Воцарившаяся атмосфера всеобщей экономии привела к тому, что капитаны 1 ранга, намеченные к производству в адмиралы, не могли проводить в море более 1 года. В конце 1930 года Каннингхэм покидает «Родней» и становится комендантом казарм Королевского Флота в Чатаме. Именно он находился на этом ключевом посту, когда произошел знаменитый Инвергордонский мятеж 1931 года. В ходе событий Каннингхэм проявил истинное благородство. В своих мемуарах он не отрицает своей доли ответственности, так как не осознал полностью, к каким последствиям может привести сокращение жалования матросам. Каннингхэм руководил своими казармами железной рукой, однако при этом проявлял гуманность и понимание, проводя весь день среди моряков и пытаясь по мере сил решать их финансовые проблемы. Вероятно, поэтому в Чатаме почти не было волнений.

В 1932 году Каннингхэму сообщили, что он должен получить звание контр-адмирала. Закончив технические и тактические курсы подготовки старших офицеров в Портсмуте, он получил прекрасную должность — командующего минными силами Средиземноморского флота. В распоряжении Каннингхэма оказались 3 лучшие флотилии эсминцев Королевского Флота. С 1930 года Средиземноморский флот отрабатывал методы ведения ночного боя. Четфилд, который в этом году стал командующим флотом, был полон решимости «продолжать исследовать проблему, так как не подлежит сомнению, что ее значение возрастает, и она предоставляет большие возможности». Его активно поддерживал очень способный заместитель У.У. Фишер, который в октябре 1932 года стал командующим Средиземноморским флотом и продолжил эту работу. Каннингхэм готовил свои эсминцы, для которых ночные бои являлись самой важной задачей. Он добивался, чтобы эсминцы действовали еще лучше. Фишер оказался достаточно умен, чтобы начать готовить к ночным боям и линкоры. Вскоре после прибытия Каннингхэма в 1934 году были проведены совместные учения английских флотов возле Мальты. Средиземноморский флот «разгромил» Флот Метрополии благодаря внезапной ночной атаке. Эсминцы Каннингхэма сыграли в этом «бою» решающую роль, проведя предварительную торпедную атаку, несмотря на сильное волнение. Это позволило линкорам Фишера вести бой в наиболее благоприятных условиях.

Боевые инструкции линейных сил Средиземноморского флота эпохи Келли подчеркивали, что ночного боя следует избегать. Теперь их сменили инструкции, указывающие, что подобный бой является крайне желательным. Каннингхэм был наиболее подходящим адмиралом для использования подобной тактики, требующей решительности, инициативы, отваги, воображения, желания идти на риск, причем каждый корабль должен будет поворачиваться с проворством эсминца. Разумеется, в это критическое время, когда Абиссинский кризис сделал перспективу войны с Италией вполне реальной, здоровый и еще не старый Каннингхэм казался командирам своих эсминцев самым лучшим командующим минными силами.

Каннингхэм покинул Средиземное море в 1936 году, навсегда распрощавшись с эсминцами, что было довольно грустно, так как службе на этих маленьких кораблях он отдал почти 30 лет. Еще хуже оказалось то, что Адмиралтейство не нашло ему применения, особенно потому, что в июле он стал вице-адмиралом и отправлять его на какие-нибудь курсы было уже просто неловко. В начале 1937 года его сделали председателем комитета по изучению вопросов обитаемости и вентиляции кораблей Королевского Флота, так как в этой области давно назрела необходимость перемен. Однако тут среди командования флота началась целая эпидемия болезней и смертей, которая накануне Второй Мировой войны едва не обезглавила его. Утомление и напряжение Первой Мировой войны, разоружение и международные кризисы, которые осложнялись профессиональной привычкой все делать самостоятельно, не передоверяя работу подчиненным, могли подорвать самое крепкое здоровье. Результатом становилась болезнь, преждевременная отставка и ранняя смерть. К счастью для себя, Каннингхэм никогда не был «линкорным адмиралом» и артиллеристом, вдобавок Адмиралтейство как-то очень кстати находило возможность заставить его отдыхать. Поэтому он оказался в нужном месте списка старшинства, когда флоту потребовался его талант.

