Таковы были идеальные представления испанцев о переселении индейцев в новые города. Некоторые из испанцев-администраторов были не столь оптимистичны в отношении этих новых поселений. Луис де Монсон признавал, что среди индейцев-рукана, живущих около Уаманги, есть такие, «которые были переселены на расстояние от одной до двух лиг [4-8 миль] от своих бывших домов. Они постоянно жалуются, говоря, что их поля находятся в их покинутых деревнях и им приходится прилагать большие усилия, чтобы ходить туда и возделывать их». Антонио де Чавес и де Гевара высказывался более откровенно о последствиях этих действий для провинции Уаманга в целом. «Города, которые недавно были заселены, по большей части непостоянны. Из-за физического истощения, связанного с переездом в другие климатические районы и места с нездоровыми условиями жизни, находящиеся далеко от их полей, многие индейцы с позволения губернаторов и коррехидоров своего района были возвращены в свои деревни».

Хотя некоторые попытки осуществить переселение индейцев потерпели неудачу, большинство из них были успешными. Эти аккуратные чистенькие поселения сыграли важную роль в том, чтобы заставить воспоминания о временах правления Инков и об их религии поблекнуть и сделать перуанских индейцев более восприимчивыми к правлению испанцев. Бальтасар Рамирес выражал свое восхищение теми способами и энергией, с которой Толедо завершил это великое переселение всего за два года. Он назвал это «великолепно проделанной работой, имеющей огромную важность как для мирской, так и для духовной жизни».

Сам Толедо рассматривал эти переселения индейцев как необходимую прелюдию к истинному обращению их в христианство. Пока индейцы были рассеяны по удаленным хуторам и деревням, перед священником каждой энкомьенды стояла невыполнимая задача. Толедо сообщал королю: «Я обнаружил, что вероучение, которое проповедуют туземцам эти священники, пресно и сухо, и делают они это propter formam [ради формы] — как это явствует из уровня христианизации индейцев». Церковь сама начала уже бить тревогу и критиковать себя. Многие духовные лидеры поняли, что, хотя христиане и завоевали Перу, христианство не завладело душами и сознанием (или, как сейчас говорят, сердцами и умами) индейцев. Разрушительное возрождение национальной религии в середине шестидесятых годов XVI века продемонстрировало настоятельную необходимость сделать усилия церкви более действенными. Второй церковный совет собрался в Лиме в 1567 году, на котором большое внимание было уделено тому, как пресечь практику языческих верований. Священники получили указание искоренять «бесчисленные суеверия индейцев, церемонии и дьявольские ритуалы». Они должны были подавлять пьянство и уничтожать все туземные обряды, останавливать деятельность колдунов-знахарей, обнаруживать и разрушать туземные святыни и талисманы.

В течение последней трети XVI века и в начале XVII церковь предприняла наступательную кампанию с целью искоренения всякой духовной оппозиции. В 1570 году Синод в Кито дал указание священникам бороться со всеми «слугами дьявола, которые препятствуют распространению нашей христианской религии. Есть известные колдуны, которые занимаются этим в союзе с дьяволом, окруженные многими суевериями. Некоторые охраняют уака и общаются с дьяволом; другие действуют как священники, выслушивают исповеди индейцев и проповедуют поклонение дьяволу». В течение этих лет велся поиск вождей, стоящих во главе туземной религии; их подвергали физическим наказаниям, сажали в колодки или заключали в тюрьму. Но эти охоты на ведьм почти никогда не заканчивались сожжением на костре или казнью, как в более поздних колониях Северной Америки. Также для священников было очень важно уничтожить бесчисленные святыни, почитаемые индейцами. Они принялись за это с апостольским рвением: Франсиско де Авила хвастался, что в течение всей своей миссионерской карьеры он лично сжег свыше 30 тысяч идолов и 3 тысячи мумий. Даже такие разрушительные действия не искоренили все языческие верования. Хуан Мелендес жаловался, что «они возвращаются к своим древним идолам, как собаки к блевотине». Анды и по сей день полны религиозных предрассудков: почти на каждом рынке, кладбище и в каждом индейском доме есть необычные предметы, имеющие магическое значение.

