В то же самое время против Елизаветы сложился еще один заговор. Фрэнсис Трогмортон из старого рода Чеширов владел домом в лондонском районе Полс-Уорф; здесь он исполнял обязанности посредника между Марией Стюарт и испанским послом. Тайные королевские агенты часто видели, как он покидает дом посла, и Уолсингем улучил момент, чтобы арестовать его и обыскать дом. Трогмортон был занят написанием зашифрованного послания Марии, когда нагрянули констебли, и смог поспешно уничтожить изобличающий документ. Однако нашлись другие бумаги, среди которых был список видных английских католиков и наброски планов возможных убежищ для высадки неприятельского войска. Среди конфискованных вещей значился трактат в защиту титула королевы Шотландии вместе с «шестью или семью клеветническими пасквилями на ее величество, изданными за рубежом».

Трогмортону предоставили возможность написать короткое письмо испанскому послу, где он настаивал, что ему ничего не известно ни о каких сочинениях, и утверждал, что их ему подбросили противники, желавшие погубить его. Он заявил, что будет хранить верность и молчание до самой смерти, однако был отправлен в Тауэр для убеждения дыбой. Елизавета, столкнувшая с угрозой серьезного заговора, согласилась подвергнуть его мучениям.

В ходе первой пытки на дыбе Трогмортон ни в чем не сознался, однако, когда его привязали к ложу во второй раз, нервы не выдержали и он раскрыл все подробности сговора. Основатель Католической лиги герцог Генрих I де Гиз намеревался высадиться с армией на побережье Суссекса возле Арундела; к этому времени католическая знать подняла бы восстания во имя Марии, королевы Шотландии. Филипп Испанский «собирался взять на себя половину всех расходов по финансированию кампании». Трогмортон заявил, что Мария в курсе каждой детали плана. После своего признания, как свидетельствует официальный рапорт, он разрыдался и сокрушенно упал на колени. «Теперь, — сказал он, — я выдал все тайны той, которая была самой дорогой моему сердцу королевой в мире…» Трогмортона повесили через несколько месяцев, когда его показания стали бесполезными.

Узнав новости о его аресте и признании, многие влиятельные католики бежали из страны; другие попали под подозрение и были задержаны. По подсчетам, одиннадцать тысяч человек заточили в тюрьму или — в лучшем случае — посадили под домашний арест. Проверки прошли в Судебных иннах, традиционном убежище папистов. Следование догмам англиканской церкви стало теперь непреложным требованием для всех адвокатов. Королева очень скоро осознала весь масштаб враждебности Испании по отношению к ней. В любую минуту герцог де Гиз мог достичь берегов Англии с войсками Католической лиги; для охраны берегов Даунс, острова Уайт и островов Силли были направлены английские эскадры. Большая часть судов флота отправлялась на запад, наиболее уязвимый перед возможным вторжением испанцев, однако в случае атаки со стороны Ла-Манша враг будет перехвачен и остановлен. Для восстановления фортов и гарнизонов срочно требовались деньги; необходимо было прорыть траншеи для «предотвращения высадки». Берли оставил себе записку «не забыть о Шеффилде», под которым он имел в виду замок Шеффилд, ставший домом, или тюрьмой, для Марии.

Именно там она оставалась, строя заговоры и замышляя интриги в своем относительно комфортном заточении. Ее главной целью было вновь обрести свободу и взойти на престолы Шотландии и Англии. В этом стремлении упорство и хитроумие стали верными спутниками Марии. Многие, в том числе Уолсингем и Берли, ждали возможности, чтобы покончить с ней раз и навсегда. Елизавета, впрочем, пока не разделяла их намерений. Сообщали, что она может признать сына Марии Якова законным королем Шотландии. Уолсингем предложил заключить союз с нидерландскими протестантами: в сложившемся положении Англии не помешали бы любые союзники.

