Русское командование, наученное неудачами в Порт-Артуре и Маньчжурии, стало считать японцев вездесущими и начало всерьез опасаться ввода вражеских морских и сухопутных сил в Амур. Для защиты Николаевска-на-Амуре туда было доставлено 70 орудий и двадцать 7,62-мм пулеметов Максима. Среди доставленных орудий были шестнадцать 6-дюймовых пушек в 190 пудов, четыре 152/45-мм пушки Кане и шесть 120-мм пушек Виккерса.

На реке Амур у села Малмыжа, в 260 верстах вверх от Хабаровска, инженерными войсками были поставлены минные заграждения, а на берегах установлены батареи. Всего на батареях имелось 73 орудия, из которых шесть 152/28-мм корабельных, три 15-см трофейных китайских, тридцать 9-фунтовых полевых и корабельных, двадцать 4-фунтовых полевых.

Поскольку военных судов специальной постройки на Амуре не было, в 1904–1905 гг. из мобилизованных судов была создана импровизированная речная флотилия. В ее состав вошли колесные пароходы Военного ведомства «Селенга» и «Хилок» (вооружение: по одной 4-фунтовой пушке) и четыре парохода пограничной стражи: «Третий», «Шестой», «Восемнадцатый» и «Аскольд» (вооружение: по две 37-мм пушки Гочкиса). Кроме того, семь барж были обращены в плавучие батареи, каждая из которых получила по две 152/35-мм корабельные пушки.

Для защиты устья Амура с Балтийского флота по железной дороге было доставлено девять миноносок (№ 3, 6, 7, 9, 18, 47, 48, 61 и 64) постройки 1878 г. Их водоизмещение составляло 23 т, скорость хода 13 узлов, вооружение: одна-две — 37-мм пушки Гочкиса. Миноноски были очень старые и изношенные и не представляли никакой боевой ценности.

Японцы на Амур не сунулись. Вместо этого они высадились на Сахалине. Военного значения эта высадка не имела, зато было велико ее политическое значение. Захват Сахалина был хорошим козырем на мирных переговорах, а главное, Япония собиралась присвоить Карафуто, как она называла Сахалин. Экспедиционные силы японцев состояли из недавно сформированной 15-й пехотной дивизии генерала Харагучи (12 пехотных батальонов, кавалерийский эскадрон, 18 полевых орудий и пулеметное отделение — всего 14 тыс. человек). Транспортная флотилия состояла из 10 пароходов. Транспорты прикрывали боевые корабли 3-й эскадры адмирала Катаоки.

24 июня 1905 г. японский десант высадился в заливе Анива между деревнями Мерея и Савинова Падь, в 10–15 верстах от Корсаковского поста.

Командир русского отряда у Корсаковского поста полковник Арцишевский приказал поджечь казенные склады поста. Два японских миноносца попытались причалить к посту, но были встречены огнем 120/45-мм пушек, снятых с крейсера «Новик» и установленных на берегу. Один из миноносцев был сильно поврежден. Миноносцы ушли, но вскоре показалось еще семь миноносцев. После обстрела их с батареи ушли и эти миноносцы. Оставшиеся 120-мм патроны были выпущены по наступавшим японским войскам, после чего 120-мм орудия были взорваны, а артиллеристы отступили к Маячной горе.

10 июля 1905 г. японский десант был высажен на Северном Сахалине несколько севернее Арковской долины. Высадка поддерживалась артиллерийским огнем японских крейсеров «Ниссин» и «Касуга» и нескольких канонерских лодок.

Русских на всем Ьстрове имелось около 5 тыс. человек, включая мобилизованных ссыльных, при шести легких пушках обр. 1895 г. (с поршневым затвором). Командовал русскими войсками генерал-лейтенант Ляпунов. Основные силы русских — 70 офицеров и 3200 нижних чинов во главе с Ляпуновым — 18 июля сдались японцам. После этого сдалось еще несколько малочисленных русских отрядов. Отряды военного прокурора на Сахалине полковника Новосельского, командира 2-й дружины капитана Филимонова и артиллерийского штабс-капитана Благовещенского сумели переправиться с острова на материк и спастись от японцев.

Боевые действия японских кораблей против правого берега Татарского пролива свелись к бомбардировке с моря военного поста в заливе Де-Кастри и высадке вблизи него десанта. Пост защищался ротой Николаевского крепостного полка под командованием капитана Виноградова с двумя 4-фунтовыми пушками обр. 1867 г. После небольшой перестрелки с миноносцами Виноградов решил уйти, бросив пушки. Высадившиеся японцы разрушили пост и захватили две пушки.

В конце войны японцы появились и на Камчатке. В конце мая 1905 г. японские шхуны высадили у села Явино, жители которого ушли в горы, десант из 150 человек под командованием лейтенанта Гундзи с одним полевым орудием. Водрузив в Явино японский флаг, десантники стали грабить село.

Для отражения нападения японцев из Петропавловска в Явино вышло небольшое судно с отрядом дружинников под командой прапорщика Жабы. Из Большерецка, отстоявшего от Явина на 100 км, двинулась дружина унтер-офицера Сотникова. В Усть-Озерной оба отряда соединились: всего набралось 88 человек, из них 71 камчадал и 17 русских, преимущественно казаков.

16 июля дружинники неожиданно напали на японский лагерь. Большая часть японцев на шлюпках бежала на стоявшие у берега шхуны, потеряв при этом в бою 32 человека убитыми и ранеными, а лейтенант Гундзи попал в плен. Дружинники же потеряли двух человек убитыми и еще несколько было ранено.

Японцы пытались высаживать десантные отряды и в других селениях Камчатки. В Усть-Большерецке местная дружина во главе с казаком Селивановым отбила нападение, в бою погибли 11 японцев. Под Карегой японский десантный отряд потерял 30 солдат убитыми, и только пятерым удалось спастись на шхуне. Полной неудачей закончились попытки захватить прибрежные селения Коль, Воровское и Озерное, остров Медный, который успешно защитили местные жители-алеуты.

В конце июля к берегам Камчатки подошли японские крейсера «Сума» и «Идзумо». Войдя в Авачинскую бухту, «Сума» обстрелял Петропавловск. Однако к этому времени город был покинут властями и жителями. Японцы высадили десант из 200 человек, который, немного пограбив город, удалился.

После этого крейсера ушли к Командорским островам, но из-за штормовой погоды высаживать там десант не стали. Крейсерский отряд вновь подошел к Петропавловску, и японцы оставили в городе грозное письмо с требованием освободить попавшего в русский плен лейтенанта Гундзи. Больше японцы никаких враждебных действий против Камчатки не предпринимали. Стоит отметить, что население Камчатки вело себя довольно активно и захватило в прибрежных водах и на побережье не менее 20 японских рыболовецких шхун. Судьбу рыбаков установить не удалось.

Летом 1905 г. японцы высадили небольшой десант в Охотске. 2 декабря 1849 г. по представлению генерал-губернатора Муравьева Охотский порт был упразднен, и к 1905 г. Охотск превратился в жалкую деревушку. О деятельности десанта в Охотске вице-адмирал Катаока доносил в Токио: «Согласно донесению начальника отряда, который действует в районе Охотского моря, отряд этот овладел оружием старого образца, 3 винтовками и некоторым количеством боевых припасов в Охотске 17 августа (4 августа)».

Война 1904–1905 гг. стала первой войной за тысячелетнюю историю России, когда значительная часть общества сочувствовала противнику.