Крестовый поход церкви против язычества создал важный побочный продукт литературного плана. Были составлены первые словари языка кечуа, которые должны были помогать священникам в их миссионерской работе. Один был составлен Хуаном де Бетансосом, женатым на принцессе инков, а другой был опубликован в Вальядолиде в 1560 году Доминго де Санто Томасом, защитником сыновей Атауальпы. Автором самого лучшего словаря языка кечуа был Диего Гонсалес Олгин. Луис Бертонио и Диего де Торрес Рубио составили словари языка аймара, на котором говорят в районе озера Титикака, а Луис де Вальдивия составил словарь для индейцев Чили. Миссионерам также помогали тщательные исследования туземных религий, с которыми они боролись. Все хронисты, писавшие об инках, естественно, изучали их религию, но теперь появились руководства именно для того, чтобы помочь искоренить идолопоклонство. Среди авторов этих ценных исследований были Поло де Ондегардо, Хуан де Бетансос, первые монахи-августинцы, Кристобаль де Молина из Куско, Франсиско де Авила, Кристобаль Каррильо де Альборнос, Эрнандо де Аведаньо, Хосе де Аррьяга и Педро де Кирога. Большая часть наших знаний о религии индейцев почерпнута из этих антиязыческих отчетов.

Власти знали, что распространению христианства мешало угнетение индейцев испанцами. Король часто давал указания своим губернаторам в колониях, чтобы они защищали коренное население. Франсиско де Толедо попытался выполнить свой долг и здесь. Этот суровый вице-король, гонитель инков, издал множество законов, касающихся жизни индейцев. Как честный и глубоко законопослушный человек, он ненавидел порочное угнетение. Но он защищал индейцев, не испытывая к ним сострадания. Это была снисходительная забота просвещенного начальника. «Я информирован о том, что индейцы не свободны, что является результатом их слабости, глупости и сильного преклонения перед испанцами… Вследствие этого мой долг протектора индейцев — следить за тем, чтобы их не обманывали, когда они работают». Поэтому Толедо установил шкалу заработной платы и жалованье, обеспечивающее лишь прожиточный минимум, для различных категорий рабочих-индейцев. Обычный чернорабочий должен был получать в месяц один песо, половину фанега (три четверти бушеля) кукурузы и клочок земли для выращивания еще кое-какой пищи.

Другие рабочие, домашние слуги, пастухи, старики или подростки получали еще меньшую плату и паек. Толедо также настаивал на том, чтобы поденщики получали свою плату серебром безо всяких вычетов или удержаний сразу же в конце каждой недели.

Толедо не симпатизировал традиционным угнетателям индейцев — энкомендеро, курака и священникам. В своем докладе королю от марта 1572 года он жаловался на «позорные деяния, совершаемые первыми конкистадорами в отношении индейцев, на их жестокость». Он соглашался с тем, что индейцы, проживающие в энкомьендах, не должны работать лично на энкомендеро, они должны только платить подати.

Толедо колебался относительно того, стоит ли делать права на владение энкомьендами бессрочными. Совет города Куско, который состоял исключительно из энкомендеро, предложил выкупить права на бессрочное владение 150 энкомьендами, но Толедо посоветовал королю продать это право только нескольким лучшим колонистам в каждой общине. Будучи сам родом из феодальной семьи, Толедо надеялся создать прослойку землевладельцев-аристократов в каждом перуанском городе. Точно так же для утверждения власти испанцев в индейских районах он опирался на гарнизоны крепостей, таких, как Колькампата Инки Карлоса. На самом деле никакого решения в отношении передачи энкомьенд в навечное владение так и не было принято. Кортесы Кастилии (парламент) в 1573-м и 1574 годах рекомендовали продавать это право за такую сумму, которая основывалась бы на ежегодном доходе в виде податей, получаемом с каждой энкомьенды. Король не предпринял никаких действий помимо созыва в 1579 году еще одной специальной комиссии — Хунты де ла Контадуриа Майор. Результатом ее работы стала рекомендация, схожая с той, которую дали дискредитировавшие себя члены комиссии в 1562 году. Но король Филипп снова бездействовал. В 1584 году была предложена новая формулировка, и тогдашний вице-король Перу высказался в 1586 году за широкие права для всех энкомендеро на бессрочное владение энкомьендами. Филипп II, разгневанный за такие противоречивые советы, в 1592 году приостановил все дальнейшие дискуссии по этому вопросу.