея, ежедневно принимающего большие группы туристов. Все это создает трудности для уединенной монашеской жизни с ее собственным уставом. Но сестры в этом святом деле уповают на милость Божию, заступничество Пресвятой Богородицы и святых угодников Божиих.

Женские монастыри существовали в Киеве еще с XII в. По древнему обычаю почти при каждом мужском монастыре находился и женский; например, при древнем Софийском монастыре – женский монастырь Святой Ирины, при Михайловском мужском – женская Богоявленская обитель, при Киево-Печерской лавре – женский Воскресенский монастырь. Таким образом, престарелые супруги, посвящавшие остаток своих дней Богу, жили хотя и в отдельных кельях, но неподалеку друг от друга.

Письменные сведения о существовании монастыря на Подоле, при Флоровской церкви, встречаются в грамоте польского короля Сигизмунда Августа, которую он дал в мае 1566 г. князю Константину Константиновичу Острожскому – киевскому воеводе. Этой грамотой польский король, по просьбе киевского протопопа Иакова Гулькевича, утвердил за последним право распоряжаться монастырем, освященным во имя святых Флора и Лавра, и «службу Божию в нем исправлять». О существовании монастыря говорит и записка Печерского монаха Иоанна (Богуша Гулькевича – внука и наследника протопопа Иакова), в которой он отказывается от своих прав на монастырь и предоставляет их игумении Агафии Гуменицкой и «законницам теперешним и на потом будучим». Эту записку утвердила грамота короля Владислава IV от 27 декабря 1655 г.

В означенных грамотах говорилось, что монастырь существует «здавна», но о судьбе его известно только то, что он был возобновлен протопопом Иаковом Гулькевичем; что при игумении Ульской деревянная монастырская церковь обветшала, но была исправлена и украшена игуменией Агафьей. Последняя для устранения тесноты выпросила у набожных людей, а также купила за деньги несколько ближайших мест, построила кельи и оградила монастырь «оплотом» (тыном).

В 1710 г. по повелению Петра I женский Воскресенский монастырь, стоявший напротив Святых ворот Киево-Печерской лавры, был закрыт, т. к. занимаемое им место понадобилось для устройства арсенала Печерской крепости. Находившихся там монахинь разместили во Флоровском монастыре; ему передали и все недвижимые имения закрытой обители, которых она особенно много получила при игумении Марии Магдалине – матери украинского гетмана И. Мазепы. С этого времени Флоровская обитель стала значительно улучшаться: так, в скором времени была заложена вместо тесной деревянной церкви новая каменная. В 1723 г. митрополит Рафаил освятил ее во имя Вознесения Господня.

В 1786 г. монастырские вотчины вместе с крепостными крестьянами были отобраны в казну, а монастырю, к тому времени возведенному в первый класс, было определено на содержание около 3565 рублей ассигнациями. Оставили обители еще две мельницы (в Хамбикове и Ходосовке), рыбное озеро, сенокос и 14 штатных служителей.

До 1811 г. все монастырские строения (кроме каменной Вознесенской церкви) оставались деревянными. Поэтому в случившемся в том году на Подоле пожаре все они сгорели, даже каменная Вознесенская церковь была повреждена. На восстановление обители по высочайшему повелению императора Александра I в 1812 г. было отпущено из казны 133 013 рублей ассигнациями. На эти деньги воздвигли большую часть каменных зданий – для проживания игумении и сестер обители.