14 октября королева Шотландии, облаченная в черное бархатное платье, вошла в приемный зал и села на предложенный ей стул: представители королевы сняли шляпы в знак почтения к ее статусу. Марию описывали как «крупную» женщину с «полным и одутловатым лицом, двойным подбородком и карими глазами»; после долгих лет томления в тюрьме ее тучности удивляться не приходилось. Ей зачитали предъявляемые обвинения, уличавшие ее в причастности к заговору с целью устранения королевы Елизаветы и сокрушения страны. Мария ответила, что прибыла в Англию как просительница, а оказалась в тюремном заточении, где и пребывает с тех самых пор. Ее, законную королеву и помазанницу Божью, не имеет права судить ни один земной суд. Впрочем, Мария выразила готовность опровергнуть все выдвигаемые против нее обвинения. Тогда вслух зачитали письма Бабингтона, предназначавшиеся ей. «Возможно, Бабигтон и написал эти письма, — ответила она, — но попробуйте сначала доказать, что я их получила». Были оглашены признания двух личных секретарей Марии, подтверждавшие ее причастность к написанию зашифрованных писем. В очередной раз она продекларировала опровержения своего участия в заговоре против королевы. Мария заявила, что слово монарха оспариванию не подлежит. Шотландская королева пребывала в состоянии абсолютного спокойствия и хладнокровия. Как впоследствии Паулет писал Уолсингему, «в ней не было ни толики страха».

Все понимали, что нельзя дать ей уйти от ответственности. На второй, и последний, день судебного разбирательства Берли предостерег Марию от роптаний по поводу своего тюремного заточения. Лишь ее ошибки тому причиной. «А, — сказала она, — вы, стало быть, мой враг». — «Да, все враги королевы Елизаветы — мои враги». Затем, по срочному приказу королевы, Берли назначил десятидневный перерыв в работе комиссии. Елизавета не хотела, чтобы все подумали, будто она торопится с приговором.

Члены комиссии вновь собрались 25 октября в Звездной палате Вестминстера, где в отсутствие Марии повторно рассмотрели все доказательства. Королеву Шотландии признали виновной. Получив эту новость, Елизавета встала на колени и пятнадцать минут шептала молитвы. Она воздержалась от каких-либо публичных заявлений. Королева еще не знала, каким будет ее следующий шаг. Мария же, услышав вердикт суда, подняла взор к небесам и возблагодарила Господа. Все было готово для заключительной сцены.

На парламентском собрании, состоявшемся четырьмя днями позже, члены палаты общин и палаты лордов исступленно требовали казни опальной королевы. Берли так все устроил, что обвинения сыпались градом. 3 ноября один из фаворитов Елизаветы, сэр Кристофер Хаттон, осудил деяния Марии, назвав их «в высшей степени бесчестными и омерзительными». Была назначена комиссия из членов обоих палат и одновременно с этим составлена петиция о ее казни. Елизавета, которой огласили содержание петиции в приемном зале, ответила с большой осторожностью. Она предостерегла всех собравшихся: «Поверьте мне, мы, монархи, правим на наших монарших сценах под пристальным вниманием всего мира». Подобно Марии, предупреждавшей королевских делегатов о возможной мести католических правителей, Елизавета напомнила парламенту, что на кону вопрос особой важности. Если бы она и Мария были простыми доярками «с ведрами в руках», она бы не дала своего согласия на ее казнь при подобных обстоятельствах. Однако королева Шотландии имела своих фаворитов среди союзников и единомышленников, готовых выступить против Англии; угрозу стране представляла не сама Мария, а то, что она собой олицетворяла.

24 ноября Елизавета вновь попыталась уйти от прямого ответа. «Никогда еще я не терзалась так сомнениями, как сегодня, — заявила она, — стоит ли мне говорить или хранить молчание». Что касается петиции, «молю вас покамест удовлетвориться ответом без ответа; решения вашего я не осуждаю, и разумею ваши причины, но молю вас признать мою благодарность, простить нерешительность и благосклонно принять мой безответный ответ…» Она разрешила напечатать свою речь, одобрив предварительно экземпляр ее текста.

