Современные Толедо испанские авторы, такие, как иезуит Хосе де Акоста или доминиканец Родриго де Лоайса, одобрили появление должностей коррехидоров де индеос, но выразили сомнение в возможности подыскать подходящие кандидатуры на эти посты. Это был тот самый случай, когда человеческая природа нанесла поражение добрым намерениям законотворчества. Испанцы были далеко впереди других колониальных наций на пути поиска идеалистов, которые посвятили бы себя справедливому управлению и защите жителей какого-нибудь отдаленного района. Без сомнения, многие выполняли свои обязанности добросовестно, но не осталось письменных свидетельств их усилий. Однако другие пытались извлечь пользу из своего краткосрочного назначения, эксплуатируя индейцев посредством монопольной торговли и других вымогательств. Поэтому на протяжении всего колониального периода вопрос защиты коренного населения продолжал волновать вице-королей Перу. Вышестоящие власти были, по крайней мере номинально, на стороне индейцев и пытались помочь им.

На значительно более низком уровне индейцам позволили осуществлять самоуправление в новых поселениях. Самые уважаемые советники Толедо, особенно архиепископ Лоайса и политики-теоретики Поло де Ондегардо, Хуан де Матьенсо и Хосе де Акоста, подчеркивали потребность в большем количестве алькальдов и рехидоров из числа индейцев, чтобы расширить власть новых коррехидоров де индеос. Матьенсо предлагал, чтобы в каждом районе на пост коррехидора с судебными полномочиями сроком на два года ставили испанизировавшегося индейца из другой провинции. Толедо не предпринимал смелых шагов, подобных этому, но он утвердил создание ряда индейских должностных лиц для управления новыми поселениями. Индейский алькальд мог отправлять правосудие на самом низшем уровне. У него был специальный жезл с крестом, выгравированным на его серебряной верхушке. Он проводил судебное разбирательство на городской площади, но никаких записей при этом не велось. Он мог слушать уголовные дела, но приговорить мог только к штрафу до одного песо или к двадцати ударам плетьми: никаких смертных приговоров, увечий или кровопролития. Он также мог заниматься гражданскими исками индейцев друг к другу, если речь шла не более чем о 30 песо.

В указах о назначении этих новых чиновников Франсиско де Толедо был больше озабочен тем, чтобы провести в жизнь свои пуританские предрассудки, нежели уступить им широкие полномочия. Индейские чиновники многократно получали указания подавлять все сомнительные действия, которые «были так оскорбительны нашему Господу Богу и вызваны дьявольским наваждением». Это касалось добрачных половых отношений, внебрачного сожительства, кровосмесительных связей и пьянства. Все было направлено на то, чтобы защитить незамужних индианок в возрасте от десяти лет от внимания возможных насильников, включая мирские и церковные власти, а также их собственных братьев и отцов. Толедо также стремился ограничить деятельность женщин с сомнительной репутацией, которые, очевидно, «работали» в тамбо или путешествовали вместе с курака. Индейские алькальды несли ответственность и за поддержание в надлежащем состоянии больниц, которые финансировались из пожертвований индейцев, и за охрану порядка на улицах, и за организацию рынков. Во всем этом едва ли упоминалась цель, заявленная в заглавии и преамбуле к указам Толедо, — «управление индейцами с намерением предотвратить несправедливости и притеснение, чинимые им со стороны их энкомендеро».

В тех местах, где самоуправляющимся сообществам индейцев позволили развиваться, они стали преуспевающими общинами. Мигель Ахия писал, что в таких общинах в Перу число индейцев «увеличивается и множится в изобилии. У них достаточно еды и одежды, и они довольно богаты и имеют достаток, чтобы платить свои подати. Одежда, которую они носят, лучше и дешевле, чем обычно, потому что они ее делают в своих собственных мастерских». Но очень часто скромного индейца, который старался выполнять свои обязанности на одном из выборных постов, сокрушал его курака, священник или коррехидор. Метис Фелипе Пома де Аяла, который жил в индейских общинах с индейцами-чиновниками, писал, что «первым [индейцам-]алькальдам индейцы не подчинялись и не оказывали уважения, их называли „мичок кильискачи“, что означало „судьи, уполномоченные шпионить и сплетничать“. Обычно в алькальды индейцы выбирали молодых людей, чтобы с ними можно было не считаться».

Все усилия Толедо, направленные на благо индейцев, сошли на нет и рухнули под натиском неутолимых требований рудников. Вице-король тщетно пытался примирить две противоречащие друг другу вещи: защиту индейцев и отчаянную нужду в работниках на рудниках. Как добросовестный чиновник, стоящий на страже государственных интересов, Толедо должен был обеспечить продолжение притока перуанских богатств в Испанию.

Сопротивляющихся, упрямых индейцев нужно было заставить добывать ртуть и серебро — силой, если понадобится.

Вскоре после прибытия в Перу Толедо созвал специальную Хунту с целью проведения обсуждения вопроса, насколько согласуется с нравственностью принуждение индейцев к работе на рудниках. В эту комиссию, возглавляемую архиепископом Лоайсой, вошли шесть магистратов, восемь известных церковнослужителей и бывший губернатор Гарсия де Кастро. В октябре 1570 года она пришла к единогласному заключению, что разработка месторождений была в интересах общества, поэтому принуждение к работам на рудниках можно было позволить без угрызений совести.

Во время своей генеральной инспекции вице-король сделал остановку в Хаухе и отправил своего близкого друга д-ра Лоарте проинспектировать огромные ртутные рудники Уанкавелики. За прошедшее десятилетие они быстро разрослись, и теперь стало ясно, что поденная плата, предложенная владельцами рудника, больше не может заставить индейцев добывать ртуть. Поэтому Толедо взял на себя нелицеприятную задачу принудить провинции, расположенные вокруг Уанкавелики, предоставлять определенное количество рабочих, призванных, как на службу в армию, для работы на рудниках. Оправданием этому служило поручение, данное ему Советом ученых мужей Лимы. Он писал королю: «Хотя раньше здесь это осуждалось в подобных случаях и запрещалось указами Вашего Величества и хотя священники и епископы настоятельно подчеркивали вред и беды, которые этот труд приносит туземцам, не было подано ни единого голоса против». Успокоив таким голосованием свою совесть, Толедо легализовал использование принудительного труда на государственной службе. Раньше инки обязывали индейцев работать на общее благо, и эта система называлась «мита». Слово «мита» снова возродилось и стало обозначать принудительный труд на рудниках — на общее благо «родины», расположенной на другом конце света.

Согласно предписаниям Толедо новобранцев для Уанкавелики следовало брать из горного района протяженностью 200 миль, который включал в себя Хауху и Уамангу. Три тысячи индейцев должны были отрабатывать миту в течение одного месяца или двух месяцев в период сезона дождей с января по апрель, когда работать на поверхности не было возможности. Это количество представляло собой около одной седьмой всего взрослого населения этого района. Толедо установил поденную плату в размере одного реала, или томина, серебра. За один томин в Хаухе в то время можно было купить двадцать яиц, или шесть авокадо, или три фунта хлеба. Эту плату дополняли десять фунтов мяса и три восьмых бушеля кукурузы на человека в месяц. Толедо постарался обеспечить, чтобы горнорабочие получали плату серебром без задержек, чтобы им выплачивалась компенсация за то время, которое у них ушло на дорогу до рудника и обратно, и чтобы они работали только в дневные часы. Таким образом, Толедо поднял ежедневный заработок митайос — рабочих рудников, чем вызвал шумные протесты владельцев рудников. Но он поднял его недостаточно высоко, чтобы у индейцев оставались излишки после уплаты податей.