В 14:45 министр обороны очередной раз позвонил в канцелярию главы правительства, потребовав от Годлы Меир разрешение на немедленное начало антитеррористической операции. Моше Даян мотивировал свое требование тем, что ситуация вокруг заложников накалилась до предела и в любой момент рисковала выйти из-под контроля. Поскольку правительство, по всей видимости, не собиралось выпускать террористов на свободу, штурм следовало начать как можно раньше, пока боевики ничего не ожидали.

Поддаться требованиям террористов сегодня означало завтра превратить любую израильскую школу в потенциальную цель для нападения террористов. И тогда рано или поздно в одной из израильских школ неминуемо пролилась бы детская кровь. Это не было мрачным предположением Моше Даяна, это была та реальность, в которой жил Израиль, которую необходимо было принять.

По всей видимости, доводы министра обороны возымели свое действие на премьер-министра. После очередного совещания в 15:15 правительство выдало министру обороны мандат на проведение антитеррористической операции. Однако вмешались начальник Генштаба и командующий Северным военным округом. Они потребовали от правительства отсрочки как минимум на полчаса для ведения переговоров, чтобы как можно лучше подготовить атаку, улучив для нее наиболее удобный момент. Израильский премьер очень высоко ценила мнение как Моше Даяна, так и Рафаэля Эйтана, и Мота Гура. Таким образом, было принято компромиссное решение начать штурм школы в 16:30, за полтора часа до истечения срока ультиматума. Кабинет министров большинством голосов одобрил силовую акцию. Только один из 15 министров кабинета Голды Меир проголосовал «против». Тем не менее начальник Генерального штаба Армии обороны Израиля генерал-лейтенант Мота Гур отдал приказ Рафаэлю о начале штурма только в 17:15.

Прошло более 13 часов со времени прорыва террористов в Маалот и захвата заложников. В 17:25 раздался первый выстрел снайпера, послуживший сигналом к началу штурма. Снайперская пуля предназначалась главарю террористов и раздробила ему левое плечо. Несмотря на сильную боль и обильное кровотечение, Рахим не потерял сознания и ни на секунду не поддался панике. Он отскочил от окна и, пригибаясь к полу, побежал в конец коридора к другому террористу, Лину. Единственное место, откуда можно было ожидать появление спецназа, была лестница. Как ни странно, но Рахим не торопился расправиться с заложниками, вероятно полагая, что на это у него еще хватит времени, тем более что в классе постоянно находился третий террорист.

Услышав выстрел снайпера, группа майора Амирама Левина бросилась к центральному входу. Именно на эту группу возлагалась самая ответственная часть операции: подняться на второй этаж и ликвидировать боевиков до того, как они начнут расстреливать заложников или приведут в действие взрывные устройства. Забежав в просторный холл, Амирам Левин пропустил вперед вспомогательную группу, которой командовал молодой офицер «Сайерет Маткаль» капитан Цвика Ливне. Его бойцы должны были подняться на второй этаж и ликвидировать террориста, контролировавшего лестничный пролет и коридор, расчистив дорогу группе майора Амирама Левина.

В первые секунды штурма спецназовцы никого не заметили и продолжили движение в направлении лестницы, ведущей на верхние этажи. Первым бежал капитан Цвика Ливне. Поднявшись на полтора этажа, в считаных метрах от себя он увидел Лину. Не останавливаясь, прямо на бегу капитан выстрелил в террориста и метнул в его сторону фосфорную гранату. Как позже выяснилось, это была роковая ошибка. Раздался глухой хлопок, и во все стороны полетели шипящие ярко-белые искры.

Даже небольшой капли фосфора на теле, как полагал Цвика, было вполне достаточно, чтобы нейтрализовать террориста, поскольку, когда станет гореть его плоть, он меньше всего будет думать о том, чтобы расправиться с заложниками.

Спецназовцев и Лину разделяли какие-то четыре метра, но террористу удалось уйти невредимым и укрыться в конце коридора, а его место занял раненный в плечо Рахим. Извергая неистовые проклятия на арабском, он высунул ствол из-за угла и дал вниз по лестничному пролету длинную очередь из автомата. Пули прошли в считаных сантиметрах от головы капитана Цвики Ливне, чудом не задев его. Однако бойцам, бежавшим следом за ним, повезло меньше. Первый же спецназовец получил тяжелейшие ранения. Пули попали ему в живот, бедро и раздробили тазобедренный сустав. Другой боец получил ранение в ногу, третий рикошетом от стены был ранен в лицо. Они скатились по лестнице, своими телами перекрыв проход наверх остальным бойцам группы Цвики.

Чтобы не сорвать темп прорыва, капитан Цвика Ливне в одиночку бросился преследовать террористов, пока остальные бойцы подтягивались к нему. Он выбежал на второй этаж и осторожно выглянул из-за угла. Перед ним, как он и ожидал, открылся длинный Т-образный коридор, расходившийся в противоположные стороны. Пока спецназовцы пробирались наверх через тела своих раненых товарищей, фосфорная граната стала извергать плотные клубы дыма, которые мгновенно заполнили весь лестничный пролет и коридор, ослепивший как террористов, так и преследовавших их бойцов «Сайерет Маткаль». В непроветриваемом помещении дым стал настолько плотным, что в скором времени ничего невозможно было различить уже на расстоянии полуметра. Помогало лишь то, что спецназовцы успели наизусть заучить планировку школы и могли действовать практически вслепую. Справа, примерно в 16 метрах по коридору, находилась дверь в класс, в котором удерживались заложники и, по всей видимости, укрылись боевики. Согласно первоначальному плану, на этом этапе операции группа капитана Цвики Ливне должна была уступить место бойцам майора Амирама Левина, однако из-за спины никто так и не показался. Не понимая, что происходило, капитан Ливне дал несколько коротких автоматных очередей и засел за углом, оставшись прикрывать коридор.

А группа майора Амирама Левина в это время бежала наверх по лестнице. Из-за плотной дымовой завесы ничего невозможно было разобрать. Именно по этой причине Амирам Левин ошибся и, вместо того чтобы подняться на второй этаж, пробежал всего лишь один пролет и оказался на первом этаже. Ему понадобилось не менее 15 секунд, чтобы понять, что он ошибся этажом, но именно эти секунды оказались критическими.

С диким криком Рахим вбежал в класс, чтобы расправиться с заложниками. В этот момент ему навстречу бросился 17-летний паренек, попытавшийся своим телом преградить террористу вход в класс. Силы были явно неравны, главарь террористов быстро повалил школьника на пол и расстрелял его в упор. Затем в бессильной ярости Рахим прямо с порога стал расстреливать детей, не обращая внимания на то, что в классе находились двое других боевиков, которых он рисковал задеть своим огнем. Укрыться было негде, бежать было некуда. Размер класса, в котором набилось около сотни детей, составлял 6 × 8 метров. Дети вскочили с пола и в панике бросились к окну. Девушек и парней террористы рассадили в разные стороны, и теперь, во время бойни, девушки невольно стали живым заслоном между парнями и Рахимом. Раненые грудой валились на пол. Затем Рахим вытащил гранату и, сорвав чеку, бросил ее в кучу раненых детей. В первые же секунды кровавой бойни погибли семнадцать девушек и четверо парней. Прежде чем его уничтожили спецназовцы, он успел опорожнить два магазина.