Елизавета действительно мучительно размышляла над решением. На ухо ей шептали: «Мертвые не кусаются», но была ли она вправе казнить королеву, помазанницу Божью? Могла ли она отправить на плаху собственную кузину? Короли Франции и Шотландии, родственные Марии по крови, жаждали спасти ее от смерти; как-никак, она однажды носила корону Франции и стала матерью шотландского короля. Для Филиппа Испанского она представляла особенный интерес как католический монарх и — сколь призрачной ни была бы надежда — потенциальный престолонаследник Елизаветы. Возможно, ее казнь разрушила бы узы, связывавшие протестантов и католиков Англии в едином религиозном братстве. Могла ли ее смерть всколыхнуть гражданскую войну, которой так всегда боялись? По этой причине Елизавета обратилась к палатам лордов и общин со словами: «Я не настолько безрассудна, чтобы не видеть грозящих мне опасностей, однако не настолько слепа, чтоб не осознавать, каким безумством было тщиться заботливо хранить меч, который перерезал бы мое горло». Эти слова как нельзя лучше описывают ее дилемму. Первый биограф Елизаветы Уильям Камден писал, что она часто становилась «задумчива и безмолвна». Два выражения пришли ей на ум: Aut fer, aut feri — «Смирись с ней или сразись с ней» — и Ne feriare, fer — «Бей, или бит будешь».

В начале декабря новости об обвинительном приговоре Марии наконец принародно объявили в Лондоне под звуки фанфар. На улицах разжигались праздничные костры, а перезвон церковных колоколов не стихал целые сутки. После оглашения вердикта трон и церемониальный балдахин унесли из приемного зала. В письме в Шотландию Мария говорила: «Так они хотели показать, что я для них — мертвая женщина, лишенная почестей и достоинства королевы». Она опасалась, что любой верный короне англичанин теперь счел бы своим долгом убить ее, руководствуясь санкцией «Обязательства о содействии». Возможно, и сама Елизавета в душе надеялась на подобный исход событий, ведь это освободило бы ее от обязанности отдавать приказ о казни Марии. Таким образом, все эти последние недели Мария жила в постоянном страхе убийства. В последнем письме Елизавете она попросила, чтобы ее тело отвезли во Францию и похоронили рядом с матерью, Марией де Гиз, в монастыре Сен-Пьер в Реймсе.

Очередной созыв парламента состоялся 2 декабря, за два дня до оглашения прокламации, однако в этот раз Елизавета перенесла срок следующего собрания до середины февраля. Она хотела взять десятинедельную передышку, чтобы успокоиться перед принятием окончательного решения. Противоречивые слухи наводнили Лондон в январе 1587 года; жители перешептывались, что Мария якобы сбежала из тюрьмы и что испанцы начали вторжение. Не исключено, что совет поощрял эти ложные слухи, чтобы подстегнуть нерешительную Елизавету. Уолсингему сообщили о некоем «заговоре», зачинщики которого хотели подсунуть королеве отравленное седло; вся затея, скорее всего, была лишь очередной махинацией придворных, призванной напугать королеву. Дальнейшее промедление грозило опасными последствиями; невозможно было безнаказанно сбрасывать со счетов настроения в стране. Все советники единогласно заявили, что Марию следует казнить.

В начале февраля Елизавета находилась в Гринвиче. Она попросила своего секретаря сэра Уильяма Дэвисона принести приказ на казнь Марии. Он доставил его вместе с кипой других бумаг. Королева отметила, что утро выдалось особенно ясным, и подписала бумаги без какого-либо особого внимания к приказу. Однако затем она вдруг заговорила о нем. Королева так долго мешкала с решением, чтобы продемонстрировать свое нежелание причинять вред Марии. Разве ему не жаль, что приказ подписан? Дэвисон ответил, что лучше уж пострадают виновные, чем безгрешные.