Первым в скорбном списке оказался У.У. Фишер, командовавший базой в Портсмуте. Опечаленный Каннингхэм присутствовал на его похоронах. Затем со Средиземного моря пришло известие, что командир Эскадры Линейных Крейсеров адмирал сэр Джеффри Блейк серьезно заболел. Каннингхэму предложили временно занять его должность. Но Блейк заболел слишком серьезно и ушел в отставку, поэтому Каннингхэм пробыл на этом посту дольше, чем предполагалось. Он примчался на Мальту и поднял флаг на гордости Королевского Флота линейном крейсере «Худ». В состав его эскадры также входили линейный крейсер «Рипалс», авианосец «Глориес» и ремонтное судно «Ресурс». Каннингхэм также оказался заместителем командующего флотом. Эту должность занимал сэр Дадли Паунд, с которым у Каннингхэма сложились хорошие отношения. Каннингхэм получил очень способного флаг-капитана А.Ф. Придхэма и вскоре начал вертеть своей эскадрой в привычном стиле. «Глориес» обычно действовал в одиночку, но, как показали учения, британский авианосец просто не мог поднять в воздух достаточно самолетов, чтобы обеспечить собственную безопасность. Поэтому Каннингхэм сделал вывод, что авианосец должен входить в состав линейного флота и действовать под его прикрытием. Это был не шаг в будущее, а откровенное отступление назад. Но нельзя видеть в этом ревность старого миноносника к самолетам, взявшим на себя функции эсминцев. По ряду причин Великобритания просто не смогла создать такую же мощную морскую авиацию, как Соединенные Штаты или Япония. В подобных обстоятельствах ограниченное число самолетов лучше было привязать к линкорам, тогда они могли добиться более серьезных результатов.

Для Средиземноморского флота начались трудные времена, так как в Испании вспыхнула гражданская война. Появилась необходимость вести патрулирование, чтобы к флоту националистов не присоединялись «неопознанные» корабли и самолеты, а также чтобы помешать итальянским подводным лодкам топить торговые суда. «Худ» крейсировал вдоль побережья Испании, и Каннингхэму приходилось неоднократно вести переговоры с командованием флота националистов. Он вел себя дружелюбно, но твердо. Адмирал также помог организовать прием итальянского флота на Мальте в июне 1938 года. Этот визит стал попыткой сближения между Великобританией и Италией.

Следующая работа Каннингхэма также требовала дипломатического искусства. В феврале Паунд сказал АВС, что тот избран уходящим Первым Морским Лордом Четфилдом и его преемником сэром Роджером Бэкхаузом на пост заместителя начальника Морского Генерального Штаба в Лондоне. Каннингхэму явно хотелось остаться на «Худе», и во время беседы он заявил своему потенциальному будущему командиру, что не подготовлен и вообще не подходит для бумажной работы. Бэкхауз знал его лучше и в ответ только улыбнулся. Каннингхэм был одним из тех исключительных людей, чьи природные способности делают недостаток формального штабного опыта не слишком важным.

Каннингхэм не знал этого, но должен был стать не только заместителем, а фактически Первым Морским Лордом, — в марте 1939 года Бэкхауз заболел раком. В тот же период Третий Морской Лорд ушел в отставку по болезни. Причем все это случилось в том месяце, когда гитлеровские войска вторглись в Чехословакию, вынудив Британию перейти от политики умиротворения к конфронтации. Многое зависело от Каннингхэма, который должен был представлять своего начальника в Комитете Начальников Штабов и Комитете Имперской Обороны. В отличие от Бэкхауза, Каннингхэм мог справиться с этими тяжелыми обязанностями, и он добился большого успеха во время первого появления на вершине власти.