В начале правления Карла V Нидерланды находились на переломном этапе. На юге было более-менее стабильно под властью будущего императора, но север погряз в смутах. Перспектива объединения всех Северных Нидерландов под властью Габсбургов приближалась, и это было явно в интересах Голландии, поскольку антигабсбургское (и антиголландское) восстание во Фрисландии, Гронингене, Гелдерланде, а затем и в Утрехте, подрывало голландские морские и речные грузоперевозки. Но Карл, чьи мысли были направлены на иные обязанности и на наследование испанского трона (после смерти в 1516 г. его деда по матери, Фердинанда Арагонского), не мог уделить северным Нидерландам ни внимания, ни ресурсов, необходимых для восстановления стабильности. В конце концов Карл переложил поиск решения северонидерландской проблемы на своих северных штатгальтеров и на Штаты Голландии.

В сентябре 1517 год Карл V (пока еще Карл I — прим. ред.) выехал в Испанию через порт Флиссинген, чтобы вступить в свое испанское наследство. И во второй раз Габсбургские Нидерланды оказались под регентством его тетки, сестры Филиппа Габсбургского, Маргариты Австрийской, чье правление на этот раз длилось тринадцать лет (1517–30 гг.). Перерыв оказал большое влияние на ее стиль правления, который теперь разительно отличался от прошлого. Она приобрела твердые династические и авторитарные взгляды и не выказывала склонности к поблажкам провинциальным Штатам или высшей знати. Ее личными советниками выступали в основном иностранцы, например, Меркурино ди Гаттинара и Николя Перрено[16], отец будущего кардинала де Гранвелы, чиновник из Франш-Конте. Она игнорировала большую часть высшей знати, включая Генриха (Хендрика) III, графа Нассау (1483–1538), а единственным магнатом, с кем она хоть немного считалась, был Антуан де Лален, граф Хогстратен.

Холодные отношения между Маргаритой и высшей знатью вылились в петицию 1524 года, которую группа дворян отправила Карлу в Испанию с жалобой на то, что когда они приходили к ней с визитом, она заставляла их ждать и не желала обсуждать с ними важные вопросы. Карл написал своей тетке из Вальядолида, побуждая ее исправиться в этом отношении, уделять больше внимания дворянству и всегда обсуждать важные решения с графами Нассау и Бюрена, а также с Лаленом, прежде чем принимать их окончательно.

Карл смог оставить собственный след в управлении Габсбургских Нидерландов лишь в 1531 году, приехав и проведя почти весь год в Брюсселе. В течение этого года он уделил основное внимание реорганизации и усилению административного аппарата Нидерландов. Поскольку Маргарита умерла, он выбрал в качестве правительницы свою сестру, Марию Венгерскую (1531–40 гг.). Он специально выбрал неопытное подставное лицо, человека, мало знакомого с Нидерландами, и запретил ей брать с собой своих венских фаворитов. Карл хотел, чтобы она опиралась на его доверенных чиновников и оставляла им принятие наиболее важных решений.

В 1531 году император создал три новых центральных института: достаточно пышный официальный орган под названием «Государственный совет» Нидерландов, реорганизованный Финансовый совет и Тайный совет. Это была так называемые Коллатеральные советы в Брюсселе, которые продержались, примерно в том же виде, во главе администрации Габсбургских Нидерландов вплоть до 1788 года. Официально Государственный совет был наиболее важным из всех, это было собрание основных сеньоров (seigneurs). Он состоял из двенадцати человек, большая часть которых была южными магнатами, и председателя, Жана Карондоле, архиепископа Палермо, юриста и священнослужителя. В отличие от этого, в Тайном совете не было магнатов, его членами были профессиональные чиновники и юристы, поднявшиеся до высшего уровня администрации. Карл пытался примирить статус и стремления крупных магнатов с новой реальностью, где власть частично принадлежала профессиональным чиновникам, некоторые их которых были иностранцами. Он надеялся, что, формализуя две цепочки власти и патронажа, он достигнет примирения между ними и уменьшит противоречия.

Главными представителями габсбургского государя в провинциях были провинциальные губернаторы, или штатгальтеры. Лишь Брабант и Мехелен, приближенные к брюссельскому двору, не имели губернатора. Остальные провинции были объединены в группы под штатгальтерами, которые неизменно выбирались из числа ведущих дворян. Так, у Зеландии и (с 1528 года) Утрехта был тот же штатгальтер, что и у Голландии, в то время как Фландрия, валлонский регион Фландрии и Артуа, как правило, были сгруппированы вместе, также как, позднее, Фрисландия, Гронинген, Дренте и Оверэйссел. Наиболее значительным штатгальтером Карла был сын графа Нассау Генриха, ставший известным как Рене де Шалон (1519 — 44), с тех пор как он унаследовал княжество Оранж (в южной Франции)[17]; Рене вступил во владение нассауским доменом в Нидерландах (баронией Бреда — прим. ред.) после смерти отца в 1538 году. Он родился в Бреде, был рыцарем Золотого руна с двенадцати лет, стал первым носителем титула «принц Оранский» из рода Нассау (после титул перешел к его племяннику Вильгельму Молчаливому) и был назначен штатгальтером Голландии, Зеландии и Утрехта в 1540 году. В 1543 году к этому списку добавился завоеванный Гелдерланд. Год спустя он был убит пушечным ядром при осаде французского города.

Карл видел опасность в отчуждении дворянства, но его штатгальтеры, большую часть времени находящиеся вне своих провинций, не имели достаточного количества времени, знаний и склонностей для контроля финансовых дел и судебного администрирования. Таким образом, уменьшение роли не только штатгальтеров, но и дворянства в управлении стало неотъемлемым процессом, который, приобретя собственную логику, продолжился во время правления Марии так же, как и в период власти Маргариты. Коллатеральные советы в Брюсселе и Большой совет (Grote Raad) в Мехелене (высший судебный орган Габсбургских Нидерландов) неизбежно должны были работать, в отношениях с отдельными провинциями, не столько через административный аппарат штатгальтеров, сколько посредством постоянной судебной админстрации. Таким образом, наиболее важным звеном в управлении Габсбургскими Нидерландами была связь между центральными советами и провинциальными высшими судами, которые стремительно расширяли свои фискальные, политические, так же как и судебные функции. К концу пятнадцатого века большая часть советников этих высших судов, в том числе голландского Хофа (который также распространял свое юрисдикцию на Зеландию), все еще были дворянами. Но в первой половине шестнадцатого века роль знати в провинциальной администрации стала уменьшаться по мере того, как центральное правительство находило всё больше специально обученных юристов для этих постов, а в условиях усложнения системы управления была необходима большая компетентность, усердие и систематичность в работе. В 1520 году шесть из тринадцати советников голландского Хофа были дворянами, а к 1572 году количество дворян уменьшилось до двух-трех человек.