А тем временем энкомьенды теряли свою значимость: объем произведенной в них руками индейцев продукции и доставшихся тяжким трудом податей был незначителен по сравнению с состояниями, которые делались на рудниках и на торговле кокой. Многие энкомьенды отошли к короне после смерти их вторых владельцев. Новым угнетателем индейцев стал коррехидор, королевский чиновник, назначенный управлять владениями короны. Коррехидоры назначались только на несколько лет, поэтому они должны были наращивать темпы и делать эксплуатацию более изощренной, чтобы успеть сколотить себе состояние за срок своего недолгого пребывания на этом посту. В течение этого периода некоторые семьи энкомендеро успели приобрести документы о передаче им правового титула на земли индейцев. Собственность, полученная таким загадочным и незаконным образом, стала ядром, вокруг которого сформировались асьенды многих современных видных семей Перу.

Франсиско де Толедо критиковал гнет со стороны курака даже больше, чем гнет энкомендеро. Следом за Хуаном де Матьенсо он выражал свое резкое осуждение. «Если эти касики дурны, они побуждают толпу подражать им в том образе жизни, который обычно так плох, что его нужно увидеть своими глазами, чтобы поверить… Они устраивают пьяные пирушки и закрывают глаза на все пороки, которые процветают на них. Они побуждают поклоняться идолам и мумиям умерших и содержать наложниц — не одну, а пятьдесят или сотню. На них лежит ответственность за грабежи и тиранию, от которой страдают эти несчастные люди. Ведь если индеец платит четыре или шесть песо податей, они отнимут у него еще сорок песо сверх этого. Они обременяют несчастных бедняков податями, за исключением богатых индейцев, родственников своих любовниц и вождей низшего ранга — все они являются орудиями их злодеяний, в том числе убийств индейцев, которые не исполняют их желания».

Так как Толедо считал курака мелкими жестокими тиранами, он, естественно, издал законы, чтобы ограничить их власть. Он даже предпринимал попытки не допускать, чтобы курака занимали официальные посты в его новых городах. Но он признавал, что «индейцами нельзя править, не используя курака в качестве инструментов исполнительной власти как в мирской, так и в духовной жизни». И он полагался на курака в сборе податей и в определении норм выработки. Толедо запретил курака или другим индейцам иметь испанское оружие, играть в кости, устраивать пирушки или дарить подарки испанцам, покупать испанские товары выше определенной стоимости или путешествовать верхом на лошадях или в паланкине; исключение делалось только для больных или вождей провинций. Но он подтвердил право каждого курака и его старшего сына на освобождение от уплаты податей и личных повинностей и основал специальные учебные заведения для сыновей курака, чтобы вырастить из них образованную национальную аристократию. Он также перенял инкскую систему наследования титула касика: неспособный или нелояльный курака мог быть лишен своего поста в пользу своего сына, а его младшего сына могли выбрать в преемники, если он подавал больше надежд, чем старший.

Сначала Толедо не был уверен в том, каким образом защищать индейцев от их угнетателей. Настоятель августинцев Хуан де Виверо, который крестил Титу Куси, в 1572 году порекомендовал королю ввести в Перу должность генерального защитника индейцев, который сопровождал бы вице-короля и имел бы заместителей в каждом городе. На нем лежала бы ответственность за «защиту этих обездоленных индейцев, ибо за ними некому присматривать. Всякий, кто будет находиться на этом посту, должен пользоваться поддержкой и благосклонностью Вашего Величества и ваших посланников: ведь это будет постоянное мученичество, если он будет выполнять все, что ему положено». Толедо пытался следовать этому совету. В 1575 году он назначил генеральным защитником индейцев некоего Бальтасара де ла Круса, но перед этим он сделал этого человека протектором индейцев в Потоси и убедился в его добросовестности. Генеральный защитник индейцев стал выразителем интересов коренного населения. Он представлял на рассмотрение прошения и выступал с судебными исками от их имени, «так как индейцы не имеют права обращаться в суд». Каждую неделю он отчитывался перед вице-королем и принимал своих помощников в различных городах. Его обязанности были обычными: обеспечить, чтобы жалованье платилось правильно и чтобы энкомендеро, курака и священники не взимали незаконные поборы и не заставляли на себя работать.

Генеральный защитник был номинальной фигурой в ограждении коренного населения от произвола. На более низком уровне работа велась коррехидорами де индеос, которые появились при Гарсии де Кастро. Инспектора, назначаемые Толедо, осуществляли правосудие наряду с коррехидорами де индеос и видели, с какими проблемами те сталкиваются. Поначалу Толедо не мог избавиться от подозрений в отношении коррехидоров де индеос, сознавая, что у церковников и у курака должны быть какие-то основания для того, чтобы противодействовать им. Но выводы генеральных инспекторов и его собственные наблюдения заставили Толедо изменить свое мнение. Он увидел, что такие чиновники были необходимы для областей, находящихся за пределами сферы деятельности испанских коррехидоров в немногих городах, которые были основаны европейцами. В ноябре 1573 года он рекомендовал королю санкционировать их деятельность. 27 февраля 1575 года по этому поводу появился королевский указ, и Толедо издал многословные предписания, регламентирующие деятельность этих официальных лиц. Теперь они стали называться судьями индейцев, и их число сильно сократилось до 71 человека в соответствии с количеством провинций, на которые он разделил Перу. Он мудро распорядился, чтобы этим судьям индейцев жалованье платили энкомендеро, а не сами индейцы. Он настаивал на том, чтобы эти новые чиновники не были энкомендеро и не могли занимать другую должность. Они должны были быть старше двадцати шести лет, обладать хорошим характером и занимать приличное место в обществе. И очевидно, они должны были быть альтруистами, сочувствующими индейцам. Среди испанцев в Перу было почти невозможно отыскать такие образцы совершенства.

В 1578 году Толедо потерял терпение в отношении протекторов индейцев, «потому что каждый из них обирал и обманывал индейцев, а также притеснял дюжинами судебных исков». Вместо них он создал новую форму защиты индейцев в каждом городе: о законных нуждах индейцев в каждой Аудиенсии заботились защитник и прокурадор. В конце срока своих полномочий эти новые чиновники должны были подвергаться «ресиденсии», то есть другой чиновник проводил критический обзор их деятельности и поведения, что могло привести к позору или безобразному судебному разбирательству. Должностные обязанности чиновников, которые были созданы или обновлены Толедо, были определены в ряде указов в 1574, 1575, 1579 и 1580 годах. Последние декреты охватили все аспекты защиты индейцев и включали в себя одиннадцать новых положений, в которых была предпринята попытка защитить индейцев от отдельных испанцев, занимавшихся среди них спекуляциями, а также от метисов, энкомендеро, священников и касиков. Покидая Перу в 1582 году, Толедо составил для короля письменный отчет о периоде своего правления. В нем он выступал в защиту своих новых чиновников: «Я прошу Ваше Величество сохранить должности коррехидоров де индеос ввиду их явной полезности для индейцев… Они незаменимы, потому что берут на себя большую часть правовых обязанностей юристов и аудиенсий, занимаются лицензиями духовенства и монашества, вопросами доходов и коммерческой деятельности испанцев, надзором за границами власти энкомендеро, а также вопросами власти и тирании касиков». Это был благородный призыв губернатора колонии. Король Филипп ответил одобрением указов Толедо в июле 1584 года и рекомендовал их в качестве основы для будущей системы правления в Перу.