К королеве Шотландии отправили нескольких полномочных делегатов. Они обнаружили Марию в гневе, жаждущей в очередной раз поведать историю о ее унижениях «горькими словами своих терзаний». Один из членов английской делегации со всем уважением отметил, что, по мнению иностранных наблюдателей, условия ее содержания «исключительно милосердны». Ответ Марии (здесь перефразирован) был подлинно королевским: «Милосердие? При чем здесь милосердие? Я такой же законный правитель, как и ее величество. Я не ниже ее по положению и никогда не была. Я королева с самого своего рождения. Меня провозгласили королевой Франции, величайшего государства в христианском мире. Милосердие — это для подданных. А я не подданный». По отчетам делегации, «все это произносилось с крайней запальчивостью».

Вскоре Мария успокоилась и принялась описывать «свою печаль и прискорбное положение». Она говорила, что младше Елизаветы, но страдания состарили ее. Руководитель делегации сэр Уильям Уэйд поинтересовался у нее о заговорах и интригах, в которых она принимала участие. «А разве я не могу просить своих друзей о помощи? Я не замышляла ничего дурного, и если они совершили грех, то в том лишь одни виноваты». Уэйд упомянул о доказательствах ее причастности к заговору. Мария вспыхнула негодованием: «Ты не в том положении [звании], чтобы спорить со мной». В конце концов королева сменила гнев на милость и спела для английской делегации. Несмотря на это, она по-прежнему проявляла упрямство и открытую непокорность, убежденная в правоте своего дела и конечном успехе. Любому прохожему, оказавшемуся в окрестностях замка, устраивали допрос, и никто не имел права проникнуть на территорию крепости без специального разрешения совета. Когда бы Мария ни выезжала подышать свежим воздухом, за ней всегда неотступно следовала вооруженная охрана.

Перспективы окрасились в еще более мрачные краски, когда распространились новости об убийстве лидера нидерландских протестантов летом 1584 года. Вильгельма Нассауского, принца Оранского, убили по приказу Филиппа II. Кто мог сомневаться, что следующая на очереди — Елизавета? Герцог де Гиз, возглавлявший Католическую лигу, стал более опасным. Герцог Анжуйский, некогда настойчивый претендент на руку Елизаветы, скончался от лихорадки после сокрушительного провала в Нидерландах; королева, услышав новость о его смерти, была неутешна еще долгое время. Полгода она носила черные одежды и объявила траур при дворе. «Я вдова, — заявила она французскому послу, — которая потеряла своего мужа». Тот ответил, что она — «правительница, которая знает, как перевоплотиться в нужный ей образ». Куда большее значение представляло то, что после кончины Франциска Анжуйского трон переходил к протестанту Генриху Наваррскому, и де Гиз заключил с Филиппом соглашение, чтобы предотвратить эту возможность. Они также сформировали союз против Елизаветы.

Осенью 1584 года королева задала два вопроса своему совету. Должна ли она охранять и защищать Нидерланды от тирании испанского господства? И, если она примет такое решение, «что ей следует сделать, чтобы гарантировать себе безопасность против злого умысла и армии испанского короля?» Большинство советников выступали за вторжение, однако королева по-прежнему пребывала в нерешительности. Ей хотелось заручиться поддержкой французского короля. В противном случае Англия окажется в совершенном одиночестве.

Именно тогда Берли и Уолсингем подготовили документ, получивший известность как «Обязательство о содействии». Подписавшиеся под ним приносили торжественную клятву, что будут защищать жизнь Елизаветы и обеспечат переход власти к протестантскому престолонаследнику. Они далее давали зарок «преследовать силой оружия или иными способами возмездия» всех, кто посмеет угрожать королеве. Объявлялось, что любого «мнимого наследника, которым или во имя которого сие одиозное деяние будет предпринято либо совершено», ждет неминуемая расправа. Если Елизавету убьют, Мария отправится на казнь. Это был прямой призыв к применению силы. В это время в больших масштабах развернулось производство камей-портретов королевы, создававших сакральный образ величия, который мог соперничать с ликом Девы Марии в католическом мире.