Окинавцы — самое крупное этническое меньшинство: на Окинавских островах их 1,3 миллиона, а в остальной Японии — 300 000 человек. Их язык и культура отличаются от языка и культуры остальных японцев. В начале ХХ века окинавская экономика была развита хуже, чем на основных островах Японии, и поэтому многие окинавцы эмигрировали на Гавайи, Филиппины, в Бразилию и Нанъё, чтобы заработать себе на жизнь.

Окинавцы заплатили за послевоенную безопасность Японии самую высокую цену. Американская оккупация Окинавы продолжалась до 1972 года — на 20 лет дольше, чем в остальной Японии. ШОС поместил острова под военное управление, игнорируя восстановительные работы, которые велись на основной части страны. По мере того как в 1950-х годах усиливался страх холодной войны, американские военные поняли, что для завоевания общественной поддержки окинавцев необходим определенный уровень социального и экономического развития. Сами жители при этом были против строительства на их земле иностранных военных баз. Сегодня американские базы все еще занимают пятую часть Окинавских островов, и там размещаются около 50 000 американских солдат. Жители жалуются, что от баз увеличивается загрязнение окружающей среды, в том числе шумовое, а развитие территории замедляется. Также противоречивым и эмоциональным общественным вопросом стало совершение преступлений американскими военными. В 1995 году трех солдат обвинили в избиении и изнасиловании 12-летней девочки, которую они похитили на улице. На протестные демонстрации вышли около 85 000 окинавцев, и этот случай подогрел споры о выдворении американских войск. В 2010 году 100 000 окинавцев (10 % населения) вышли на акцию протеста против строительства нового здания американской военной базы, которая может нарушить хрупкую экосистему и, скорее всего, уничтожит популяцию и так находящихся под угрозой исчезновения дюгоней (родственных морским коровам).

Вера в превосходство японской расы и миф об однородности населения отразились в правительственной программе 1990 года, которая позволила иммиграцию в Японию южноамериканцам японского происхождения — никкэй, чтобы преодолеть дефицит рабочей силы. Власти действовали, исходя из предположения, что никкэй, чьи семьи на протяжении поколений жили за границей и не знали хорошо ни японского языка, ни культуры, могут легче интегрироваться в общество, чем люди других национальностей. Они создали отдельную визовую категорию специально под иностранных потомков японских эмигрантов. В начале ХХ века многие бедные крестьяне уехали из Японии в Южную Америку в поисках лучшей жизни. На самом деле город Сан-Паулу в Бразилии — второй в мире после Токио по количеству проживающих там японцев. С момента старта этой программы в Японию в поисках работы эмигрировали более 280 000 никкэй.

Часто работников из Южной Америки вербовали субподрядчики, многие из которых были связаны с якудза. Первоначально многих никкэй нанимали работать на крупные заводы автомобилей и электроники. По мере того как производство постепенно перемещалось в Китай и другие страны с более дешевой рабочей силой, вакансии для никкэй стали менее надежными и оплачивались ниже. К 2001 году четверть бразильских никкэй в Японии были безработными. По мере переселения людей из Южной Америки начался ряд социальных проблем. Дети иммигрантов зачастую были не готовы к японской школьной системе, которая не предоставляла необходимой им возможности учиться на другом языке. Никкэй сталкивались с дискриминацией при поиске жилья и доступе к государственным услугам. В районах с высоким процентом населения никкэй некоторые магазины, опасаясь краж, вовсе запрещают им вход или ограничивают число никкэй, одновременно находящихся в помещении, подталкивая людей возбуждать судебные дела о дискриминации.

Количество иммигрантов-работников никкэй остановилось на уровне, который не мог удовлетворить ожидаемый спрос на трудовые ресурсы. В ответ правительство создало специальные стажерские программы, позволяя компаниям легально нанимать азиатских работников, в основном китайских, филиппинских и индонезийских, чтобы в конце концов отослать квалифицированные кадры обратно на родину, где они смогут работать в японских компаниях. Стажеры не защищены трудовым кодексом и получают «пособия» гораздо ниже средних зарплат по рынку. Другая категория азиатов, которым разрешено иммигрировать, — это женщины, готовые выйти замуж за японских фермеров. Поскольку японки все чаще отказываются от трудной судьбы фермерши, местные власти в сельских районах спонсируют поиски азиатских невест за границей — в основном среди китаянок, филиппинок, кореянок и таек.

Еще одной незащищенной социальной группой в Японии, которую не замечает большинство из среднего класса, — это поденные рабочие и бездомные. В больших городах есть скопления бедняков и бездомных: люди спят в подземных переходах метро, живут в палаточных лагерях или собираются в грязных районах городского дна. Огромное количество поденных или сезонных рабочих продолжают поддерживать экономическую мощь Японии, предоставляя свободную рабочую силу, которую в основном контролируют якудза. На протяжении 1950-х годов разорившиеся крестьяне, ветераны войны и безработные шахтеры стекались в анклавы поденщиков, например в районе Санъя в Токио. В 1960-е годы их количество резко увеличилось вследствие грандиозных строительных проектов для Олимпиады и Всемирной выставки в Осаке 1970 года. Районы, где жили рабочие, состояли из убогих ночлежек, где в одной комнате ютилось от восьми человек. Вербовщики из якудза держали под своим контролем проституцию и азартные игры в районе, что уменьшало и без того невеликие доходы этих людей. В таких кварталах весьма часты были болезни: заболеваемость туберкулезом в два раза выше, чем в среднем по Японии, тяжелый алкоголизм характерен для более чем 70 % населения. Также многие страдают от ограниченных возможностей здоровья и ментальных расстройств.

Около половины женщин в возрасте от 15 до 65 лет заняты в оплачиваемом труде, что составляет более 40 % всей рабочей силы. Японская трудовая система устроена так, чтобы компании оставались конкурентоспособными, нанимая женщин на низкооплачиваемые профессии без карьерных перспектив, которые приносят женщинам мало выгод. В основном женский труд используется в сфере обслуживания и в легкой промышленности и считается «частичной занятостью» — категорией, в которую входят либо работающие неполный день (обычно 35 часов в неделю), либо нанятые на определенный срок, либо те, кто работает на постоянной работе полный день, но не получает страховки или сопутствующих выплат. Чтобы бороться с хроническим дефицитом трудовых ресурсов, японские компании нанимают женщин на обслуживающую низкооплачиваемую работу на нестабильных условиях. Снятие государственных ограничений с рынка труда в свете рецессии увеличило количество так называемых частично занятых: сейчас они составляют до трети всей рабочей силы. В 1985 году Япония приняла Закон о равных возможностях, чтобы улучшить трудовые возможности для женщин. Закон ратовал за равенство мужчин и женщин на рабочем месте, однако оказался беззубым, не предусматривая никаких санкций за его нарушение. В результате очень немногие компании действительно пересмотрели свою политику в отношении гендера работников.